| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 3781 | 672 (0.730) | 119 (0.150) | 18/140 | NT | 16.4% | intergenic (+397/‑87) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0005/USA300HOU_pUSA300HOUMR0006 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | CP000731 | = 3794 | 628 (0.790) | intergenic (+410/‑74) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0005/USA300HOU_pUSA300HOUMR0006 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 373 total aligned reads displayed.
GCATATATAAGTTTTAGATATAAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000731/3682‑3781‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaagctaccTCACTTTATCTGGGGTAGCTTTTATTTTTTATGCCCTTATTTTGAATTTTAAGAGGGCATTTTAAAGATTTAGGGGTGATTCATATAGTT < CP000731/3794‑3705 GCATATATAAGTTTTAGATATAAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATA < 1:1224257/91‑1GCATATATAAGTTTTAGATATAAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATA > 2:3304754/1‑91 tTATATAAGTTTTAGATATAAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAA < 2:3934939/90‑1 ATATATAAGTTTTAGATATAAAACTATATGAATCACCCCTAACTCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAA > 1:906099/1‑91 TATATAAGTTTTTGATATAAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAACATAAAA < 1:3074976/91‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |