| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2854319 | 183 (0.900) | 28 (0.150) | 12/150 | NT | 13.7% | intergenic (+17/+396) | yflS/USA300HOU_RS14625 | Putative malate transporter YflS/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2854338 | 181 (0.950) | intergenic (+36/+377) | yflS/USA300HOU_RS14625 | Putative malate transporter YflS/hypothetical protein | |||||
TAATATTAGGTTTCGTCTACTTTATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2854226‑2854319‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agcgcCCAAATCAATGAGATTCGAGCGCTAATTTAAATATTTTAAAATATACCAATTACTTTCATCCAAAGTGATCCTAAACCAATCCAGATAAT < USA300TCH1516_ALE/2854338‑2854249 TAATATTAGGTTTCGTCTACTTTATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAG > 2:2249621/1‑91 AATATTAGGTTTCGTCTACTTTATTGTCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGC < 1:3693395/91‑1 AATATTAGGTTTCGTCTACTTTATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGC > 1:688237/1‑91 AATATTAGGTTTCGTCTACTTTATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGC > 1:688216/1‑91 AATATTAGGTTTCGTCTACTTTATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGC > 1:565839/1‑91 AATATTAGGTTTCGTCTACTTTATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGC > 1:1782212/1‑91 AATATTAGGTTTCGTCTACTTTATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGC > 1:564303/1‑91 AATATTAGGTTTCGTCTACTTTATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGC > 1:3219425/1‑91 AATATTAGGTTTCGTCTACTTTATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGC > 2:3088319/1‑91 ATATTAGGTTTCGTCTACTTTATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCG < 2:587204/91‑1 TATTAGGTTTCGTCTACTTTATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGC < 2:2471343/91‑1 TCTACTTTATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCCCAAATCAATGA < 2:2118228/91‑1 CTACTTTATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCCCAAATCAATGAG < 2:1933057/91‑1 TACTTTATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCCCAAATCAATGAGA < 1:1352767/91‑1 TACTTTATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCCCAAATCAATGAGA < 1:1353008/91‑1 TACTTTATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCCCAAATCAATGAGA < 1:3934370/91‑1 TACTTTATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCCCAAATCAATGAGA < 1:1498041/91‑1 CTTTATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCCCAAATCAATGAGATT < 2:500556/91‑1 TTTATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCCCAAATCAATGAGATTC < 1:3595417/91‑1 TTTATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCCCAAATCAATGAGATTC < 1:3596499/91‑1 TTTATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCCCAAATCAATGAGATTC < 1:1378121/91‑1 TTTATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCCCAAATCAATGAGATTC < 1:1533894/91‑1 TTATTGTCTGGATTGGTTTAGGATCTCTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCCCAAATCAATGAGATTCG < 1:3669692/91‑1 TTATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCCCAAATCAATGAGATTCG < 1:2232530/91‑1 TTATTATCTGGATTGGTTTAAGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCCCAAATCAATGAGATTCG < 1:1884610/91‑1 TTATTATCTGGATTGGTTTAAGATCACATTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCCCAAATCAATGAGATTCG < 2:698424/91‑1 TATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCCCAAATCAATGAGATTCGA < 1:2714267/91‑1 TATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCCCAAATCAATGAGATTCGA < 1:1586532/91‑1 TATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCCCAAATCAATGAGATTCGA < 1:1022710/91‑1 TATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCCCAAATCAATGAGATTCGA < 1:185692/91‑1 TATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCCCAAATCAATGAGATTCGA < 1:276530/91‑1 ATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCCCAAATCAATGAGATTCGAGCGC < 2:2857007/91‑1 ATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCCCAAATCAATGAGATTCGAGCGC < 1:565077/91‑1 CTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTACTTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCCCAAATCAATGAGATTCGAGCGCTA < 2:841983/91‑1 TGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCCCAAATCAATGAGATTCGAGCGCTAA < 1:2421602/91‑1 GGATTGGTTTAGGATCACTTTGGGTGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCCCAAATCAATGAGATTCGAGCGCTAAT < 2:1163863/91‑1 TGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCCCAAATCAATGAGATTCGAGCGCTAATTTAA < 2:2755429/91‑1 TGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCCCAAATCAATGAGATTCGAGCGCTAATTTAA < 2:2756122/91‑1 TGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCCCAAATCAATGAGATTCGAGCGCTAATTTAA < 2:3897078/91‑1 AGCGCCCAAATCAATGAGATTCGAGCGCTAATTTAAATATTTTAAAATATACCAATTACTTTCATCCAAAGTGATCCTAAACCAATCCAGA > 2:2113570/1‑91 AGCGCCCAAATCAATGAGATTCGAGCGCTAATTTAAATATTTTAAAATATACCAATTACTTTCATCCAAAGTGATCCTAAACCAATCCAGA > 2:1075563/1‑91 GCGCCCAAATCAATGAGATTCGAGCGCTAATTTAAATATTTTAAAATATACCAATTACTTTCATCCAAAGTGATCCTAAACCAATCCAGAT < 2:3704160/91‑1 GCGCCCAAATCAATGAGATTCGAGCGCTAATTTAAATATTCTAAAATATACCAATTACTTTCATCCAAAGAGATCCTAAACCAATCCAGAT > 2:1303233/1‑91 CGCCCAAATCAATGAGATTCGAGCGCTAATTTAAATATTTTAAAATATACCAATTACTTTCATCCAAAGTGATCCTAAACCAATCCAGATA < 1:3441147/91‑1 GCCCAAATCAATGAGATTCGAGCGCTAATTTAAATATTTTAAAATATACCAATTACTTTCATCCAAAGTGATCCTAAACCAATCCAGATAA > 1:2277363/1‑91 GCCCAAATCAATGAGATTCGAGCGCTAATTTAAATATTTTAAAATATACCAATTACTTTCATCCAAAGTGATCCTAAACCAATCCAGATAA > 2:2576483/1‑91 GCCCAAATCAATGAGATTCGAGCGCTAATTTAAATATTTTAAAATATACCAATTACTTTCATCCAAAGTGATCCTAAACCAATCCAGATAA > 2:8916/1‑91 CCCAAATCAATGAGATTCGAGCGCTGATTTAAATATTTTAAAATATACCAATTACTTTCATCCAAAGTGATCCTAAACCAATCCAGATAAT < 1:178508/91‑1 CCCAAATCAATGAGATTCGAGCGCTAATTTAAATATTTTAAAATATACCAATTACTTTCATCCAAAGTGATCCTAAACCAATCCAGATAAT < 1:3081575/91‑1 CCCAAATCAATGAGATTCGAGCGCTAATTTAAATATTTTAAAATATACCAATTACTTTCATCCAAAGTGATCCTAAACCAATCCAGATAAT < 2:1399004/91‑1 TAATATTAGGTTTCGTCTACTTTATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2854226‑2854319‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agcgcCCAAATCAATGAGATTCGAGCGCTAATTTAAATATTTTAAAATATACCAATTACTTTCATCCAAAGTGATCCTAAACCAATCCAGATAAT < USA300TCH1516_ALE/2854338‑2854249 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |