| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2850817 = | 144 (0.710) | 22 (0.130) | 12/132 | NT | 15.7% | intergenic (+16/+103) | pcp/USA300HOU_RS14605 | Pyrrolidone‑carboxylate peptidase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2850866 = | 117 (0.700) | intergenic (+65/+54) | pcp/USA300HOU_RS14605 | Pyrrolidone‑carboxylate peptidase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 296 total aligned reads displayed.
GCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCT > USA300TCH1516_ALE/2850727‑2850907 | tttgtaaattttaggaagttaaaaaaagaagactaaacaatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcc > 1:977476‑M1/91‑91 (MQ=255)gCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAAC > 1:2854112‑M1/1‑91 (MQ=255)gCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAAC > 1:2126637‑M1/1‑91 (MQ=255) cAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTGTGTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACA < 2:740492‑M1/91‑1 (MQ=255) gtaaattttaggaagttaaaaaaagaagactaaacaatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCaaa < 1:2199113‑M1/4‑1 (MQ=255) taaattttaggaagttaaaaaaagaagactaaacaatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCaaaa < 1:1016016‑M1/5‑1 (MQ=255) taaattttaggaagttaaaaaaagaagactaaacaatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCaaaa < 2:3587246‑M1/5‑1 (MQ=255) aaattttaggaagttaaaaaaagaagactaaacaatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAg > 1:2670570‑M1/86‑91 (MQ=255) aaattttaggaagttaaaaaaagaagactaaacaatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAg > 2:3560099‑M1/86‑91 (MQ=255) tGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCA < 2:2192349‑M1/91‑1 (MQ=255) tGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCA > 2:239922‑M1/1‑91 (MQ=255) ttttaggaagttaaaaaaagaagactaaacaatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCAc < 2:970755‑M1/9‑1 (MQ=255) aCTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTCATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACC > 2:51378‑M1/1‑91 (MQ=255) aCTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACC > 1:3282922‑M1/1‑91 (MQ=255) aCTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACC > 1:1266445‑M1/1‑91 (MQ=255) cTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCC > 2:3120857‑M1/1‑91 (MQ=255) cTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCT‑GGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCT < 2:1482562‑M1/91‑1 (MQ=255) taggaagttaaaaaaagaagactaaacaatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCt > 2:3788079‑M1/80‑91 (MQ=255) tGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCT < 1:3481224‑M1/91‑1 (MQ=255) tGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCT < 1:1773834‑M1/91‑1 (MQ=255) aggaagttaaaaaaagaagactaaacaatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTa < 1:251898‑M1/13‑1 (MQ=255) aggaagttaaaaaaagaagactaaacaatgtcgtttaactaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTa < 1:1880368‑M1/13‑1 (MQ=255) ggaagttaaaaaaagaagactaaacaatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTaa < 1:1607232‑M1/14‑1 (MQ=255) ggaagttaaaaaaagaagactaaacaatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTaa < 2:2037679‑M1/14‑1 (MQ=255) cAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAA > 1:3835139‑M1/1‑91 (MQ=255) aGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAt > 2:2730558/1‑91 (MQ=255) cATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTg < 1:2391353/91‑1 (MQ=255) tggAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTGCACCGAGCCCTGGGCAGAACGGAATAGGTATAAGTGCACAAACAATAGCACCCGGAgttgtt < 2:319135/89‑1 (MQ=255) gAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAg > 1:2353406/1‑91 (MQ=255) gAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAg < 1:1570661/91‑1 (MQ=255) aGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGtt < 1:1259883/91‑1 (MQ=255) gCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGttt > 2:401308/1‑91 (MQ=255) gCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGttt > 1:150139/1‑91 (MQ=255) cTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTa < 1:3943603/91‑1 (MQ=255) tATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAACCAAAAGCACCCTACTTTGTTAGTTTaa > 2:676158/1‑91 (MQ=255) aTTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAg > 2:1801804/1‑91 (MQ=255) tttCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCATGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGt > 2:3447997/1‑91 (MQ=255) ttCTAATGATTATTATTTACACCTAGCTCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTc < 2:3387642/91‑1 (MQ=255) tCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAagttagacttaaactaa < 2:471135‑M1/91‑18 (MQ=255) tCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCt < 1:998576/91‑1 (MQ=255) aaTGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGTAATAGTTATAAGTGCACAAACAAGAGCACCCTAAagttagacttaaactaacaa < 2:1416398‑M1/91‑21 (MQ=255) aaTGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAAc > 1:3716944/1‑91 (MQ=255) aaTGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAAc > 1:2031845/1‑91 (MQ=255) atgatgAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACt > 1:685441/1‑91 (MQ=255) aaacaatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACt > 1:1369703‑M1/57‑91 (MQ=255) caatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTa > 1:1640206‑M1/54‑91 (MQ=255) atgaGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAagttagacttaaactaacaaatta < 1:2466276‑M1/91‑25 (MQ=255) tgaGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAagttagacttaaactaacaaattag < 1:304479‑M1/91‑26 (MQ=255) tgaGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAagttagacttaaactaacaaattag < 1:1517010‑M1/91‑26 (MQ=255) tgaGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttag > 2:3078154‑M2/1‑87 (MQ=255) aatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAg > 2:2686479‑M1/53‑91 (MQ=255) tgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAggg > 2:1556157‑M1/51‑91 (MQ=255) tgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAggg > 2:1087757‑M1/51‑91 (MQ=255) aGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAagttagacttaaactaacaaattaggg < 2:2923387‑M1/91‑28 (MQ=255) aGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAagttagacttaaactaacaaattaggg < 2:3708910‑M1/91‑28 (MQ=255) aGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAagttagacttaaactaacaaattaggg < 1:1028923‑M1/91‑28 (MQ=255) aGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttaggg > 2:3290383‑M2/1‑85 (MQ=255) aGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttaggg > 2:3850841‑M2/1‑85 (MQ=255) ggATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggt > 1:3216905‑M2/1‑84 (MQ=255) ggATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggt > 1:3659671‑M2/1‑84 (MQ=255) gATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggtg > 1:940854‑M2/1‑83 (MQ=255) gATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggtg < 2:2203546‑M2/91‑9 (MQ=255) ttACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggtgctt > 1:1147309‑M2/1‑80 (MQ=255) tACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggtgcttt > 1:38690‑M2/1‑79 (MQ=255) tagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCtttt > 1:1948021‑M1/44‑91 (MQ=255) cacCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggtgcttttg > 1:3744164‑M2/1‑77 (MQ=255) acCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTgg > 2:2371407/1‑91 (MQ=255) ccTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGga < 2:1452403/91‑1 (MQ=255) ccTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGga > 2:1879940/1‑91 (MQ=255) cTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACACAAGCGCCCGAATTTGTGAGTTGAAGTCGAACTTTAGGGTGCTTTTGgat < 2:1233260/91‑1 (MQ=255) cTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGgat > 2:2007366/1‑91 (MQ=255) gCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGgatgat > 2:3638432/1‑91 (MQ=255) tcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGtat > 1:2271907‑M1/31‑91 (MQ=255) ggCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGtat < 2:571672/91‑1 (MQ=255) ggCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGtat < 1:2593395/91‑1 (MQ=255) ggCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGtat < 2:3858945/91‑1 (MQ=255) ggCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGtat > 1:1729000/1‑91 (MQ=255) gCACAACGGATTAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGtata > 2:916168/1‑91 (MQ=255) 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tataAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAat < 1:811878/91‑1 (MQ=255) tataAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAat > 1:3757437/1‑91 (MQ=255) ataAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAATTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatg > 1:3142031/1‑91 (MQ=255) ataAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatg < 1:3381852/91‑1 (MQ=255) taAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatga > 1:105554/1‑91 (MQ=255) aaGTGCACAAACAAAAGCGCCCTAATTTGTTGGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatgat < 2:1394461/91‑1 (MQ=255) aaGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatgat < 1:880886/91‑1 (MQ=255) aGTGCACAAACAAAAGCACCCTAGTTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatgatg < 2:2841201/91‑1 (MQ=255) aGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatgatg < 1:2332140/91‑1 (MQ=255) caaacaaaAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTAtttt > 2:2258126/1‑91 (MQ=255) aacaaaAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAg > 2:2515960/1‑91 (MQ=255) caatAGCACCCTAAagttagacttaaactaacaaattagggtgcttttgtttgtgcacttataactattccgttgtgcccagggctaggtg < 1:3181334‑M1/91‑78 (MQ=255) caaaAGCACCCTAAagttagacttaaactaacaaattagggtgcttttgtttgtgcacttataactattccgttgtgcccagggctaggtg < 1:2953005‑M1/91‑78 (MQ=255) CAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTCGGGAGCTTCTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCt < 2:77624‑M1/91‑1 (MQ=255) | GCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCT > USA300TCH1516_ALE/2850727‑2850907 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |