| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 7672 | 883 (0.960) | 132 (0.170) | 19/138 | NT | 14.3% | intergenic (+282/+244) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0010/blaZ | MarR family transcriptional regulator/beta‑lactamase |
| ? | CP000731 | = 7688 | 816 (1.040) | intergenic (+298/+228) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0010/blaZ | MarR family transcriptional regulator/beta‑lactamase | |||||
Only 100 of 1595 total aligned reads displayed.
TACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATATACAATATTTCTAGTTTGTTAA > CP000731/7598‑7778 | ttgtatatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACg > 2:915285‑M1/63‑91 (MQ=255) ttgtatatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACg > 2:3084434‑M1/63‑91 (MQ=255) ttgtatatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACg > 1:2914904‑M1/63‑91 (MQ=255) ttgtatatacaaaaaatcataaagaatagaagaatagtttaattataggtgttcatcaatcgAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACg > 2:3565939‑M1/63‑91 (MQ=255) cTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcg > 2:3381057‑M2/1‑89 (MQ=255) cTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcg > 1:1401468‑M2/1‑89 (MQ=255) cTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcg > 1:3143007‑M2/1‑89 (MQ=255) ttGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgt > 1:2387331‑M2/1‑88 (MQ=255) tAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgc > 1:1058477‑M2/1‑85 (MQ=255) tAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgc > 1:3537293‑M2/1‑85 (MQ=255) atatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGc > 1:3795869‑M1/59‑91 (MQ=255) aaaaTGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgct > 1:1452012‑M2/1‑84 (MQ=255) aaaaTGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgct > 1:2169171‑M2/1‑84 (MQ=255) aaaTGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgctt > 1:3399275‑M2/1‑83 (MQ=255) aaTGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgcttt > 1:3592421‑M2/1‑82 (MQ=255) aTGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgctttt > 1:3953814‑M2/1‑81 (MQ=255) aTGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgctttt < 2:1691503‑M2/91‑11 (MQ=255) aTGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgctttt > 1:2433603‑M2/1‑81 (MQ=255) aTGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgctttt > 2:2626946‑M2/1‑81 (MQ=255) aTGCTATTGTCACTTTGCTTGAGATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgctttt > 2:3187872‑M2/1‑81 (MQ=255) tGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgcttttt > 2:1768560‑M2/1‑80 (MQ=255) gCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTc < 1:1828329/91‑1 (MQ=255) gCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTc > 1:2054648/1‑91 (MQ=255) tATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGa < 1:132546/91‑1 (MQ=255) tGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATtg < 2:3750918/91‑1 (MQ=255) gTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATtga > 1:3089007/1‑91 (MQ=255) tCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATtgat < 1:3658771/91‑1 (MQ=255) cACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATtgatg > 2:2758333/1‑91 (MQ=255) cACTGTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATtgatg < 2:50638/91‑1 (MQ=255) ttGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAaca > 1:2994875/1‑91 (MQ=255) tGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAacac > 1:1996613/1‑91 (MQ=255) gCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACAcc < 1:3872673/91‑1 (MQ=255) gCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACAcc < 1:560505/91‑1 (MQ=255) gCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACAcc < 1:2495353/91‑1 (MQ=255) gCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACAcc < 2:629842/91‑1 (MQ=255) cTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCt < 2:1919650/91‑1 (MQ=255) cTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCt < 2:437672/91‑1 (MQ=255) cTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCt < 1:778713/91‑1 (MQ=255) ttGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCta < 2:2045587/91‑1 (MQ=255) tGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCtat > 1:618977/1‑91 (MQ=255) gATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCtata > 1:2787785/1‑91 (MQ=255) gATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCtata > 2:1420265/1‑91 (MQ=255) atatatGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATaa < 2:1181738/91‑1 (MQ=255) atGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTaa < 2:363053/91‑1 (MQ=255) atGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTaa < 2:1318011/91‑1 (MQ=255) atGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTaa < 1:1674672/91‑1 (MQ=255) agaATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACt < 1:1176240/91‑1 (MQ=255) agaATTATGTAACCTTATAAATGAGCAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTGTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACt < 2:3435229/91‑1 (MQ=255) gaATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTCTTCGATTGATGCACACCTATAATTAAACTa > 2:2565319/1‑91 (MQ=255) tttAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATc < 2:2825464/91‑1 (MQ=255) ttAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCt < 1:2847630/91‑1 (MQ=255) ttAACCATATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCt < 2:3515501/91‑1 (MQ=255) tAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCta > 2:3705801/1‑91 (MQ=255) aCCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCtatt > 1:918229/1‑91 (MQ=255) aCCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCtatt > 2:2900270/1‑91 (MQ=255) aCCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCtatt > 1:3495126/1‑91 (MQ=255) cTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCtattat < 1:3357533/91‑1 (MQ=255) tataAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTAttattt < 2:1237262/91‑1 (MQ=255) tataAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTAttattt < 2:1971873/91‑1 (MQ=255) ataAATGAGAAAAGAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTAttattta < 2:1857763/91‑1 (MQ=255) ataAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTAttattta < 1:1602851/91‑1 (MQ=255) ataAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTAttattta < 1:2703154/91‑1 (MQ=255) aaaTGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATg < 1:960912/91‑1 (MQ=255) aaaTGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATg < 1:2112038/91‑1 (MQ=255) aaTGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGa > 2:591211/1‑91 (MQ=255) aaTGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGa > 2:271224/1‑91 (MQ=255) tGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGAtt > 2:1472661/1‑91 (MQ=255) gagaAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGAttt < 1:702414/91‑1 (MQ=255) gagaAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGAttt < 2:770574/91‑1 (MQ=255) agaAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGAtttt > 2:2176671/1‑91 (MQ=255) agaAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGAtttt > 2:1116249/1‑91 (MQ=255) aaaaaaGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGAtttttt < 2:2260443/91‑1 (MQ=255) aaGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgcttttttctcatttataaggttaaataattctcatatatcaagcaaagtgacaatagcattt < 2:3907295‑M2/91‑68 (MQ=255) aaGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgcttttttctcatttataaggttaaataattctcatatatcaagcaaagtgacaatagcattt < 1:3290850‑M2/91‑68 (MQ=255) AAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGtat > 2:2339051‑M1/1‑91 (MQ=255) AAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGtat > 2:2398753‑M1/1‑91 (MQ=255) gCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgcttttttctcatttataaggttaaataattctcatatatcaagcaaagtgacaatagcatttta < 1:462274‑M2/91‑70 (MQ=255) GCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGtatat < 1:100125‑M1/91‑1 (MQ=255) cAACGCGCTTTAAATAAGATAcgttgcttttttctcatttataaggttaaataattctcatatatcaagcaaagtgacaatagcattttac < 1:3214701‑M2/91‑71 (MQ=255) cAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgcttttttctcatttataaggttaaataattctcatatatcaagcaaagtgacaatagcattttac < 2:3861989‑M2/91‑71 (MQ=255) CAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGtatata > 1:2268602‑M1/1‑91 (MQ=255) CAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGtatata > 1:1113582‑M1/1‑91 (MQ=255) aaCGCACTTTAAATAAGATAcgttgcttttttctcatttataaggttaaataattctcatatatcaagcaaagtgacaatagcattttaca < 1:1745047‑M2/91‑72 (MQ=255) aaCGCACTTTAAATAAGATAcgttgcttttttctcatttataaggttaaataattctcatatatcaagcaaagtgacaatagcattttaca < 1:2626072‑M2/91‑72 (MQ=255) aaCGCACTTTAAATAAGATAcgttgcttttttctcatttataaggttaaataattctcatatatcaagcaaagtgacaatagcattttaca < 1:1273797‑M2/91‑72 (MQ=255) ACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATATACa > 2:3309107‑M1/1‑91 (MQ=255) gCACTTTAAATAAGATAcgttgcttttttctcatttataaggttaaataattctcatatatcaagcaaagtgacaatagcattttacaagt < 2:2110347‑M2/91‑75 (MQ=255) aCTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATATACAatat < 1:87304/91‑1 (MQ=255) tttAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAAGTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATATACAATAttt < 2:2998333/91‑1 (MQ=255) ttAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATATACAATATTTc < 2:103246/91‑1 (MQ=255) tAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATATACAATATTTCt < 1:1542675/91‑1 (MQ=255) tAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATATACAATATTTCt > 1:1942626/1‑91 (MQ=255) tAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATATACAATATTTCt < 2:853267/91‑1 (MQ=255) aaaTAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATATACAATATTTCTa < 1:2545660/91‑1 (MQ=255) aaaTAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATCATTTTTTGTATATACAATATTTCTa > 2:700625/1‑91 (MQ=255) aTAAGATACGTTGCTTTTTCTTTTTTTTTTCAACTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATATAGATTATTTTTAGt > 2:1628921/1‑91 (MQ=255) aaGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATATACAATATTTCTAGttt > 2:2497301/1‑91 (MQ=255) agaCGTTGCGTTTTCGATTGATGAACACCTAGAGTTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTGGTAGATACAATATTTCTAGTGTGtt < 2:1553304/89‑1 (MQ=255) aTACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATATACAATATTTCTAGTTTGtt < 1:3727767/91‑1 (MQ=255) tACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATATACAATATTTCTAGTTTGTTa < 1:2336107/91‑1 (MQ=255) | TACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATATACAATATTTCTAGTTTGTTAA > CP000731/7598‑7778 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |