| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2850817 = | 144 (0.710) | 22 (0.130) | 12/132 | NT | 15.7% | intergenic (+16/+103) | pcp/USA300HOU_RS14605 | Pyrrolidone‑carboxylate peptidase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2850866 = | 117 (0.700) | intergenic (+65/+54) | pcp/USA300HOU_RS14605 | Pyrrolidone‑carboxylate peptidase/hypothetical protein | |||||
AACAATGTCGTTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2850920‑2850817‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttagggtgcttttgGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCTAAAATTTACAAA > USA300TCH1516_ALE/2850866‑2850955 AACAATGTCGTTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAAT < 1:2820329/91‑1 ACAATGTCGTTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATT > 2:755162/1‑91 ACAATGTCGTTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATT < 1:2836582/91‑1 CAATGTCGTTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTA < 1:3375559/91‑1 AATGTCGTTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAG < 2:114971/91‑1 AATGTCGTTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAG < 2:2741569/91‑1 cattGTTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGG > 2:2036791/5‑91 TGTCGTTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGG < 2:2925577/91‑1 TGTCGTTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGG > 1:1937041/1‑91 GTCGTTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGT < 2:1319202/91‑1 GTCGTTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGT < 2:894387/91‑1 TCGTTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTG > 1:3718967/1‑91 TCGTTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTG > 1:3719321/1‑91 GTTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCT > 1:308285/1‑91 GTTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCT > 2:1276789/1‑91 GTTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCT < 2:1187086/91‑1 GTTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCT < 2:2654725/91‑1 TTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTT < 1:3511356/91‑1 TAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTT < 1:115973/91‑1 AGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAGAAGCTCCCGAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTG < 2:77624/91‑1 AGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTG < 2:77637/91‑1 AGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTG > 2:517426/1‑91 AGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTAAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTG > 1:3686031/1‑91 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AAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGT > 1:498256/1‑91 AGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTT > 1:1369703/1‑91 GTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCCTTTGGGTGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTA > 2:3441099/1‑91 TTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAG > 1:849163/1‑91 TTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCC < 1:1607232/91‑1 TTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCC < 1:2274168/91‑1 TTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCC < 2:2037679/91‑1 TTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACAGTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCC < 2:2234871/91‑1 TAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGTTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCT < 1:1880368/91‑1 TAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCT < 2:1820408/91‑1 TAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCT < 1:251898/91‑1 TAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCT > 2:3881071/1‑91 TAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCT < 1:251820/91‑1 TAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCT < 1:251647/91‑1 AGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCTA > 1:375610/1‑91 AGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCTA > 1:375519/1‑91 AGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCTA > 2:3788079/1‑91 AGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCTA > 1:3920879/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |