New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP000731 | 34 = | 384 (0.420) | 78 (0.090) | 17/146 | NT | 14.2% | intergenic (–/‑198) | –/repA | –/replication protein A |
? | CP000731 | 65 = | 593 (0.710) | intergenic (–/‑167) | –/repA | –/replication protein A |
Only 100 of 345 total aligned reads displayed.
TTATTCATTATATAATACAAGTATCGAAAATTATATAAATAAACAGTTTNTAAACGTTTTATTACCAAACCCCGACTATTACCAGTAGTTGGGGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000731/130‑34 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggggtttGGTAATAAAACGTTTANAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATC > CP000731/65‑154 TTATTCATTATATAATACAAGTATCGAAAATTATATAAATAAACAGTTTCTAAACGTTTTATTACCAAACCCCGACTATTACCAGTAGTTG > 2:1405568/1‑91 TTATTCATTATATAATACAAGTATCGAAAATTATATAAATAAACAGTTTCTAAACGTTTTATTACCAAACCCCGACTATTACCAGTAGTTG > 2:2521821/1‑91 TTATTCATTATATAATACAAGTATCGAAAATTATATAAATAAACAGTTTCTAAACGTTTTATTACCAAACCCCGACTATTACCAGTAGTTG > 1:3333828/1‑91 TTATTCATTATATAATACAAGTATCGAAAATTATATAAATAAACAGTTTCTAAACGTTTTATTACCAAACCCCGACTATTACCAGTAGTTG > 2:2683306/1‑91 TTATTCATTATATAATACAAGTATCGAAAATTATATAAATAAACAGTTTCTAAACGTTTTATTACCAAACCCCGACTATTACCAGTAGTTG > 1:523527/1‑91 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |