| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2850830 | 142 (0.700) | 17 (0.100) | 8/132 | NT | 12.7% | intergenic (+29/+90) | pcp/USA300HOU_RS14605 | Pyrrolidone‑carboxylate peptidase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2850851 | 117 (0.700) | intergenic (+50/+69) | pcp/USA300HOU_RS14605 | Pyrrolidone‑carboxylate peptidase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 294 total aligned reads displayed.
CAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTT > USA300TCH1516_ALE/2850740‑2850920 | ggaagttaaaaaaagaagactaaacactgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTaa < 2:2234871‑M1/14‑1 (MQ=255)cAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGCATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAA > 2:627078‑M1/1‑91 (MQ=255)cAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAA > 1:3620285‑M1/1‑91 (MQ=255)cAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAA > 1:3835139‑M1/1‑91 (MQ=255) aGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAt > 2:2730477/1‑91 (MQ=255) gCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAtt < 1:126355/91‑1 (MQ=255) cATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTg < 1:3111927/91‑1 (MQ=255) cATTGAAGCGATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTg < 2:1275689/91‑1 (MQ=255) gAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAg < 1:1570661/91‑1 (MQ=255) aaGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTATCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGt > 1:237074/1‑91 (MQ=255) cTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTa < 1:3943603/91‑1 (MQ=255) cTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTa > 1:712652/1‑91 (MQ=255) aTTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAg > 1:3763335/1‑91 (MQ=255) ttCTAATGATTATTATTTACACCTAGCTCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTc < 2:3387642/91‑1 (MQ=255) ttCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTc > 1:2191090/1‑91 (MQ=255) tCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAagttagacttaaactaa < 2:471135‑M1/91‑18 (MQ=255) tCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCt < 1:998576/91‑1 (MQ=255) tCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCt > 1:2442921/1‑91 (MQ=255) tAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTaa < 2:1741990/91‑1 (MQ=255) aaTGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGTAATAGTTATAAGTGCACAAACAAGAGCACCCTAAagttagacttaaactaacaa < 2:1416398‑M1/91‑21 (MQ=255) gatgaGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTtt < 1:1595613‑M2/91‑3 (MQ=255) acaatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACttt > 1:498256‑M1/55‑91 (MQ=255) caatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTa > 1:1640206‑M1/54‑91 (MQ=255) atgaGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACCAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTtta < 2:3082179‑M2/91‑4 (MQ=255) tgaGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAagttagacttaaactaacaaattag < 1:304479‑M1/91‑26 (MQ=255) aatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAg > 1:2345560‑M1/53‑91 (MQ=255) aatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAg > 1:2328030‑M1/53‑91 (MQ=255) tgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAggg > 2:1087757‑M1/51‑91 (MQ=255) aGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAagttagacttaaactaacaaattaggg < 1:1028889‑M1/91‑28 (MQ=255) aGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAagttagacttaaactaacaaattaggg < 1:1028923‑M1/91‑28 (MQ=255) aGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttaggg > 2:3850850‑M2/1‑85 (MQ=255) ggATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggt < 1:969153‑M2/91‑8 (MQ=255) tcgtttagctaaaatgcatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTg > 2:1888517‑M1/49‑91 (MQ=255) gATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAagttagacttaaactaacaaattagggtg < 1:144888‑M1/91‑30 (MQ=255) gATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggtg > 1:940854‑M2/1‑83 (MQ=255) tACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTctagggtgcttt < 1:3577591‑M2/91‑13 (MQ=255) acCTAGCCCTGGGCAGAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTCTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTgg > 1:3373191/1‑91 (MQ=255) acCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTgg < 1:1632560/91‑1 (MQ=255) ccTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGga > 2:2198313/1‑91 (MQ=255) tAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGgatg < 1:2026590/91‑1 (MQ=255) tAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGgatg < 2:757788/91‑1 (MQ=255) gCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGgatgat < 2:2008552/91‑1 (MQ=255) gCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGgatgat > 1:1863676/1‑91 (MQ=255) gCCCTCGGCACAACGGCATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTCGGGTGCTTTTGgatgat > 2:3638414/1‑91 (MQ=255) ccTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTg > 2:1462655/1‑91 (MQ=255) ccTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTg < 1:327513/91‑1 (MQ=255) tGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGACTGCCTGTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGt < 2:3692045/91‑1 (MQ=255) ggCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGtat < 2:3858945/91‑1 (MQ=255) ggCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCAAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGtat < 2:3467616/91‑1 (MQ=255) gCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGtata < 2:3225745/91‑1 (MQ=255) gCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATGTGTTAGTTTAAGTCGAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGtata < 2:703440/91‑1 (MQ=255) caACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAg < 1:1510884/91‑1 (MQ=255) caACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAg > 2:2386379/1‑91 (MQ=255) aaCGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGt > 1:2040894/1‑91 (MQ=255) ggAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGtttt > 2:163765/1‑91 (MQ=255) ggAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGtttt < 1:1938748/91‑1 (MQ=255) aaTAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTAc < 2:2874900/91‑1 (MQ=255) aTAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACt < 1:746094/91‑1 (MQ=255) gTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACtata < 2:1364094/91‑1 (MQ=255) tataAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAat < 1:811878/91‑1 (MQ=255) ataAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAATTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatg > 1:3142031/1‑91 (MQ=255) ataAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGCTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatg > 1:1753550/1‑91 (MQ=255) taAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatga > 1:105554/1‑91 (MQ=255) taAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatga > 1:2240275/1‑91 (MQ=255) aaGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatgat < 1:880886/91‑1 (MQ=255) aaGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatgat < 1:1140531/91‑1 (MQ=255) aaGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatgat < 1:3660461/91‑1 (MQ=255) aaGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatgat < 1:2580068/91‑1 (MQ=255) aaGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatgat > 1:2830405/1‑91 (MQ=255) gTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGt < 2:961046/91‑1 (MQ=255) gCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTCTACTATAATGATGTAt > 2:3780622/1‑91 (MQ=255) aacaaaAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAg > 2:2515960/1‑91 (MQ=255) acaaaAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGc > 2:2059440/1‑91 (MQ=255) caatAGCACCCTAAagttagacttaaactaacaaattagggtgcttttgtttgtgcacttataactattccgttgtgcccagggctaggtg < 1:3181334‑M1/91‑78 (MQ=255) caaaAGCACCCTAAagttagacttaaactaacaaattagggtgcttttgtttgtgcacttataactattccgttgtgcccagggctaggtg < 1:2953005‑M1/91‑78 (MQ=255) caaaAGCACCCTAAagttagacttaaactaacaaattagggtgcttttgtttgtgcacttataactattccgttgtgcccagggctaggtg > 1:3744164‑M1/1‑14 (MQ=255) CAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCt > 2:517426‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTa < 1:115973‑M1/91‑1 (MQ=255) aaaGCACCCTAAagttagacttaaactaacaaattagggtgcttttgtttgtgcacttataactattccgttgtgcccagggctaggtgta > 1:38690‑M1/1‑12 (MQ=255) aaaGCACCCTAAagttagacttaaactaacaaattagggtgcttttgtttgtgcacttataactattccgttgtgcccagggctaggtgta > 1:3801674‑M1/1‑12 (MQ=255) aaaGCACCCTAAagttagacttaaactaacaaattacggtgcttttgtttgtgcacttataactattccgttgtgcccagggctaggtgta < 2:3568262‑M1/91‑80 (MQ=255) AAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTaa < 1:3511356‑M1/91‑1 (MQ=255) aaGCACCCTAAagttagacttaaactaacaaattagggtgcttttgtttgtgcacttataactattccgttgtgcccagggctaggtgtaa > 2:427306‑M1/1‑11 (MQ=255) AGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAAc < 2:2654725‑M1/91‑1 (MQ=255) CACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGa > 1:3718967‑M1/1‑91 (MQ=255) aCCCTAAagttagacttaaactaacaaattagggtgcttttgtttgtgcacttataactattccgttgtgcccagggctaggtgtaaatcc > 1:3216905‑M1/1‑7 (MQ=255) 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cTAAagttagacttaaactaacaaattagggtgcttttgtttgtgcacttataactattccgttgtgcccagggctaggtgtaaatcctca > 2:3078154‑M1/1‑4 (MQ=255) cTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggtgcttttgtttgtgcacttataactattccgttgtgcccagggctaggtgtaaatcctca < 1:1517010‑M2/91‑67 (MQ=255) CTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACAtt < 2:114971‑M1/91‑1 (MQ=255) tAAagttagacttaaactaacaaattagggtgcttttgtttgtgcacttataactattccgttgtgcccagggctaggtgtaaatcctcat > 2:232609‑M1/1‑3 (MQ=255) AATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGt > 2:755162‑M1/1‑91 (MQ=255) aagttagacttaaactaacaaattagggtgcttttgtttgtgcacttataactattccgttgtgcccagggctaggtgtaaatcctcatca > 2:2745231‑M1/1‑1 (MQ=255) | CAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTT > USA300TCH1516_ALE/2850740‑2850920 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |