| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 7672 | 883 (0.960) | 132 (0.170) | 19/138 | NT | 14.3% | intergenic (+282/+244) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0010/blaZ | MarR family transcriptional regulator/beta‑lactamase |
| ? | CP000731 | = 7688 | 816 (1.040) | intergenic (+298/+228) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0010/blaZ | MarR family transcriptional regulator/beta‑lactamase | |||||
Only 100 of 1996 total aligned reads displayed.
ATCGAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATATACAAT > CP000731/7582‑7762 | tttaacaaactagaaatattgtatatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgAAAAAGCAACg > 2:529424‑M1/81‑91 (MQ=255)tttaacaaactagaaatattgtatatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgAAAAAGCAACg > 1:2573826‑M1/81‑91 (MQ=255)tttaacaaactagaaatattgtatatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgAAAAAGCAACg < 1:3637466‑M1/11‑1 (MQ=255)aTCGAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACG > 1:3822164‑M1/1‑91 (MQ=255) tCGAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGc < 1:3107244/91‑1 (MQ=255) gAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCAc < 2:1180308/91‑1 (MQ=255) gAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCAc > 1:1356939/1‑91 (MQ=255) aaCAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACt < 2:1240897/91‑1 (MQ=255) aCAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACtt > 1:2337671/1‑91 (MQ=255) cAATACAAAATACTTGTAAAAGGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAACTGAGACAAAAGCAACGCACttt > 2:3779919/1‑91 (MQ=255) aaaTAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCAATTTGCAAAATATATAAGAATTATTTAACCTTAAAAAAAAAAAAAAAGCAACGCACttt < 2:2872689/90‑1 (MQ=255) aaTACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATGTATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGa > 2:3531780/1‑91 (MQ=255) aTACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGAt < 1:2497530/91‑1 (MQ=255) tACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATa > 2:2818710/1‑91 (MQ=255) tACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATa < 1:1700239/91‑1 (MQ=255) ttgtatatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACg > 2:1661015‑M1/63‑91 (MQ=255) cTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcg < 2:2755493‑M2/91‑3 (MQ=255) ttGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGtatcttatttaaagtgcgt < 1:961302‑M1/91‑20 (MQ=255) ttGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGtatcttatttaaagtgcgt < 2:1869962‑M1/91‑20 (MQ=255) ttGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgt > 2:676471‑M2/1‑88 (MQ=255) ttGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgt > 2:1604793‑M2/1‑88 (MQ=255) ttGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgt > 2:2501652‑M2/1‑88 (MQ=255) tgtatatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGt > 1:3294059‑M1/62‑91 (MQ=255) tGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGtatcttatttaaagtgcgtt < 2:2955648‑M1/91‑21 (MQ=255) tGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgtt < 1:2957630‑M2/91‑5 (MQ=255) tatatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTg > 1:483994‑M1/60‑91 (MQ=255) gTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGtatcttatttaaagtgcgttg < 1:58747‑M1/91‑22 (MQ=255) gTAAAATGCTATTGTCACTTTGCGTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGtatcttatttaaagtgcgttg < 2:860175‑M1/91‑22 (MQ=255) tAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgc < 2:2070171‑M2/91‑7 (MQ=255) tAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgc > 1:1565662‑M2/1‑85 (MQ=255) aaaaTGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgct > 1:2169171‑M2/1‑84 (MQ=255) aaaTGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgctt < 2:1423699‑M2/91‑9 (MQ=255) aaTGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgcttt > 1:3592398‑M2/1‑82 (MQ=255) aTGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgctttt > 1:2433603‑M2/1‑81 (MQ=255) aTGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgctttt > 2:745624‑M2/1‑81 (MQ=255) aTGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATAAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgctttt > 2:3247172‑M2/1‑81 (MQ=255) gCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTc < 2:3114096/91‑1 (MQ=255) cTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCg > 1:2729622/1‑91 (MQ=255) cTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCg > 2:3394659/1‑91 (MQ=255) ttGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGtatcttatttaaagtgcgttgcttttttctca < 2:194248‑M1/91‑33 (MQ=255) ttGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGAtt < 2:3651191/91‑1 (MQ=255) tGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATtg < 2:2573872/91‑1 (MQ=255) cTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGaa > 1:1134221/1‑91 (MQ=255) tttGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAac > 1:3050525/1‑91 (MQ=255) ttGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAaca > 1:2025398/1‑91 (MQ=255) cTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCt > 2:3873112/1‑91 (MQ=255) cTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCt > 2:3928873/1‑91 (MQ=255) cTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCt < 1:2275318/91‑1 (MQ=255) ttGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCta > 2:179195/1‑91 (MQ=255) gATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCtata > 1:3476575/1‑91 (MQ=255) atGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTaa < 2:1318011/91‑1 (MQ=255) tGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTaaa > 2:615117/1‑91 (MQ=255) agaATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACt < 1:1176240/91‑1 (MQ=255) attTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCAt > 2:2717039/1‑91 (MQ=255) attTAACCTAATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAAATATTCAt > 1:1973745/1‑91 (MQ=255) ttAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCt < 2:2630868/91‑1 (MQ=255) ttAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCt < 2:3600134/91‑1 (MQ=255) ttAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCt > 2:3025336/1‑91 (MQ=255) aCCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCtatt < 1:919799/91‑1 (MQ=255) aCCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCtatt > 1:1295419/1‑91 (MQ=255) aCCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCtatt > 1:3698117/1‑91 (MQ=255) ccTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCtatta > 2:2153001/1‑91 (MQ=255) cTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCtattat > 1:1062/1‑91 (MQ=255) ttATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTattatt < 1:1511174/91‑1 (MQ=255) tataAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTAttattt < 2:1125400/91‑1 (MQ=255) ataAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTAttattta < 1:3226110/91‑1 (MQ=255) ataAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTAttattta < 2:2000861/91‑1 (MQ=255) ataAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTAttattta < 2:3347851/91‑1 (MQ=255) ataAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTAttattta < 1:1619182/91‑1 (MQ=255) taAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTAttatttat > 2:345065/1‑91 (MQ=255) aaTGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGa > 1:3767224/1‑91 (MQ=255) tGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGAtt > 1:2663505/1‑91 (MQ=255) gagaAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGAttt < 1:1790551/91‑1 (MQ=255) agaAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGAtttt < 1:420033/91‑1 (MQ=255) gaAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGAttttt > 1:794237/1‑91 (MQ=255) AAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTg > 1:864762‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTg > 1:624130‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaaGCAACGtatcttatttaaagtgcgttgcttttttctcatttataaggttaaataattctcatatatcaagcaaagtgacaatagcat > 2:1720544‑M1/1‑10 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |