| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 7662 = | 892 (0.970) | 119 (0.150) | 20/138 | NT | 13.1% | intergenic (+272/+254) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0010/blaZ | MarR family transcriptional regulator/beta‑lactamase |
| ? | CP000731 | 7700 = | 816 (1.040) | intergenic (+310/+216) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0010/blaZ | MarR family transcriptional regulator/beta‑lactamase | |||||
Only 100 of 405 total aligned reads displayed.
ATTGTATATACAAAAAATCATAAATAATAGATGAATAGTTTAATTATAGGTGTTCATCAATCGAAAAAGCAACGTATCTTATTTAAAGTGCGTTGC‑TTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000731/7762‑7662‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgttgc‑tttttCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATATACAATATTTCTAGTTTGTTAAAGAGAATTAAG > CP000731/7700‑7789 ATTGTATATACAAAAAATCATAAATAATAGATGAATAGTTTAATTATAGGTGTTCATCAATCGAAAAAGCAACGTATCTTATTTAAAGTGC > 2:3735466/1‑91ATTGTATATACAAAAAATCATAAATAATAGATGAATAGTTTAATTATAGGTGTTCATCAATCGAAAAAGCAACGTATCTTATTTAAAGTGC < 1:3601182/91‑1 TTGTATATACAAAAAATCATAAATAATAGATGAATAGTTTAATTATAGGTGTTCATCAATCGAAAAAGCAACGTATCTTATTTAAAGTGCG > 2:866000/1‑91 TGTATATACAAAAAATCATAAATAATAGATGAATAGTTTAATTATAGGTGTTCATCAATCGAAAAAGCAACGTATCTTATTTAAAGTGCGT < 1:1100391/91‑1 TGTATATACAAAAAATCATAAATAATAGATGAATAGTTTAATTATAGGTGTTCATCAATCGAAAAAGCAACGTATCTTATTTAAAGTGCGT < 2:1503450/91‑1 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ATACAAAAAATCATAAATAATAGATGAATAGTTTAATTATAGGTGTTCATCAATCGAAAAAGCAACGTATCTTATTTAAAGTGCGTTGC‑TT < 2:1861141/91‑1 ATACAAAAAATCATAAATAATAGATGAATAGTTTAATTATAGGTGTTCATCAATCGAAAAAGCAACGTATCTTATTTAAAGTGCGTTGC‑TT < 2:1403090/91‑1 TACAAAAAATCATAAATAATAGATGAATAGTTTAATTATAGGTGTTCATCAATCGAAAAAGCAACGTATCTTATTTAAAGTGCGTTGC‑TTT < 2:173394/91‑1 TACAAAAAATCATAAATAATAGATGAATAGTTTAATTATAGGTGTTCATCAATCGAAAAAGCAACGTATCTTATTTAAAGTGCGTTGC‑TTT < 1:2688715/91‑1 TACAAAAAATCATAAATAATAGATGAATAGTTTAATTATAGGTGTTCATCAATCGAAAAAGCAACGTATCTTATTTAAAGTGCGTTGC‑TTT < 1:1624506/91‑1 TACAAAAAATCATAAATAATAGATGAATAGTTTAATTATAGGTGTTCATCAATCGAAAAAGCAACGTATCTTATTTAAAGTGCGTTGC‑TTT < 2:798242/91‑1 ACAAAAAATCATAAATAATAGATGAATAGTTTAATTATAGGTGTTCATCAATCGAAAAAGCAACGTATCTTATTTAAAGTGCGTTGC‑TTTT < 1:967649/91‑1 ACAAAAAATCATAAATAATAGATGAATAGTTTAATTATAGGTGTTCATCAATCGAAAAAGCAACGTATCTTATTTAAAGTGCGTTGC‑TTTT < 1:826926/91‑1 ACAAAAAATCATAAATAATAGATGAATAGTTTAATTATAGGTGTTCATCAATCGAAAAAGCAACGTATCTTATTTAAAGTGCGTTGC‑TTTT > 1:3502301/1‑91 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AAGCAACGTATCTTATTTAAAGTGCGTTGCTTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTA > 1:1192411/1‑91 GCAACGTATCTTATTTAAAGTGCGTTGC‑TTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATAT > 1:3795796/1‑91 GCAACGTATCTTATTTAAAGTGCGTTGC‑TTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATAT > 1:111826/1‑91 GCAACGTATCTTATTTAAAGTGCGTTGC‑TTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATAT > 1:1479961/1‑91 CAACGTATCTTATTTAAAGTGCGTTGC‑TTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATATA > 1:286450/1‑91 ACGTATCTTATTTAAAGTGCGTTGC‑TTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATATACA > 2:2648582/1‑91 ACGTATCTTATTTAAAGTGCGTTGC‑TTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATATACA > 2:2443428/1‑91 ACGTATCTTATTTAAAGTGCGTTGC‑TTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATATACA > 1:228886/1‑91 ACGTATCTTATTTAAAGTGCGTTGC‑TTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATATACA > 1:3294059/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |