| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 64 | 652 (0.710) | 83 (0.160) +TTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAAT |
14/94 | NT | 30.4% | intergenic (–/‑168) | –/repA | –/replication protein A |
| ? | CP000731 | = 27041 | 0 (0.000) | intergenic (‑194/–) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0033/– | partitioning protein/– | |||||
CTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000731/11‑64‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAGGGTTT < CP000731/27041‑27003 ||||||||||||||||||||||||||||||||| CTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCGACTATTTCCAGTAGTTGGTGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAAC < 2:2228544/91‑1 TTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGG > 1:2310360/1‑91 ACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATA > 2:96346/1‑91 ACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATA > 2:2879888/1‑91 CAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAG > 1:522708/1‑91 CAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAG > 2:70465/1‑91 AAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTGTTGTTATATTAAGCTTATTATAGCACTTTAAATACACTTATAAAAGGGAAACTATCGCT > 2:3501707/1‑91 AACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTT > 1:959785/1‑91 ACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTA > 2:3524366/1‑91 ACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTA > 1:2615293/1‑91 CCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTAT > 1:1783669/1‑91 CCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTAT > 1:1783681/1‑91 CCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTAT > 2:1046592/1‑91 CCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTAT > 1:1503003/1‑91 CCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTAT > 1:522254/1‑91 CCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATC > 1:2707863/1‑91 CCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATC > 2:1906172/1‑91 CCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATC > 2:1906231/1‑91 CCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATC > 2:3224998/1‑91 CCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATC > 1:2006517/1‑91 CCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATC > 2:1080836/1‑91 CCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTCTAAAAGGGAAAATATAGCTCTATCA > 2:3200743/1‑91 CCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCA > 1:3903077/1‑91 CCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCA > 2:1036218/1‑91 CCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCA > 2:965279/1‑91 CCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCA > 1:3425247/1‑91 CCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCA > 1:3101046/1‑91 CCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCA > 1:2784917/1‑91 CCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCA > 1:1934882/1‑91 CCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCA > 1:2205462/1‑91 CCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCA > 1:2329991/1‑91 CAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAA > 2:177573/1‑91 CAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAA > 2:156102/1‑91 CAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAA > 2:1825769/1‑91 CAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAA > 2:1497039/1‑91 CAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAA > 2:1394542/1‑91 CAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAA > 2:1394460/1‑91 CAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAA > 2:516787/1‑91 CAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAA > 1:2011262/1‑91 CAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAA > 1:97305/1‑91 CAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAA > 1:100234/1‑91 CAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAA > 1:690062/1‑91 CAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAA > 2:1927313/1‑91 CAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAA > 1:595407/1‑91 CAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAA > 1:595388/1‑91 CAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAA > 1:2364549/1‑91 CAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAA > 1:2460326/1‑91 CAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAA > 2:2456994/1‑91 CAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAA > 1:2800211/1‑91 CAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAATTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAA > 2:2432227/1‑91 AACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTCTCAAG > 2:3198080/1‑91 AACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAG > 1:860854/1‑91 AACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAG > 2:2122852/1‑91 AACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAG > 2:2258317/1‑91 AACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAG > 2:1799211/1‑91 AACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAG > 2:1796247/1‑91 AACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAG > 2:2622819/1‑91 AACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAG > 1:2537517/1‑91 AACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAG > 1:1155438/1‑91 AACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAG > 1:1187309/1‑91 AACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAG > 1:1435534/1‑91 AACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAG > 1:2071435/1‑91 AACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAG > 1:2113686/1‑91 AACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAG > 1:3215073/1‑91 AACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAG > 1:3437356/1‑91 AACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAG > 2:1579965/1‑91 AACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAG > 2:1518201/1‑91 AACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAG > 1:3756649/1‑91 AACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAG > 1:643334/1‑91 AACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAG > 1:3755719/1‑91 ACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTACATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAGG > 2:1303196/1‑91 ACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAGG > 2:1690607/1‑91 ACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAGG > 1:2396782/1‑91 ACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAGG > 1:2335410/1‑91 ACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAGG > 2:623926/1‑91 ACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAGG > 2:548015/1‑91 ACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAGG > 2:437252/1‑91 ACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAGG > 1:1554830/1‑91 ACTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAGGGTT > 1:784671/1‑91 CTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAGGGTTT > 2:3957082/1‑91 CTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAGGGTTT > 1:1846829/1‑91 CTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAGGGTTT > 2:2098601/1‑91 CTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAGGGTTT > 1:3575412/1‑91 CTGGTAATAGTCGGGGTTTTTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAATAAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAGGGTTT > 1:3575439/1‑91 ||||||||||||||||||||||||||||||||| CTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000731/11‑64‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAACTTATAAAAGGGAAAATATAGCTTTATCAAGGGTTT < CP000731/27041‑27003 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |