| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2854319 | 183 (0.900) | 28 (0.150) | 12/150 | NT | 13.7% | intergenic (+17/+396) | yflS/USA300HOU_RS14625 | Putative malate transporter YflS/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2854338 | 181 (0.950) | intergenic (+36/+377) | yflS/USA300HOU_RS14625 | Putative malate transporter YflS/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
TATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATCCTTTAAATCATTGCGTGCTTC > USA300TCH1516_ALE/2854248‑2854428 | tattatCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTgg < 1:430591/91‑1 (MQ=255) attatCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGg < 2:1399004‑M2/91‑2 (MQ=255) ttatCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGgc > 2:8916‑M2/1‑89 (MQ=255) ttatCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGgc > 2:2576483‑M2/1‑89 (MQ=255) tatCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGgcg < 1:3441147‑M2/91‑4 (MQ=255) atCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGgcgc < 2:3704160‑M2/91‑5 (MQ=255) tCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGgcgct > 2:1075563‑M2/1‑86 (MQ=255) tCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGgcgct > 2:2113570‑M2/1‑86 (MQ=255) cTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTGAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCtt < 2:3054805/91‑1 (MQ=255) cTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCtt < 2:1525280/91‑1 (MQ=255) tGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCttt < 2:787076/91‑1 (MQ=255) ggATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCtttt < 2:796191/91‑1 (MQ=255) gATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCttttt < 2:657781/91‑1 (MQ=255) gATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCttttt > 2:186169/1‑91 (MQ=255) aTTTGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTGTTTa < 1:3122034/91‑1 (MQ=255) aTTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTa < 2:2204891/91‑1 (MQ=255) ttGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTaa < 2:3396413/91‑1 (MQ=255) tAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTa < 1:618898/91‑1 (MQ=255) tAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTa > 1:2805649/1‑91 (MQ=255) tAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTa < 1:3914152/91‑1 (MQ=255) aTCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTa > 1:2013981/1‑91 (MQ=255) tCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTaa > 1:3191347/1‑91 (MQ=255) cACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTaaa > 1:2202529/1‑91 (MQ=255) aaCTTTGGATGAGAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTaaa < 2:1301636/90‑1 (MQ=255) cTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAAt < 2:682554/91‑1 (MQ=255) cTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAAt < 1:3331717/91‑1 (MQ=255) cTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAAt < 1:3301278/91‑1 (MQ=255) tttGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATc < 1:1796991/91‑1 (MQ=255) ttGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCa > 2:2194008/1‑91 (MQ=255) ttGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCa > 2:1418392/1‑91 (MQ=255) ggATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAAc > 2:1822724/1‑91 (MQ=255) aTGAAAGTATTTGGTATATTTTAAAATAGTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTGTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCt < 2:2044036/91‑1 (MQ=255) aTGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCt < 1:2360350/91‑1 (MQ=255) tGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCtt < 2:3311066/91‑1 (MQ=255) aaaGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTg > 1:2927716/1‑91 (MQ=255) aaaGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTg > 1:2445335/1‑91 (MQ=255) aaaGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTg < 1:1217890/91‑1 (MQ=255) aaGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGc > 2:1157076/1‑91 (MQ=255) aaGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGc > 2:619250/1‑91 (MQ=255) aaGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGc > 1:1257760/1‑91 (MQ=255) aGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCt < 1:3403235/91‑1 (MQ=255) aGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCATTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCt < 1:3507943/91‑1 (MQ=255) tGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCa < 2:356963/91‑1 (MQ=255) tGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCa < 1:1080856/91‑1 (MQ=255) gTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAg < 1:1124820/91‑1 (MQ=255) gTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAg < 2:1185288/91‑1 (MQ=255) tataTTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGa > 2:2335954/1‑91 (MQ=255) atatTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGAc > 2:111791/1‑91 (MQ=255) atagTTTTACATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGAc < 2:3506359/91‑1 (MQ=255) ttttAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTcc > 1:1396743/1‑91 (MQ=255) ttttAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTcc < 1:2273340/91‑1 (MQ=255) tttAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTccc < 1:3158550/91‑1 (MQ=255) tAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCGCtt > 1:3063692/1‑91 (MQ=255) tAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCtt < 1:116280/91‑1 (MQ=255) 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tttAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTaaaa < 1:8418/91‑1 (MQ=255) tttAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTaaaa < 1:3623278/91‑1 (MQ=255) ttAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGgcgctaatttaaatattttaaaatataccaattactttcatccaaagtgatcctaaacca < 2:3897078‑M2/91‑61 (MQ=255) ttAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGgcgctaatttaaatattttaaaatataccaattactttcatccaaagtgatcctaaacca < 2:2755429‑M2/91‑61 (MQ=255) tAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTATATCAAGACTCCCTTTTTAAAATa > 2:3024821/1‑91 (MQ=255) tAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATa > 1:3178930/1‑91 (MQ=255) aaTTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACg > 1:2423742/1‑91 (MQ=255) ttAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGtt < 1:2065393/91‑1 (MQ=255) 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ttGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATCCTTTAAATCATTg < 1:1440151/91‑1 (MQ=255) ttGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATCCTTTAAATCATTg < 1:2598154/91‑1 (MQ=255) gATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAGATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATCCTTTAAATCATTGCg < 1:1661667/91‑1 (MQ=255) gATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTCTCCTTTACATCATTGcc > 2:372751/1‑90 (MQ=255) tttGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATCCTTTAAATCATTGCGTg > 2:2496048/1‑91 (MQ=255) ggCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATCCTTTAAATCATTGCGTGCTTc > 2:1491600/1‑91 (MQ=255) | TATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATCCTTTAAATCATTGCGTGCTTC > USA300TCH1516_ALE/2854248‑2854428 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |