| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 7672 | 883 (0.960) | 132 (0.170) | 19/138 | NT | 14.3% | intergenic (+282/+244) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0010/blaZ | MarR family transcriptional regulator/beta‑lactamase |
| ? | CP000731 | = 7688 | 816 (1.040) | intergenic (+298/+228) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0010/blaZ | MarR family transcriptional regulator/beta‑lactamase | |||||
Only 100 of 544 total aligned reads displayed.
GTTTACCCTAATCGAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000731/7572‑7672‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaaagcaacgTATCTTATTTAAAGTGCGTTGCTTTTTTCTCATTTATAAGGTTAAATAATTCTCATATATCAAGCAAAGTGACAATAGCATTTTACAAGT < CP000731/7688‑7599 GTTTACCCTAATCGAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATATATGAGAA > 2:3504219/1‑91GTTTACCCTAATCGAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAA < 1:281938/91‑1GTTTACCCTAATCGAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAA > 1:3658247/1‑91GTTTACCCTAATCGAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAA > 1:2388950/1‑91GTTTACCCTAATCGAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAA < 2:1245983/91‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |