| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2830190 = | 176 (0.860) | 15 (0.090) | 10/138 | NT | 9.4% | intergenic (+18/+429) | icaC/lipA_2 | putative poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein/Lipase 1 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2830247 = | 137 (0.780) | intergenic (+75/+372) | icaC/lipA_2 | putative poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein/Lipase 1 | |||||
Only 100 of 312 total aligned reads displayed.
ATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTT > USA300TCH1516_ALE/2830100‑2830280 | ataaattttgcgaaaatatcatttctgtcccactcccattggcatttacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatatta > 1:185732‑M1/91‑91 (MQ=255)ataaattttgcgaaaatatcatttctgtcccactcccattggcatttacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatatta > 1:1914241‑M1/91‑91 (MQ=255)aTTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAA < 1:3282525‑M1/91‑1 (MQ=255) ttGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAA > 2:512298‑M1/1‑91 (MQ=255) tGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAA < 2:2898300‑M1/91‑1 (MQ=255) tGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAA > 1:1560598‑M1/1‑91 (MQ=255) attttgcgaaaatatcatttctgtcccactcccattggcatttacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattAAaca < 1:3267889‑M1/5‑1 (MQ=255) gTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACAC < 2:2605336‑M1/91‑1 (MQ=255) tttgcgaaaatatcatttctgtcccactcccattggcatttacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattAAACAcg > 1:736197‑M1/85‑91 (MQ=255) gAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGC > 2:3869980‑M1/1‑91 (MQ=255) gAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGC < 2:143591‑M1/91‑1 (MQ=255) aaTTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCG < 1:1193813‑M1/91‑1 (MQ=255) gcgaaaatatcatttctgtcccactcccattggcatttacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattAAACACGCgg < 2:1000645‑M1/10‑1 (MQ=255) aTTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGG < 1:1146063‑M1/91‑1 (MQ=255) ttCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGT < 1:2163204‑M1/91‑1 (MQ=255) cTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTgg < 1:3532857/91‑1 (MQ=255) tataTCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTgg‑g < 1:2167197/91‑1 (MQ=255) tataTCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTgg‑g < 1:2156846/91‑1 (MQ=255) tatCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑Cg > 1:3753295/1‑91 (MQ=255) tCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGT‑G‑CGaa > 2:1251189/1‑91 (MQ=255) tCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGaa > 2:531088/1‑91 (MQ=255) tCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGaa < 2:1527699/91‑1 (MQ=255) cTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGaaa > 2:2666641/1‑91 (MQ=255) tttAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAAt < 2:346471/91‑1 (MQ=255) tttAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAAt < 1:2314299/91‑1 (MQ=255) ttAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATc > 1:783246/1‑91 (MQ=255) ttAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATc > 1:375195/1‑91 (MQ=255) gTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGtt < 2:2001056/91‑1 (MQ=255) tttATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGttt < 1:2948934/91‑1 (MQ=255) tttATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGttt > 2:1080799/1‑91 (MQ=255) tattatTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATCATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑TGAAATCAGTTTGa > 1:3960444/1‑91 (MQ=255) tattGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAAtt > 1:896028/1‑91 (MQ=255) attGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATtg < 1:2367257/91‑1 (MQ=255) tGGAAAGCAACCAGATAAATTGAACATTACTGCTTAGTAATTATTAAGCTATGTTAAAGACACGCGGTCG‑G‑CGAAATCAGTTTGGATtgac < 2:842041/91‑1 (MQ=255) ggAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATtgact > 2:2958130/1‑91 (MQ=255) ggAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATtgact > 1:2869522/1‑91 (MQ=255) gAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATtgactg < 1:909238/91‑1 (MQ=255) aaaCAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATtgactgac > 1:3647326/1‑91 (MQ=255) aaaCAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATtgactgac > 2:2089053/1‑91 (MQ=255) aaaCAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATtgactgac > 2:3812898/1‑91 (MQ=255) aacaacCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTTTTAAGCTACGTTAAAAACACGCGCTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTgactgact > 1:3163258/1‑91 (MQ=255) ggcatttacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattAAACACGCGGTAAAA‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACtt > 1:1010539‑M1/51‑91 (MQ=255) ggcatttacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattAAACACGCGGTAA‑AACGAAATCAGTTTGAATTGACTGACtt > 2:1781906‑M1/51‑91 (MQ=255) caacCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTc > 2:1898709/1‑91 (MQ=255) aacCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCg > 2:3508886/1‑91 (MQ=255) aacCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCg > 2:132770/1‑91 (MQ=255) aacCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCg < 2:2550104/91‑1 (MQ=255) ccATGTAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑TGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGtt < 2:3608827/91‑1 (MQ=255) ccATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGtt < 1:867743/91‑1 (MQ=255) ccATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGtt > 2:3360007/1‑91 (MQ=255) cATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTaaaacgaagtcagtcaattcaaactgatttcgcc < 2:3765880‑M1/91‑35 (MQ=255) tataAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTa > 1:1467589‑M2/1‑90 (MQ=255) taAATTTAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTacc > 2:53783‑M2/1‑88 (MQ=255) cgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTAcc > 1:3709601‑M1/43‑91 (MQ=255) aaaTTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACTCGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTaccg > 2:3182426‑M2/1‑87 (MQ=255) aaaTTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTaaaacgaagtcagtcaattcaaactgatttcgcccaccg < 1:1635327‑M1/91‑40 (MQ=255) aaTTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTaccgc < 2:3229506‑M2/91‑6 (MQ=255) aaTTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTaccgc > 1:1091100‑M2/1‑86 (MQ=255) gtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCgt > 1:3430357‑M1/39‑91 (MQ=255) tGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTaccgcgtg > 2:3706472‑M2/1‑83 (MQ=255) gAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTaccgcgtgt < 1:3842173‑M2/91‑10 (MQ=255) gAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTaccgcgtgt < 1:3804046‑M2/91‑10 (MQ=255) gAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTaccgcgtgt > 1:2205203‑M2/1‑82 (MQ=255) gAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTaccgcgtgt > 2:2471077‑M2/1‑82 (MQ=255) aaCATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTaccgcgtgtt < 2:3375888‑M2/91‑11 (MQ=255) aaCATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTaccgcgtgtt < 2:2761736‑M2/91‑11 (MQ=255) aCATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTaccgcgtgttt < 2:665157‑M2/91‑12 (MQ=255) cATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTa > 2:2176198/1‑91 (MQ=255) aTTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTaa > 2:1872543/1‑91 (MQ=255) tGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTg > 1:2453967/1‑91 (MQ=255) gCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGt < 2:250503/91‑1 (MQ=255) gCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGt > 1:140731/1‑91 (MQ=255) ttattaattattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTta > 2:3798659/1‑91 (MQ=255) tattaattattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTtat > 2:417035/1‑91 (MQ=255) tattaattattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTtat < 1:3173188/91‑1 (MQ=255) tattaattattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTtat > 1:3741924/1‑91 (MQ=255) attaattattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTtata < 2:1054259/91‑1 (MQ=255) ttaattattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATAc < 2:880392/91‑1 (MQ=255) ttaattattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATAGTTATAc > 1:1957183/1‑91 (MQ=255) aattattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACat > 1:3585904/1‑91 (MQ=255) attattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACata < 2:2271216/91‑1 (MQ=255) attattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACata < 1:309844/91‑1 (MQ=255) ttattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACatat < 1:1315867/91‑1 (MQ=255) tattaaACTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACatata > 1:3073301/1‑91 (MQ=255) attaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACatatat > 2:1981686/1‑91 (MQ=255) attaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACCTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTCTACatatat > 2:302598/1‑91 (MQ=255) taaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTc > 2:461093/1‑91 (MQ=255) aaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGCTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCt > 1:42361/1‑91 (MQ=255) gCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTaa < 2:2907201/91‑1 (MQ=255) gCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTaa > 1:2047102/1‑91 (MQ=255) cTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAAt < 1:500675/91‑1 (MQ=255) cTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAAt > 1:1498364/1‑91 (MQ=255) aTGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTg < 1:2771787/91‑1 (MQ=255) aaaaaCACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACAt > 1:831121/1‑91 (MQ=255) aaaaCACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACAtt > 1:602457/1‑91 (MQ=255) aaaaCACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACAtt < 1:2421291/91‑1 (MQ=255) aaaCACGCGGTaaaacgaagtcagtcaattcaaactgatttcgcccaccgcgtgtttttaacatagcttaataattaataagcattaatgt > 1:2624088‑M1/1‑11 (MQ=255) aaaCACGCGGTaaaacgaagtcagtcaattcaaactgatttcgcccaccgcgtgtttttaacatagcttaataattaataagcattaatgt > 1:2157167‑M1/1‑11 (MQ=255) AAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACAttt < 2:1459702‑M1/91‑1 (MQ=255) AAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACAttt > 1:1790001‑M1/1‑91 (MQ=255) | ATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGG‑G‑CGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTT > USA300TCH1516_ALE/2830100‑2830280 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |