| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 3781 | 672 (0.730) | 119 (0.150) | 18/140 | NT | 16.4% | intergenic (+397/‑87) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0005/USA300HOU_pUSA300HOUMR0006 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | CP000731 | = 3794 | 628 (0.790) | intergenic (+410/‑74) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0005/USA300HOU_pUSA300HOUMR0006 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 1428 total aligned reads displayed.
AGTTTTAGATATAAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCTATTTATTTTTCTTTCGACGCCGTATCGTCGATGTAATTCAAAAAAGTTATGG > CP000731/3691‑3871 | tgtagatttatagcccataacttttttgaattacatcgacgatacggcgtcgaaagaaaaataaatagaccgtatgaaagaAAAAGCTAcc < 2:607585‑M1/10‑1 (MQ=255)aGTTTTAGATATAAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACC > 1:1822604‑M1/1‑91 (MQ=255) gTTTTAGATATAAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTAccc > 1:1063425/1‑91 (MQ=255) ttttATATCTAAAACTATATGAATCACCCATAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTCcccc > 1:2667370/1‑91 (MQ=255) ttAGATATAAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAg < 2:3240143/91‑1 (MQ=255) gATATAAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATa > 1:3222068/1‑91 (MQ=255) atatAAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATaa > 1:1002631/1‑91 (MQ=255) tataAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATaaa > 2:1552831/1‑91 (MQ=255) agcccataacttttttgaattacatcgacgatacggcgacgaaagaaaaataaatagaccgtatgaaagaAAAAGCTACCCCAGATAAAGt > 2:937810‑M1/71‑91 (MQ=255) aaaaCTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCtcactttatctg < 2:1027318‑M1/91‑13 (MQ=255) aaaaCTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCtcactttatctg < 1:2887895‑M1/91‑13 (MQ=255) aaaCTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCtcactttatctgg < 2:2271310‑M1/91‑14 (MQ=255) aaaCTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCtcactttatctgg < 1:2205131‑M1/91‑14 (MQ=255) aaaCTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCtcactttatctgg < 1:3022155‑M1/91‑14 (MQ=255) aaaCTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGa > 2:1443241/1‑91 (MQ=255) ccataacttttttgaattacatcgacgatacggcgtcgaaagaaaaataaatagaccgtatgaaagaAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAg > 1:1247987‑M1/68‑91 (MQ=255) ccataacttttttgaattacatcgacgatacggcgtcgaaagaaaaataaatagaccgtatgaaagaAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAg > 1:2619156‑M1/68‑91 (MQ=255) cataacttttttgaattacatcgacgatacggcgtcgaaagaaaaataaatagaccgtatgaaagaAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAgg > 2:133440‑M1/67‑91 (MQ=255) cataacttttttgaattacatcgacgatacggcgtcgaaagaaaaataaatagaccgtatgaaagaAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAgg > 1:2705982‑M1/67‑91 (MQ=255) aCTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAgg < 1:112724‑M2/91‑3 (MQ=255) cTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAggt < 1:1741381‑M2/91‑4 (MQ=255) ataacttttttgaattacatcgacgatacggcgtcgaaagaaaaataaatagaccgtatgaaagaAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGt > 2:1184728‑M1/66‑91 (MQ=255) ataacttttttgaattacatcgacgatacggcgacgaaagaaaaatatatagaccgtatgaaagaAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGt > 2:3052140‑M1/66‑91 (MQ=255) ataacttttttgaattacatcgacaatacggcgtcgaaagaaaaataaatagaccgtatgaaagaAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGt > 2:3687664‑M1/66‑91 (MQ=255) tataTGAATCACCCCTAAATCTTTAAGATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAggta > 1:1169095‑M2/1‑87 (MQ=255) tataTGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAggta > 1:3462982‑M2/1‑87 (MQ=255) atatGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCtcactttatctggggtag < 1:3603164‑M1/91‑19 (MQ=255) atatGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAggtag < 2:783505‑M2/91‑6 (MQ=255) tatGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCtcactttatctggggtagc < 2:335658‑M1/91‑20 (MQ=255) tatGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAggtagc < 1:1412894‑M2/91‑7 (MQ=255) atGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCtcactttatctggggtagct < 1:1623771‑M1/91‑21 (MQ=255) tGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAggtagctt < 2:747752‑M2/91‑9 (MQ=255) aaTCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCtcactttatctggggtagctttt < 1:329096‑M1/91‑24 (MQ=255) aaTCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAggtagctttt < 2:1789009‑M2/91‑11 (MQ=255) tCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTtttc > 1:664911/1‑91 (MQ=255) cACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTtttct > 2:272972/1‑91 (MQ=255) cACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTtttct > 2:2334817/1‑91 (MQ=255) aCCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTtttctt < 2:1127757/91‑1 (MQ=255) ccccTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTtttcttt < 2:3132954/91‑1 (MQ=255) ccTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCa > 1:3116910/1‑91 (MQ=255) cTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCAt > 1:417475/1‑91 (MQ=255) aaaTCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCTCACTTTATCTGGggtagcttttattttttatg > 1:2013664‑M2/1‑71 (MQ=255) ttAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCta > 2:717691/1‑91 (MQ=255) ttAAAATGCCCTATTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCAACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCta < 2:2984728/91‑1 (MQ=255) tAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCtat < 2:2801463/91‑1 (MQ=255) tAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCtat < 1:1509602/91‑1 (MQ=255) aaaTGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCtattt < 1:2584352/91‑1 (MQ=255) aaaTGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCtattt > 2:3845196/1‑91 (MQ=255) aaTGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCtattta < 1:587733/91‑1 (MQ=255) aTGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCtatttat < 2:2575305/91‑1 (MQ=255) aTGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCtatttat < 1:129038/91‑1 (MQ=255) gCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCTatttattt < 2:2477257/91‑1 (MQ=255) ccTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCTATTTAttttt > 2:1931273/1‑91 (MQ=255) ctctTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCTATTTATTtttc > 1:774891/1‑91 (MQ=255) 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tACCCCAGATAAAGTGAggtagcttttattttttatgcccttattttgaattttaagagggcattttaaagatttaggggtgattcatata < 1:2344589‑M2/91‑75 (MQ=255) aCCtcactttatctggggtagcttttattttttatgcccttattttgaattttaagagggcattttaaagatttaggggtgattcatatag > 1:2400838‑M1/1‑3 (MQ=255) aCCtcactttatctggggtagcttttattttttatgcccttattttgaattttaagagggcattttaaagatttaggggtgattcatatag > 1:1942186‑M1/1‑3 (MQ=255) ACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTGTCATACGGTCTAGTTATTTTTCTATCGACGCCGTATCGTCGATGTAATTCAAAAAAGTTAt > 2:3401834‑M1/1‑91 (MQ=255) cccTGAGAAAGTGAGGTAGCGGTTTCTTTCATACGGCCTATTAATTTTTCTTTCGCCGCCGTATCGTCGATATAAAACAAAAAAGTTATgg < 2:2658656/91‑1 (MQ=255) CCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCTATTTATTTTTCTTTCGACGCCGTATCGTCGAAAAAAAAAAAAAAAGTTATgg > 2:1495099‑M1/1‑91 (MQ=255) | AGTTTTAGATATAAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCTATTTATTTTTCTTTCGACGCCGTATCGTCGATGTAATTCAAAAAAGTTATGG > CP000731/3691‑3871 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |