| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 7662 = | 892 (0.970) | 119 (0.150) | 20/138 | NT | 13.1% | intergenic (+272/+254) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0010/blaZ | MarR family transcriptional regulator/beta‑lactamase |
| ? | CP000731 | 7700 = | 816 (1.040) | intergenic (+310/+216) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0010/blaZ | MarR family transcriptional regulator/beta‑lactamase | |||||
Only 100 of 1397 total aligned reads displayed.
GCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATATACAATATTTCTAGTTTGTTAAAGAGAATTAAGA > CP000731/7610‑7790 | cTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCg < 1:3740391/91‑1 (MQ=255) tATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGa > 1:3815491/1‑91 (MQ=255) tATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGa < 2:3750202/91‑1 (MQ=255) aTTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGAt > 2:730017/1‑91 (MQ=255) ttGTCACTTTGCTTGATGTATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGAtt < 1:3391323/91‑1 (MQ=255) ttGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGAtt > 1:3606056/1‑91 (MQ=255) 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gCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACAcc < 1:3476699/91‑1 (MQ=255) gCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACAcc < 1:3872662/91‑1 (MQ=255) cTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCt < 2:437672/91‑1 (MQ=255) gATATATGAGAATTATTTAACCTTATATGTGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCtata > 2:2790828/1‑91 (MQ=255) gATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGCTACGTCGCTTTTTCGATTGATGAACACCtata > 2:508236/1‑91 (MQ=255) atatatGAGACTTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATaa > 2:2855645/1‑91 (MQ=255) tatatGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAACAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACCCCCATAAt > 2:2003036/1‑91 (MQ=255) tatatGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAAt > 2:3909921/1‑91 (MQ=255) atatGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAAtt < 1:2693518/91‑1 (MQ=255) atGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTaa < 2:363053/91‑1 (MQ=255) gagaATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAAc > 2:2261895/1‑91 (MQ=255) gaATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTCTTCGATTGATGCACACCTATAATTAAACTa > 2:2565319/1‑91 (MQ=255) ttattTAATCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCTATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTc < 2:3434080/91‑1 (MQ=255) ttattTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTc > 1:1798937/1‑91 (MQ=255) tattTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCa < 2:1243970/91‑1 (MQ=255) attTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCAt < 1:2737424/91‑1 (MQ=255) attTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCAt < 1:3269279/91‑1 (MQ=255) ttAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCt > 1:1151422/1‑91 (MQ=255) ttAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCt < 2:2477881/91‑1 (MQ=255) ttAACCATATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCt < 2:3515501/91‑1 (MQ=255) aCCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCtatt > 1:1711181/1‑91 (MQ=255) ccTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCtatta > 2:3560088/1‑91 (MQ=255) ttATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTattatt < 1:1511174/91‑1 (MQ=255) tataAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTAttattt < 1:3534388/91‑1 (MQ=255) ataAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTAttattta < 2:3347820/91‑1 (MQ=255) taAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTAttatttat < 1:924696/91‑1 (MQ=255) aaTGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGa < 2:1448571/91‑1 (MQ=255) aTGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACGCCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGAt < 2:3273017/91‑1 (MQ=255) AAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTg < 2:1373304‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTg > 1:189810‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTACGATTTTTTg > 1:1978334‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGt < 1:3128229‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGta < 2:173394‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGta < 2:798242‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGta < 1:1624506‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAGCAACGCACTTTAAAGAAGATACGTTGTTTTTTCGATTGATGGACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGta > 2:585550‑M1/1‑91 (MQ=255) AAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGtat > 2:182142‑M1/1‑91 (MQ=255) gcaacgtatcttatttaaagtgcgttgctttttCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGtatat > 1:206900‑M2/34‑91 (MQ=255) GCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGtatat < 1:100125‑M1/91‑1 (MQ=255) GCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGtatat > 1:3338164‑M1/1‑91 (MQ=255) CAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGtatata > 1:2149891‑M1/1‑91 (MQ=255) CAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGtatata > 1:751306‑M1/1‑91 (MQ=255) acgtatcttatttaaagtgcgttgctttttCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATATACa > 2:1194772‑M2/31‑91 (MQ=255) cgtatcttatttaaagtgcgttgctttttCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATATACaa > 2:915285‑M2/30‑91 (MQ=255) cgtatcttatttaaagtgcgttgctttttCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATATACaa > 1:134812‑M2/30‑91 (MQ=255) cgtatcttatttaaagtgcgttgctttttCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATATACaa > 1:2618467‑M2/30‑91 (MQ=255) cgtatcttatttaaagtgcgttgctttttCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATATACaa > 1:12766‑M2/30‑91 (MQ=255) cgtatcttatttaaagtgcgttgctttttCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATATACaa > 1:480093‑M2/30‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |