| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2850830 | 142 (0.700) | 17 (0.100) | 8/132 | NT | 12.7% | intergenic (+29/+90) | pcp/USA300HOU_RS14605 | Pyrrolidone‑carboxylate peptidase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2850851 | 117 (0.700) | intergenic (+50/+69) | pcp/USA300HOU_RS14605 | Pyrrolidone‑carboxylate peptidase/hypothetical protein | |||||
GCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2850727‑2850830‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑caaaagcaccctaaAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCCTCATCA < USA300TCH1516_ALE/2850851‑2850762 GCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAAC > 1:126926/1‑91GCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAAC > 1:2854112/1‑91GCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAAC > 1:2126637/1‑91GCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAAC > 1:2126385/1‑91 CAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTGTGTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACA < 2:740492/91‑1 GGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAA > 1:764972/1‑91 GGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAA > 1:4344/1‑91 aacCTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCA > 2:956232/4‑91 TGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCc > 2:3770228/1‑90 TGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCA > 1:2851636/1‑91 TGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCA < 2:2192349/91‑1 TGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCA < 2:2192509/91‑1 TGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCA < 2:2315607/91‑1 TGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCA > 2:2393393/1‑91 TGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCA > 2:239922/1‑91 TGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCA > 1:2882694/1‑91 ACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTCATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACC > 2:51378/1‑91 ACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACC > 1:1266445/1‑91 ACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACC > 1:1424946/1‑91 ACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACC > 1:1637500/1‑91 ACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACC > 1:3424160/1‑91 ACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACC > 1:3282922/1‑91 ACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAACAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACC > 1:1266382/1‑91 CTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCC > 2:3120857/1‑91 CTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCC < 2:1585449/91‑1 CTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCT‑GGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCT < 2:1482562/91‑1 TGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCT < 1:1773834/91‑1 TGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCT < 1:3481224/91‑1 TGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCT < 2:3114490/91‑1 CAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGCATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAA > 2:627078/1‑91 CAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTgg < 2:1858669/91‑3 CAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAA > 1:3620285/1‑91 CAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAA > 1:3835139/1‑91 TCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAA < 2:471135/91‑1 TAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACA < 1:3287115/91‑1 AATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGTAATAGTTATAAGTGCACAAACAAGAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAA < 2:1416398/91‑1 ATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAA < 1:1752087/91‑1 ATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAATTGCACAAACAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTA < 1:3142003/91‑1 ATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTA < 1:2466276/91‑1 TGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTGAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAG < 2:3275879/91‑1 TGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAG < 1:1517010/91‑1 TGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAG < 1:304479/91‑1 AGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGG < 1:1028923/91‑1 AGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGG < 2:3708910/91‑1 AGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGG < 2:2923387/91‑1 AGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGG < 1:2237243/91‑1 AGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGG < 1:1028889/91‑1 AGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGG < 1:170178/91‑1 GATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTG < 1:2141742/91‑1 GATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTG < 1:144888/91‑1 CAATAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTG < 1:3181334/91‑1 CAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTG < 1:2953005/91‑1 CAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTG > 1:3744164/1‑91 AAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGT < 1:769583/91‑1 AAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGT < 1:1832007/91‑1 AAAGCACCCTAGAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTA < 1:3577591/91‑1 AAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTA > 1:3801674/1‑91 AAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTA > 1:38690/1‑91 AAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTACGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTA < 2:3568262/91‑1 AAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAA > 1:1147309/1‑91 AAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAA > 1:1135982/1‑91 AAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAA > 2:427306/1‑91 AAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAA > 2:756604/1‑91 GCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAAT > 1:732935/1‑91 CACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATC < 2:2203546/91‑1 CACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATC > 1:940854/1‑91 ACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCC < 1:969153/91‑1 ACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCC > 1:3216905/1‑91 ACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCC > 1:3659671/1‑91 CCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCCT > 2:3290383/1‑91 CCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCCT > 1:2637388/1‑91 CCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCCT > 2:3850841/1‑91 CCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCCT > 2:3850850/1‑91 CCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCCT > 2:3851240/1‑91 CCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCCT > 2:1549791/1‑91 CTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCCTCA > 2:3078154/1‑91 TAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCCTCAT > 2:232609/1‑91 TAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCCTCAT > 2:2016476/1‑91 TAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTGGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCCTCAT < 2:3082179/91‑1 AAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCCTCATC < 1:1595613/91‑1 AAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCCTCATCA > 2:2745231/1‑91 GCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2850727‑2850830‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑caaaagcaccctaaAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCCTCATCA < USA300TCH1516_ALE/2850851‑2850762 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |