| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 64 | 652 (0.710) | 83 (0.160) +TTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAAT |
14/94 | NT | 30.4% | intergenic (–/‑168) | –/repA | –/replication protein A |
| ? | CP000731 | = 27041 | 0 (0.000) | intergenic (‑194/–) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0033/– | partitioning protein/– | |||||
Only 100 of 1486 total aligned reads displayed.
ACCTTTTTATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000731/26951‑27041 | ccTTTTTATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTa > 2:1258572‑M2/1‑90 (MQ=255) ccTTTTTATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTa > 2:151239‑M2/1‑90 (MQ=255) cgttttatCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTat > 2:1658403‑M2/3‑89 (MQ=255) cTTTTTATGTGGTGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAGCCCTTGATTAGGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTat > 2:3442237‑M2/1‑89 (MQ=255) tttttATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatt > 2:1461637‑M2/1‑88 (MQ=255) ttttATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTattt < 1:2643096‑M2/91‑5 (MQ=255) ttttATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTattt > 2:753553‑M2/1‑87 (MQ=255) ttttATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTattt > 2:3100380‑M2/1‑87 (MQ=255) tttATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTattta > 2:1393807‑M2/1‑86 (MQ=255) tttATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTattta < 2:583398‑M2/91‑6 (MQ=255) tATCCAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGATTatttaaa < 2:2072508‑M2/91‑8 (MQ=255) tATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaa > 1:2312997‑M2/1‑84 (MQ=255) tATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaa < 1:2150430‑M2/91‑8 (MQ=255) tATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCATTTTATAAGTTTatttaaa < 2:858019‑M2/91‑8 (MQ=255) aaGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgc > 1:1085368‑M2/1‑80 (MQ=255) aGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgct < 1:3024896‑M2/91‑13 (MQ=255) gggTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgcta < 1:2758778‑M2/91‑14 (MQ=255) tttATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataa > 1:1704411‑M2/1‑75 (MQ=255) tttATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataa > 1:1141028‑M2/1‑75 (MQ=255) ttATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataat > 2:1044620‑M2/1‑74 (MQ=255) aTGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataa > 1:918408‑M2/1‑72 (MQ=255) tGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaa < 2:1720766‑M2/91‑21 (MQ=255) tGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaa > 2:1561421‑M2/1‑71 (MQ=255) aaaGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaact < 1:249514‑M2/91‑23 (MQ=255) aaGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaactt > 2:1856701‑M2/1‑68 (MQ=255) aGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaactta > 1:122346‑M2/1‑67 (MQ=255) aGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaactta > 1:1435464‑M2/1‑67 (MQ=255) tttATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaata > 1:2962724‑M2/1‑64 (MQ=255) tttATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaata > 2:662846‑M2/1‑64 (MQ=255) aTGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataatacacttaatataa < 2:2382558‑M2/91‑31 (MQ=255) tGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataac < 1:2061669‑M2/91‑32 (MQ=255) atatTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaa < 2:1613582‑M2/91‑34 (MQ=255) atatTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaa < 1:390681‑M2/91‑34 (MQ=255) ttATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaac > 2:2874263‑M2/1‑54 (MQ=255) aTCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGGCTatttaaagtgatataataaacttaatatcacaaaaactc < 2:1196609‑M2/91‑40 (MQ=255) tCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaacccc > 1:1862428‑M2/1‑51 (MQ=255) aGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaac < 1:3581026‑M2/91‑44 (MQ=255) gTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactac < 1:2533736‑M2/91‑47 (MQ=255) tataAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactgg < 1:3122595‑M2/91‑50 (MQ=255) tataAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactgg < 2:257462‑M2/91‑50 (MQ=255) tataAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactgg > 2:2309892‑M2/1‑42 (MQ=255) tataAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactgg < 1:415222‑M2/91‑50 (MQ=255) ataAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggt > 2:2979744‑M2/1‑41 (MQ=255) ataAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggt > 2:3512141‑M2/1‑41 (MQ=255) taAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggta < 1:861510‑M2/91‑52 (MQ=255) aaaCCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaa > 2:2742202‑M2/1‑39 (MQ=255) 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cTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccgactattaccagtagtt > 1:3437356‑M2/1‑34 (MQ=255) cTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtc > 2:384053‑M2/1‑34 (MQ=255) cTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtc > 1:809479‑M2/1‑34 (MQ=255) cTTGAGAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccgactattaccagtagtt > 2:3198080‑M2/1‑34 (MQ=255) ttGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccgactattaccagtagttg > 1:100234‑M2/1‑33 (MQ=255) ttGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccgactattaccagtagttg > 2:1927313‑M2/1‑33 (MQ=255) ttGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcg > 1:2923569‑M2/1‑33 (MQ=255) tGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcgg < 1:595440‑M2/91‑60 (MQ=255) 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aGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaataaaacgtttagaaact < 2:2493058‑M2/91‑87 (MQ=255) aGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaataaaacgtttagaaact < 1:3479248‑M2/91‑87 (MQ=255) aGTTTatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaataaaacgtttagaaact > 2:1791800‑M2/1‑5 (MQ=255) tttatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaataaaacgtttagaaactgt < 1:2813031‑M2/91‑89 (MQ=255) tgtatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaataaaacgtttagaaactgt > 2:132061‑M2/3‑3 (MQ=255) ttatttaaagtgctataataaacttaatataacaaaaaccccaactactggtaatagtcggggtttggtaataaaacgtttagaaactgtt < 1:1992424‑M2/91‑90 (MQ=255) | ACCTTTTTATCAAGGGTTTATGAAAGGTTTATGATATTTATCAAGGGTTTATAAACCCTTGATAAAGCTATATTTTCCCTTTTATAAGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000731/26951‑27041 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |