| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 34 = | 384 (0.420) | 78 (0.090) | 17/146 | NT | 14.2% | intergenic (–/‑198) | –/repA | –/replication protein A |
| ? | CP000731 | 65 = | 593 (0.710) | intergenic (–/‑167) | –/repA | –/replication protein A | |||||
Only 100 of 1547 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTANAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAAT > CP000731/1‑124 | gatttaggtgcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattacca > 1:1439797‑M1/91‑91 (MQ=255) atttatcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACaaaa < 1:1884177‑M1/35‑1 (MQ=255) atttaggtgcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccaa > 2:2322473‑M1/90‑91 (MQ=255) atttaggtgcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccaa < 1:784799‑M1/2‑1 (MQ=255) tttaggtgcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgtaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattactaaa < 2:1358186‑M1/3‑1 (MQ=255) tttaggtgcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccaaa > 1:1347374‑M1/89‑91 (MQ=255) tttaggtgcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccaaa < 2:2938428‑M1/3‑1 (MQ=255) tttaggtgcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccaaa < 2:630328‑M1/3‑1 (MQ=255) ttaggtgcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAAc < 1:1270329‑M1/4‑1 (MQ=255) ttaggtgcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAAc > 1:1938337‑M1/88‑91 (MQ=255) tatcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAAcc > 1:1797172‑M1/54‑91 (MQ=255) taggtgcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgcaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAAcc < 2:3541191‑M1/5‑1 (MQ=255) taggtgcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAAcc < 1:2536577‑M1/5‑1 (MQ=255) atcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAAccc < 2:1791158‑M1/39‑1 (MQ=255) aggtgcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAAccc > 1:3526800‑M1/86‑91 (MQ=255) tcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAAcccc > 1:2267293‑M1/52‑91 (MQ=255) ggtgcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAAcccc > 1:47385‑M1/85‑91 (MQ=255) ggtgcgtgcactaagatattattcattatataatacaagtatctaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAAcccc > 2:2862256‑M1/85‑91 (MQ=255) ggggcttgcactaagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAAcccc > 2:3611814‑M1/85‑91 (MQ=255) aagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCaa < 1:1006859‑M1/42‑1 (MQ=255) aagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCaa < 1:1574212‑M1/42‑1 (MQ=255) agggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAac < 1:3464671‑M1/43‑1 (MQ=255) gggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAact < 1:1988901‑M1/44‑1 (MQ=255) gggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATACAACAAAAACCCCAact < 2:3777034‑M1/44‑1 (MQ=255) ggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAacta < 1:3259553‑M1/45‑1 (MQ=255) ggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAacta > 1:380051‑M1/47‑91 (MQ=255) gtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAactac < 1:2589076‑M1/46‑1 (MQ=255) tttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAactact < 2:2822534‑M1/47‑1 (MQ=255) ttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTg < 1:390340‑M1/48‑1 (MQ=255) tataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTgg < 1:3601615‑M1/49‑1 (MQ=255) tataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTgg > 2:572933‑M1/43‑91 (MQ=255) tataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTgg < 2:2133438‑M1/49‑1 (MQ=255) ataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGt < 2:1691440‑M1/50‑1 (MQ=255) ataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGt < 1:2468315‑M1/50‑1 (MQ=255) ataaacacttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGt < 1:3076068‑M1/50‑1 (MQ=255) taaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTa > 2:86150‑M1/41‑91 (MQ=255) aagatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAACCCCAACTACTGGTaa > 1:420017‑M1/73‑91 (MQ=255) aaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTaa < 1:3722882‑M1/52‑1 (MQ=255) agatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAACCCCAACTACTGGTAAt > 2:2187907‑M1/72‑91 (MQ=255) gatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAACCCCAACTACTGGTAATa > 2:250037‑M1/71‑91 (MQ=255) gatattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAACCCCAACTACTGGTAATa > 1:1388712‑M1/71‑91 (MQ=255) cccttgataaagctatattttcccttttataagtttGTTTAAAGTGCTATAATAGACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAg > 2:3151332‑M1/37‑91 (MQ=255) tattattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAACCCCAACTACTGGTAATAGt > 1:2814538‑M1/69‑91 (MQ=255) ccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGt > 2:121176‑M1/36‑91 (MQ=255) ccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGt > 1:1691292‑M1/36‑91 (MQ=255) ttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCg > 1:980533‑M1/34‑91 (MQ=255) ttattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaactgtttctaaacgttttattaccAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCg > 1:3137209‑M1/67‑91 (MQ=255) ttattcattatataatacaagtatcgaaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCg > 2:1071785‑M1/67‑91 (MQ=255) gataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCggg > 1:2661774‑M1/32‑91 (MQ=255) taaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGt > 1:2748484‑M1/30‑91 (MQ=255) taaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGt > 2:3958039‑M1/30‑91 (MQ=255) taaagctatattttcccttttataactttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGt > 1:3665571‑M1/30‑91 (MQ=255) taaagctatagtttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGt > 2:2554575‑M1/30‑91 (MQ=255) aaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTCTAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGtt < 2:3257933‑M1/63‑1 (MQ=255) aaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGtt < 2:73607‑M1/63‑1 (MQ=255) aagctatattttaccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGttt > 2:3325807‑M1/28‑91 (MQ=255) agctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTg > 1:3570814‑M1/27‑91 (MQ=255) agctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTg < 2:2689078‑M1/65‑1 (MQ=255) tatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAGCCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGta > 2:3885274‑M1/24‑91 (MQ=255) atattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGtaa > 1:2702297‑M1/23‑91 (MQ=255) atattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGtaa > 1:2228255‑M1/23‑91 (MQ=255) atattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGtaa > 1:1087332‑M1/23‑91 (MQ=255) ttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATaaaa < 1:729521‑M1/74‑1 (MQ=255) tcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTGAAGATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAAc > 2:1866388‑M1/17‑91 (MQ=255) cccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACg < 1:928247‑M1/76‑1 (MQ=255) ccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGt > 1:2964087‑M1/15‑91 (MQ=255) tttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTa > 1:114540‑M1/12‑91 (MQ=255) ataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGaa > 1:3405598‑M1/9‑91 (MQ=255) taagtttATTTTAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGaaa > 1:3851025‑M1/8‑91 (MQ=255) taagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGaaa > 1:863327‑M1/8‑91 (MQ=255) ttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAGCCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGtt < 1:3345104‑M1/89‑1 (MQ=255) tttAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGtttat > 1:2900045/1‑91 (MQ=255) aaGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTttatttat > 1:2382679/1‑91 (MQ=255) aGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTtata < 1:2123113/91‑1 (MQ=255) gTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTtatat < 1:661388/91‑1 (MQ=255) gTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTtatat < 2:2050575/91‑1 (MQ=255) gCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATaa > 2:3727501/1‑91 (MQ=255) gCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATaa > 2:1531274/1‑91 (MQ=255) cTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAAt < 2:2611544/91‑1 (MQ=255) cTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAAt > 2:1293903/1‑91 (MQ=255) tataATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAAtt > 2:1601679/1‑91 (MQ=255) ataataAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAAttt < 2:3112803/91‑1 (MQ=255) agaataaACTTAATATAACAAACCCCCCCCCTACCGGTAATAGTCGGGGTCTGGCAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAAttt < 2:468517/89‑1 (MQ=255) aaCTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATa < 1:2060600/91‑1 (MQ=255) aaCTTAATATAACAAAAACCACAACTACTGGTAATAGTCGGTGTTTGGTAATAAAAAGTATAGAAACTGTTTATTAATATAATTTTCGATa > 2:3390052/1‑91 (MQ=255) cTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACt < 1:1633587/91‑1 (MQ=255) cTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACt < 2:2406114/91‑1 (MQ=255) ttAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACtt > 2:1121045/1‑91 (MQ=255) ttAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACtt > 2:1439010/1‑91 (MQ=255) tAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATCGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTCATTTATATAATGTTCGATACTTg > 2:3021599/1‑91 (MQ=255) tAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTg > 2:1973247/1‑91 (MQ=255) tataACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGtat < 1:1500412/91‑1 (MQ=255) aaCAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGtattat < 1:3210744/91‑1 (MQ=255) aaCAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGtattat > 2:2447383/1‑91 (MQ=255) aaCAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGtattat < 2:930663/91‑1 (MQ=255) aCAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATtata > 1:1743563/1‑91 (MQ=255) cAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATtatat < 1:529467/91‑1 (MQ=255) aaaaaCCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATtatata < 2:2759780/91‑1 (MQ=255) aaaaCCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATaa > 1:576456/1‑91 (MQ=255) aaaaCCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTGttgttatattaagcttattatagcactttaaatacacttataaaagggaaactatcgct > 2:3501707‑M1/1‑32 (MQ=255) | ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTANAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAAT > CP000731/1‑124 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |