| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2830190 = | 176 (0.860) | 15 (0.090) | 10/138 | NT | 9.4% | intergenic (+18/+429) | icaC/lipA_2 | putative poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein/Lipase 1 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2830247 = | 137 (0.780) | intergenic (+75/+372) | icaC/lipA_2 | putative poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein/Lipase 1 | |||||
ACGAAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCGCGTGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2830289‑2830190‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑accgcgtgtttAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTAT > USA300TCH1516_ALE/2830247‑2830336 ACGAAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCAC > 2:2240347/1‑91 CGAAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACC > 1:1063649/1‑91 CGAAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACC < 1:1196235/91‑1 CGAAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACC < 1:3099325/91‑1 CGAAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACC < 1:2081264/91‑1 GAAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCG < 2:790432/91‑1 GAAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCG < 1:318577/91‑1 GAAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCG < 2:2270439/91‑1 GAAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCG < 1:2296208/91‑1 GAAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCG < 2:3513868/91‑1 AAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCGC < 1:2660364/91‑1 AAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCGC > 1:1790677/1‑91 AAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCGC > 1:1790808/1‑91 AAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCGC > 1:1862743/1‑91 AGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCGCG < 1:1005493/91‑1 AGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCGCG < 1:1678221/91‑1 AGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCGCG < 1:1578081/91‑1 GTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCGCGT > 1:1228721/1‑91 GTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCGCGT < 1:3045203/91‑1 TTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCGCGTG > 1:2985051/1‑91 TTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCGCGTGT < 1:882162/91‑1 TTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCGCGTGT < 2:376804/91‑1 TTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCGCGTGT < 2:1654482/91‑1 TTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCGCGTGT < 2:1892272/91‑1 TTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCGCGTGT < 2:670821/91‑1 TTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCGCGTGT < 1:2239500/91‑1 TAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCGCGTGTT < 1:1920719/91‑1 TAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCGCGTGTT < 1:1920224/91‑1 AAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCGCGTGTTT > 1:1790001/1‑91 AAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCGCGTGTTT > 2:2049338/1‑91 AAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCGCGTGTTT < 2:429708/91‑1 AAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCGCGTGTTT < 2:1459726/91‑1 AAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCGCGTGTTT < 2:1459702/91‑1 AAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCGCGTGTTT < 2:1456710/91‑1 AAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCGCGTGTTT > 2:3406034/1‑91 CACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAA > 2:2097850/1‑91 ACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAAC > 1:3430357/1‑91 GCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTT > 1:3108573/1‑91 CGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTC > 2:1056730/1‑91 GGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCG > 1:3709600/1‑91 GGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCG > 1:3709601/1‑91 GGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCGCGTGCTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCG > 2:882533/1‑91 AAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAA > 2:496377/1‑91 AAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAA > 2:2053197/1‑91 AAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGTT‑TTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCC > 2:1782308/1‑91 AAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGTT‑TTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCC > 2:1781906/1‑91 AAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑TTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCC > 1:1010539/1‑91 AGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGTT‑TTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCA > 1:854225/1‑91 AGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGTT‑TTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCA > 1:854501/1‑91 GATTTCG‑C‑CCACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCGCATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAAT < 2:426261/91‑1 CCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGC > 1:3457289/1‑91 CCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGC > 1:3320503/1‑91 CCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGC < 2:1000645/91‑1 CCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGC < 2:2960645/91‑1 CGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAA > 1:736197/1‑91 GTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAA < 1:497019/91‑1 GTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAA > 1:1017673/1‑91 GTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAA < 1:1468059/91‑1 GTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAA > 1:2986083/1‑91 TGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAAT > 1:3281944/1‑91 TGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAAT < 1:3267889/91‑1 TGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAAT < 2:1046116/91‑1 GTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATT < 2:2941735/91‑1 GTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATT < 1:1455540/91‑1 GTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATT < 2:1052029/91‑1 TTAATATTGTTATACATATATTCTAAGTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCACTGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTA < 2:1884218/91‑1 TAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTAT > 1:1914241/1‑91 TAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTAT > 1:185732/1‑91 TAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTAT > 1:183272/1‑91 TAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTAT < 1:461093/91‑1 ACGAAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCG‑C‑CCACCGCGTGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2830289‑2830190‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑accgcgtgtttAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTAT > USA300TCH1516_ALE/2830247‑2830336 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |