| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2772633 = | 174 (0.850) | 32 (0.190) | 10/134 | NT | 20.5% | intergenic (+7/+53) | phoB/USA300TCH1516_02632 | Alkaline phosphatase 3/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2772676 = | 103 (0.610) | intergenic (+50/+10) | phoB/USA300TCH1516_02632 | Alkaline phosphatase 3/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
ATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGTTAA > USA300TCH1516_ALE/2772586‑2772766 | aTACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑a < 1:2041702/91‑1 (MQ=255) tACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑At < 1:3907574/91‑1 (MQ=255) cAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATgg > 1:158145/1‑91 (MQ=255) gAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGtt < 2:3843091‑M2/91‑3 (MQ=255) gAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGtt < 1:1531968‑M2/91‑3 (MQ=255) gAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGtt < 2:137674‑M2/91‑3 (MQ=255) aaGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGttta > 1:779837‑M2/1‑87 (MQ=255) gcAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTTAttt < 1:3118660/91‑1 (MQ=255) gcAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAAttt < 1:3445596/91‑1 (MQ=255) aaaaTAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGt > 1:1379220/1‑91 (MQ=255) aaaTAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTa > 2:2076018/1‑91 (MQ=255) aaaTAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTa < 1:3833698/91‑1 (MQ=255) aataTTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTGCTCa > 1:2690475/1‑91 (MQ=255) aataTTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCa > 1:1035906/1‑91 (MQ=255) aataTTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCa > 2:2203456/1‑91 (MQ=255) atTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTCTAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATg > 2:3050959/1‑91 (MQ=255) atTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATg > 1:331750/1‑91 (MQ=255) ttGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCAGAGTACTATAACCAGGTGTTCGGGATTTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGtt > 1:3155124/1‑91 (MQ=255) tGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTa < 2:3538427/91‑1 (MQ=255) tGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTa < 1:3069245/91‑1 (MQ=255) tGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTa > 1:944917/1‑91 (MQ=255) atatTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTg > 2:2765021/1‑91 (MQ=255) tatTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGc < 2:1393784/91‑1 (MQ=255) atTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCt < 2:1642293/91‑1 (MQ=255) aGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGtttacttgaatatatcaaatattatttttgcgc < 1:3653120‑M2/91‑34 (MQ=255) aGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGtt > 1:222947/1‑91 (MQ=255) aGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGtt > 2:2373433/1‑91 (MQ=255) aGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGtt < 2:2675378/91‑1 (MQ=255) gTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTa < 1:1929482/91‑1 (MQ=255) tAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTaa > 1:2097323/1‑91 (MQ=255) aaaGCATAAGAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGGATGTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAac < 2:424613/91‑1 (MQ=255) aaaGCATAAAGAAATGCCCGAGCACTATAGCGAGGTGGTCGGGAATTTTTT‑AGGGTTTAATCTAGTTCTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAac < 2:3447353/91‑1 (MQ=255) aaaGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAac < 1:239916/91‑1 (MQ=255) aaaGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAac < 1:2516738/91‑1 (MQ=255) aaaGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAac < 1:625406/91‑1 (MQ=255) aaGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAaca < 1:2328136/91‑1 (MQ=255) aaGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAaca > 2:1877723/1‑91 (MQ=255) aGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAacac > 1:803231/1‑91 (MQ=255) tAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGtttacttgaatatatcaaatattatttttgcgctttctgtat < 2:1194564‑M2/91‑43 (MQ=255) AAAAATTCCCGAGCAGTATAACAAGGTGTGCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACGCGTTCTTg > 2:2830369‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTg > 1:2474339‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaattcccgaacaccttgttatagtgctcgggaatttttttATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTg > 1:1704991‑M2/43‑91 (MQ=255) AAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTgg > 1:2588426‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTgg > 1:3226141‑M1/1‑91 (MQ=255) aaattcccgaacaccttgttatagtgctcgggaatttttttATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTgg > 2:1674920‑M2/42‑91 (MQ=255) AATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTa > 2:1812030‑M1/1‑91 (MQ=255) ATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTAt < 1:1761018‑M1/91‑1 (MQ=255) ttcccgaacaccttgttatagtgctcgggaatttttttATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTAt > 1:868777‑M2/39‑91 (MQ=255) tcccgaacaccttgttatagtgctcgggaattttttATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTAttt > 1:2954372‑M2/37‑91 (MQ=255) tcccgaacaccttgttatagtgctcgggaattttttATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTAttt > 1:1032031‑M2/37‑91 (MQ=255) CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTAtttt < 1:509483‑M1/91‑1 (MQ=255) cGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTTATGCtttacttgaatatatcaaatattatttttgcgctttctgtattttcgatatta < 1:620879‑M2/91‑54 (MQ=255) CGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTAtttttt < 2:1109553‑M1/91‑1 (MQ=255) CGAGCACGATCACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTAtttttt > 2:2915614‑M1/1‑91 (MQ=255) 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ttttttATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTaa < 1:1990903‑M2/85‑1 (MQ=255) ttttttATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTaa > 2:2039996‑M2/7‑91 (MQ=255) tttATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGt < 2:3962554‑M2/88‑1 (MQ=255) ttATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGtt > 1:1462352‑M2/3‑91 (MQ=255) tATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGTTa > 2:660607‑M2/2‑91 (MQ=255) tATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCAAAGTATAAACCGCCAACTAATGTTa > 1:3675440‑M2/2‑91 (MQ=255) | ATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTT‑ATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGTTAA > USA300TCH1516_ALE/2772586‑2772766 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |