| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 7662 = | 892 (0.970) | 119 (0.150) | 20/138 | NT | 13.1% | intergenic (+272/+254) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0010/blaZ | MarR family transcriptional regulator/beta‑lactamase |
| ? | CP000731 | 7700 = | 816 (1.040) | intergenic (+310/+216) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0010/blaZ | MarR family transcriptional regulator/beta‑lactamase | |||||
Only 100 of 1773 total aligned reads displayed.
GTTTACCCTAATCGAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTG > CP000731/7572‑7752 | gTTTACCCTAATCGAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAA < 1:281938‑M1/91‑1 (MQ=255)cttaattctctttaacaaactagaaatattgtatatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcga < 1:2731015‑M1/1‑1 (MQ=255) taattctctttaacaaactagaaatattgtatatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgaaa < 2:62665‑M1/3‑1 (MQ=255) aCCCTAATCGAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAA > 1:3488307‑M1/1‑91 (MQ=255) cccTAATCGAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑G > 2:2646975‑M1/1‑91 (MQ=255) ctctttaacaaactagaaatattgtgtatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgAAAAA‑GCa > 1:3669683‑M1/84‑91 (MQ=255) ctctttaacaaactagaaatattgtagatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgAAAAA‑GCa < 2:686850‑M1/8‑1 (MQ=255) cTAATCGAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCA < 2:1594094‑M1/91‑1 (MQ=255) ctttaacaaactagaaatattgtatatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgAAAAA‑GCAAc > 1:3413828‑M1/82‑91 (MQ=255) aaTCGAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAAC > 1:2395186‑M1/1‑91 (MQ=255) aaTCGAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAAC > 1:235429‑M1/1‑91 (MQ=255) tttaacaaactagaaatattgtatatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgAAAAA‑GCAACg > 2:529424‑M1/81‑91 (MQ=255) aTCGAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAACG > 1:3880860‑M1/1‑91 (MQ=255) tCGAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAACGc > 2:918528/1‑91 (MQ=255) 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gaaaaTACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCAAATAAAAAAGAAAAAA‑GCAACGCACTTTAAATa < 2:3936417/90‑1 (MQ=255) aaaaaTACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTGAATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAACGCACTTTAAATa < 2:2941342/91‑1 (MQ=255) aaaaTACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAACGCACTTTAAATaa < 1:2145515/91‑1 (MQ=255) aaaaTACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAACGCACTTTAAATaa < 2:1659277/91‑1 (MQ=255) aaaaTACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAACGCACTTTAAATaa > 1:125869/1‑91 (MQ=255) aaaaTACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAACGCACTTTAAATaa > 1:61110/1‑91 (MQ=255) aactattgtatagacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgATGAA‑GCAACGCACTATAAATAAg > 2:201621‑M1/68‑91 (MQ=255) aaatattgtatatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgAAAAA‑GCAACGCACTTTAAATAAg > 2:3111108‑M1/68‑91 (MQ=255) atattgtatatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgAAAAA‑GCAACGCACTTTAAATAAGAt > 2:271487‑M1/66‑91 (MQ=255) aCTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAACGCACTTTAAATAAGATAc < 1:72762‑M2/91‑2 (MQ=255) cTTTTATAATGCTATTGCCACGTTGCTTGATATATGAGAAGTATGTACCCTTATAAATCCGAATAAA‑GCAACGCGCTTTAAATAAGATACg < 2:2857271/91‑1 (MQ=255) ttGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAACGCACTTTAAATAAGATAcgt > 1:932132‑M2/1‑88 (MQ=255) ttGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCGTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAACGtatcttatttaaagtgcgt < 2:1870026‑M1/91‑20 (MQ=255) gtgTAAAATGCAATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAAGTATTTAACCGTATAAATGAGAAAAAA‑GCAACGCACTTTAAATAAGATAcgt > 2:2501591‑M2/2‑88 (MQ=255) tGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATCTGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAACGCACTTTAAGTAAGATAcgtt < 2:3020677‑M2/91‑5 (MQ=255) tGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAACGtatcttatttaaagtgcgtt < 1:2678304‑M1/91‑21 (MQ=255) tGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAACGtatcttatttaaagtgcgtt < 1:1663781‑M1/91‑21 (MQ=255) tGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAACGtatcttatttaaagtgcgtt < 1:1430995‑M1/91‑21 (MQ=255) tGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAACGtatcttatttaaagtgcgtt < 1:1010766‑M1/91‑21 (MQ=255) tGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAACGCACTTTAAATAAGATAcgtt > 1:2038412‑M2/1‑87 (MQ=255) gTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttg > 1:1842551‑M2/1‑86 (MQ=255) gTAAAATGCTATTGTCACTTTGCGTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAACGtatcttatttaaagtgcgttg < 2:860175‑M1/91‑22 (MQ=255) tAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAACGtatcttatttaaagtgcgttgc < 1:462274‑M1/91‑23 (MQ=255) tAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgc < 2:2070171‑M2/91‑7 (MQ=255) tAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgc > 2:2156610‑M2/1‑85 (MQ=255) tAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgc > 1:892662‑M2/1‑85 (MQ=255) aaaaTGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAACGtatcttatttaaagtgcgttgct < 1:805605‑M1/91‑24 (MQ=255) aaaaTGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAACGtatcttatttaaagtgcgttgct < 2:2220931‑M1/91‑24 (MQ=255) aaaTGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAACGtatcttatttaaagtgcgttgctt < 2:1699004‑M1/91‑25 (MQ=255) tacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCtt > 1:1192411‑M1/56‑91 (MQ=255) aTGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgctttt > 1:131627‑M2/1‑81 (MQ=255) aTGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgctttt > 2:3578172‑M2/1‑81 (MQ=255) 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agaATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACt > 1:1600881/1‑91 (MQ=255) agaATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACt > 2:2310925/1‑91 (MQ=255) ttattTAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTc > 1:1930065/1‑91 (MQ=255) tattTAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCa < 2:1243970/91‑1 (MQ=255) tattTAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCa > 2:1147708/1‑91 (MQ=255) tttAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATc < 1:2237117/91‑1 (MQ=255) tttAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATc > 1:3317016/1‑91 (MQ=255) ttAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCt < 1:647908/91‑1 (MQ=255) 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gagaAAAAA‑GCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGAttt > 1:2299650/1‑91 (MQ=255) gagaAAAAA‑GCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGAttt > 1:2600604/1‑91 (MQ=255) agaAAAAA‑GCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGAtttt > 2:2385424/1‑91 (MQ=255) aaaaaa‑GCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGAgttttt > 2:3643082/1‑91 (MQ=255) aaaaaa‑GCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATAAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGAtttttt > 1:3952652/1‑91 (MQ=255) AAAAA‑GCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTg < 1:1999916‑M1/91‑1 (MQ=255) | GTTTACCCTAATCGAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAA‑GCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTG > CP000731/7572‑7752 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |