| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2850830 | 142 (0.700) | 17 (0.100) | 8/132 | NT | 12.7% | intergenic (+29/+90) | pcp/USA300HOU_RS14605 | Pyrrolidone‑carboxylate peptidase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2850851 | 117 (0.700) | intergenic (+50/+69) | pcp/USA300HOU_RS14605 | Pyrrolidone‑carboxylate peptidase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
ATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTC > USA300TCH1516_ALE/2850761‑2850941 | atgatgAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACt > 1:384163/1‑91 (MQ=255)atgatgAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACt > 1:1701731/1‑91 (MQ=255) tgatgaGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTt > 2:2745231‑M2/1‑90 (MQ=255) acaatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACttt > 1:498256‑M1/55‑91 (MQ=255) caatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTa > 1:2341404‑M1/54‑91 (MQ=255) atgaGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTtta > 2:232609‑M2/1‑88 (MQ=255) tgaGGATTTACACCTAGCCCTGTGCACAACGGAATAGTTATAAGAGCACAAACAAAAGCACCCAAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTATAg > 1:1522391/1‑91 (MQ=255) tgaGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttag > 2:3078154‑M2/1‑87 (MQ=255) aatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAg > 1:3923700‑M1/53‑91 (MQ=255) aatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAg > 1:2328030‑M1/53‑91 (MQ=255) tgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAggg > 2:1087757‑M1/51‑91 (MQ=255) tgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAggg > 2:1556157‑M1/51‑91 (MQ=255) aGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttaggg > 1:2637388‑M2/1‑85 (MQ=255) aGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttaggg > 2:3290383‑M2/1‑85 (MQ=255) aGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttaggg > 2:3850850‑M2/1‑85 (MQ=255) gtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGt > 2:3870548‑M1/50‑91 (MQ=255) ggATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggt > 1:3659671‑M2/1‑84 (MQ=255) tcgtttagctaaaatgcatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTg > 2:1888517‑M1/49‑91 (MQ=255) gATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggtg > 1:940854‑M2/1‑83 (MQ=255) aTTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggtgc > 1:732935‑M2/1‑82 (MQ=255) tACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggtgcttt > 1:3801674‑M2/1‑79 (MQ=255) cacCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggtgctattg < 1:3181334‑M2/91‑15 (MQ=255) acCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTgg < 1:1632548/91‑1 (MQ=255) acCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTgg < 2:2245216/91‑1 (MQ=255) ccTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGga < 2:1452403/91‑1 (MQ=255) cTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACACAAGCGCCCGAATTTGTGAGTTGAAGTCGAACTTTAGGGTGCTTTTGgat < 2:1233260/91‑1 (MQ=255) tAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGgatg < 2:757788/91‑1 (MQ=255) tAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGgatg < 1:2026590/91‑1 (MQ=255) aGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGgatga < 1:3743441/91‑1 (MQ=255) aGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGgatga > 1:3615432/1‑91 (MQ=255) gCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGgatgat > 1:1863676/1‑91 (MQ=255) gCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGgatgat < 2:2008552/91‑1 (MQ=255) gCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGgatgat > 2:3638432/1‑91 (MQ=255) ccTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTg > 2:112570/1‑91 (MQ=255) ccTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTg < 1:327513/91‑1 (MQ=255) cTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTgg < 1:3550545/91‑1 (MQ=255) tGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGt < 1:994167/91‑1 (MQ=255) gggCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGta < 2:3815076/91‑1 (MQ=255) tcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGtat > 1:2271907‑M1/31‑91 (MQ=255) ggCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGtat > 1:1729000/1‑91 (MQ=255) ggCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGtat > 2:677433/1‑91 (MQ=255) ggCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGtat < 2:1710488/91‑1 (MQ=255) ggCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCAAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGtat < 2:3467616/91‑1 (MQ=255) gCACAACGGATTAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGtata > 2:916168/1‑91 (MQ=255) gCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATGTGTTAGTTTAAGTCGAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGtata < 2:703440/91‑1 (MQ=255) cacaACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATAc < 1:1633732/91‑1 (MQ=255) caACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAg < 1:1510968/91‑1 (MQ=255) caACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAg > 2:2386379/1‑91 (MQ=255) aaCGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGt > 2:1533162/1‑91 (MQ=255) ggAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGtttt < 1:1938748/91‑1 (MQ=255) aaTAGTTATAAGTGCACAAACAAAATCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTAc < 2:3581241/91‑1 (MQ=255) aaTAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTAc < 2:2874900/91‑1 (MQ=255) tataAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAat > 1:3757437/1‑91 (MQ=255) tataAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTATTACTATAat > 2:561958/1‑91 (MQ=255) ataAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatg < 1:3381852/91‑1 (MQ=255) taAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatga > 1:105554/1‑91 (MQ=255) aaGTGCACAAACAAAAGCGCCCTAATTTGTTGGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatgat < 2:1394461/91‑1 (MQ=255) aaGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatgat < 1:1140531/91‑1 (MQ=255) aaGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatgat < 1:880886/91‑1 (MQ=255) aaGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatgat < 1:2580068/91‑1 (MQ=255) tcaaacaaaAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTTCTATAATGATGTAttt > 2:2951250/2‑91 (MQ=255) aacaaaAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAg > 2:2515960/1‑91 (MQ=255) 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gTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCtttttt > 2:416233/1‑91 (MQ=255) gTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCtttttt > 2:3211497/1‑91 (MQ=255) aaCTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAAc > 2:2705134/1‑91 (MQ=255) aaCTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAAc > 1:2683555/1‑91 (MQ=255) aCTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATCATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACt > 2:484178/1‑91 (MQ=255) tttAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTc < 2:200574/91‑1 (MQ=255) | ATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTC > USA300TCH1516_ALE/2850761‑2850941 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |