New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2772633 = | 174 (0.850) | 32 (0.190) | 10/134 | NT | 20.5% | intergenic (+7/+53) | phoB/USA300TCH1516_02632 | Alkaline phosphatase 3/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 2772676 = | 103 (0.610) | intergenic (+50/+10) | phoB/USA300TCH1516_02632 | Alkaline phosphatase 3/hypothetical protein |
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
GCTTACGGACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTT > USA300TCH1516_ALE/2772543‑2772723 | gCTTACGGACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATaa < 1:600713/91‑1 (MQ=255) cTTACGGACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATaaa > 1:2726742/1‑91 (MQ=255) ttACGGACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATaaaa > 1:2768646/1‑91 (MQ=255) acattagttggcggtttatacttcgcatttaaaaaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccataaa > 2:1752125‑M1/89‑91 (MQ=255) acattagttggcggtttatacttcgcatttaaaaaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccataaa > 1:2063070‑M1/89‑91 (MQ=255) aCGGACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATaaaaaa < 1:2534751/91‑1 (MQ=255) aCGGACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATaaaaaa < 1:2798243/91‑1 (MQ=255) aCGGACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATaaaaaa > 2:313410/1‑91 (MQ=255) ttagttggcggtttatacttcgcatttaaaaaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccataaaaaa > 2:2039996‑M1/86‑91 (MQ=255) ttagttggcggtttatacttcgcatttaaaaaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccataaaaaa < 1:1990919‑M1/6‑1 (MQ=255) cGGACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATaaaaaaa > 1:967861/1‑91 (MQ=255) cGGACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATaaaaaaa > 1:2290451/1‑91 (MQ=255) cGGACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATaaaaaaa > 2:3457704/1‑91 (MQ=255) cGGACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATaaaaaaa > 2:1201213/1‑91 (MQ=255) tagttggcggtttatacttcgcatttaaaaaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccatAAAAAA‑t < 2:1056851‑M1/7‑1 (MQ=255) tagttggcggtttatacttcgcatttaaaaaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccatAAAAAA‑t < 2:506193‑M1/7‑1 (MQ=255) ggACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑t > 2:1938028/1‑91 (MQ=255) gACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑tt < 1:1603760/91‑1 (MQ=255) gttggcggtttatacttcgcatttaaaaaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccatAAAAAA‑TTc < 2:1363539‑M1/9‑1 (MQ=255) aCCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTc < 1:250230/91‑1 (MQ=255) ggcggtttatacttcgcatttaaaaaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccatAAAAAA‑TTCCCg > 2:698122‑M1/80‑91 (MQ=255) gATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAATA‑TTCCCGAg > 1:3550108/1‑91 (MQ=255) gATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAg < 1:1451444/91‑1 (MQ=255) tCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCa > 2:1419686/1‑91 (MQ=255) tCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCa > 2:2886493/1‑91 (MQ=255) aaGAATCATTGAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGAAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCAc < 2:3580434/90‑1 (MQ=255) aGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACt > 1:1264576/1‑91 (MQ=255) gAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACta < 2:1548342/91‑1 (MQ=255) aTCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACtata > 2:2717517/1‑91 (MQ=255) aTCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACtata > 1:2440720/1‑91 (MQ=255) tCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATaa > 2:1296850/1‑91 (MQ=255) cATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAAc > 1:1169898/1‑91 (MQ=255) cATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAAc < 1:1566500/91‑1 (MQ=255) cATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAAc < 1:952882/91‑1 (MQ=255) cATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAAc < 1:460087/91‑1 (MQ=255) aTTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACa > 2:829259/1‑91 (MQ=255) tcgcatttaaaaaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccatAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACaa > 2:1686637‑M1/67‑91 (MQ=255) tAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAgg > 2:430907/1‑91 (MQ=255) tAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAgg > 2:1976040/1‑91 (MQ=255) tAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATACTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAgg > 2:3248747/1‑91 (MQ=255) aGTGGTAATGTCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGgt < 1:3786016/91‑1 (MQ=255) gTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGgtg > 2:390142/1‑91 (MQ=255) gTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGgtg > 2:1655193/1‑91 (MQ=255) gTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGgtg > 1:153019/1‑91 (MQ=255) tGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGgtgt > 1:1835698/1‑91 (MQ=255) tGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGgtgt < 1:3735478/91‑1 (MQ=255) tGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGgtgt < 1:2946923/91‑1 (MQ=255) aaaaaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccatAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCg > 2:1124955‑M1/59‑91 (MQ=255) aaTATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCgg < 1:1233300/91‑1 (MQ=255) aaTATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCgg > 2:247516/1‑91 (MQ=255) atatCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCggg > 1:3194504/1‑91 (MQ=255) aaaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccatAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCggg > 1:173519‑M1/57‑91 (MQ=255) tatCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGa > 2:260853/1‑91 (MQ=255) aaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccatAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGa > 1:1032031‑M1/56‑91 (MQ=255) atCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGaa < 2:2726742/91‑1 (MQ=255) tCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTTATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAAt < 1:3373021/91‑1 (MQ=255) ataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccatAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGaa > 1:687907‑M1/54‑91 (MQ=255) cGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAAtt > 2:2975910/1‑91 (MQ=255) gAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAAttt < 1:329702/91‑1 (MQ=255) caagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccatAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAAtttt > 1:1704765‑M1/50‑91 (MQ=255) aaaTACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAAttttt > 2:1261547/1‑91 (MQ=255) aTACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTa < 1:2041702/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |