| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 64 | 652 (0.710) | 83 (0.160) +TTGTTATATTAAGTTTATTATAGCACTTTAAAT |
14/94 | NT | 30.4% | intergenic (–/‑168) | –/repA | –/replication protein A |
| ? | CP000731 | = 27041 | 0 (0.000) | intergenic (‑194/–) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0033/– | partitioning protein/– | |||||
Only 100 of 1257 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTANAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCAC > CP000731/1‑147 | agctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTg < 1:1391934‑M1/65‑1 (MQ=255) gctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTgg < 2:3892908‑M1/66‑1 (MQ=255) gctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTgg < 1:1591161‑M1/66‑1 (MQ=255) tattttcccttttataagtttATTTAAATTGCTATAATAAACTTGATATATCAAAAACCCCAAATACTGGTAATAGTCGCGGTTTGGtaat < 2:1087104‑M1/70‑1 (MQ=255) tattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGtaat > 2:2019216‑M1/22‑91 (MQ=255) tattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGtaat > 1:146307‑M1/22‑91 (MQ=255) ttttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGtaataa < 2:3446555‑M1/72‑1 (MQ=255) ttttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGtaataa > 1:2580532‑M1/20‑91 (MQ=255) ttttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGtaataa < 1:668113‑M1/72‑1 (MQ=255) ttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATaaaa < 1:1076729‑M1/74‑1 (MQ=255) tcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAAc > 1:957566‑M1/17‑91 (MQ=255) tcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTGAAGATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAAc > 2:1866388‑M1/17‑91 (MQ=255) cccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACg < 2:537091‑M1/76‑1 (MQ=255) ccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGt > 1:726255‑M1/15‑91 (MQ=255) ccttttagaagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGt > 2:3518704‑M1/15‑91 (MQ=255) cttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGtt < 1:365780‑M1/78‑1 (MQ=255) ttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACGACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTtag > 2:1433916‑M1/11‑90 (MQ=255) tataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGa < 1:3842597‑M1/82‑1 (MQ=255) ataagtttAGTTAGATGGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTTCTGGTAATTGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGaa > 1:1222242‑M1/9‑91 (MQ=255) taagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGaaa < 2:1037938‑M1/84‑1 (MQ=255) aaaattatataaataaacagtttctaaacgttttattaccAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGaaa > 1:1739820‑M1/41‑91 (MQ=255) aagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAAc > 2:3574481‑M1/7‑91 (MQ=255) aagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAAc > 1:3180261‑M1/7‑91 (MQ=255) agtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAACACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACt < 2:2974407‑M1/86‑1 (MQ=255) agtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACt > 2:1792007‑M1/6‑91 (MQ=255) agtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACt < 2:125260‑M1/86‑1 (MQ=255) gtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTg < 2:1507030‑M1/87‑1 (MQ=255) tATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGttt > 2:2421647‑M1/2‑91 (MQ=255) tAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGtttattt > 2:36625/1‑91 (MQ=255) tAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGtttattt > 1:1370048/1‑91 (MQ=255) aaaGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGtttattta < 2:3382594/91‑1 (MQ=255) aaaGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGtttattta < 2:3127159/91‑1 (MQ=255) aaGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTttatttat < 2:2379676/91‑1 (MQ=255) aaGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTttatttat < 1:338706/91‑1 (MQ=255) aaGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTttatttat > 1:2324426/1‑91 (MQ=255) aGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTtata < 2:2548643/91‑1 (MQ=255) tataATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATGTAAtt > 1:2790369/1‑91 (MQ=255) tataATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAAtt > 1:1778254/1‑91 (MQ=255) ataataAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAAttt > 1:2241068/1‑91 (MQ=255) taataaACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAAtttt > 2:373001/1‑91 (MQ=255) taataaACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAAtttt > 1:1913117/1‑91 (MQ=255) aataaACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTc > 1:2405803/1‑91 (MQ=255) ataaACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCg > 1:773069/1‑91 (MQ=255) taaACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGa > 1:1129783/1‑91 (MQ=255) aaCTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATa < 1:2060600/91‑1 (MQ=255) aaCTTAAGATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATa < 1:1975349/91‑1 (MQ=255) cTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACt < 2:2491616/91‑1 (MQ=255) cTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACt > 2:1141119/1‑91 (MQ=255) attAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACt < 2:2830176/90‑1 (MQ=255) ttAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACtt > 2:1579896/1‑91 (MQ=255) tAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTg < 2:456826/91‑1 (MQ=255) tAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTg > 1:2908514/1‑91 (MQ=255) aaTATAACAAATACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGt < 1:3588058/91‑1 (MQ=255) aaTATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGt > 2:3490319/1‑91 (MQ=255) aaTATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATGTTCGATACTTGt < 1:3025598/91‑1 (MQ=255) tataACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGtat > 1:2173408/1‑91 (MQ=255) ataACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGtatt > 2:1364076/1‑91 (MQ=255) taACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGtatta > 2:2613209/1‑91 (MQ=255) taACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGtatta > 1:2679407/1‑91 (MQ=255) aaCAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGtattat < 2:930663/91‑1 (MQ=255) aCAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATtata > 1:3220799/1‑91 (MQ=255) cacAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATtatat > 1:3444518‑M1/4‑91 (MQ=255) cAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATtatat > 2:306712/1‑91 (MQ=255) aaaaaCCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATtatata < 1:413100/91‑1 (MQ=255) aaaaCCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATaa > 1:576456/1‑91 (MQ=255) AACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGCTTAGAAACTGTTTATTTATATCATTTTCGATACTTGTATTATATAATg < 2:2760721‑M1/91‑1 (MQ=255) ACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGa > 1:2855390‑M1/1‑91 (MQ=255) CCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGaa < 1:3311231‑M1/91‑1 (MQ=255) CCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGaat > 1:185819‑M1/1‑91 (MQ=255) CCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGaat > 1:882863‑M1/1‑91 (MQ=255) CCCAACTACTGGTAAGAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGaat < 2:734687‑M1/91‑1 (MQ=255) ccAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTttgttatattaagtttattatagcactttaaataaacttataaaagggaaaatatagctttatca > 1:3101046‑M1/1‑26 (MQ=255) ccAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTttgttatattaagtttattatagcactttaaataaacttataaaagggaaaatatagctttatca > 1:3903077‑M1/1‑26 (MQ=255) CCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGaata < 1:1503339‑M1/91‑1 (MQ=255) tatctacgGGTAATTGTCGGGTTTTTGTAATATATCGTTTAGAAGCTGTTTATTTATATAATTTTCAATTCTTGTATTATATAATGaataa < 2:858559/88‑1 (MQ=255) cAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTttgttatattaagtttattatagcactttaaataaacttataaaagggaaaatatagctttatcaa > 1:2011262‑M1/1‑25 (MQ=255) cAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTttgttatattaagtttattatagcactttaaataaacttataaaagggaaaatatagctttatcaa > 1:100234‑M1/1‑25 (MQ=255) CAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGaataa > 2:2887840‑M1/1‑91 (MQ=255) 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actGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCt < 1:487300/91‑1 (MQ=255) ctGGTAATAGTCGGGGTTTttgttatattaagtttattatagcactttaaataaacttataaaagggaaaatatagctttatcaagggttt > 2:2098601‑M1/1‑19 (MQ=255) ctGGTAATAGTCGGGGTTTttgttatattaagtttattatagcactttaaataaacttataaaagggaaaatatagctttatcaagggttt > 2:3957082‑M1/1‑19 (MQ=255) ctGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCtt < 1:2723935/91‑1 (MQ=255) ctGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCtt > 1:1293363/1‑91 (MQ=255) tAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTg < 1:82560/91‑1 (MQ=255) tAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTg < 2:1704540/91‑1 (MQ=255) tAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAACGAATAATATCTTAGTg > 2:3785351/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |