| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 25265 = | 593 (0.650) | 26 (0.040) | 12/114 | NT | 5.3% | intergenic (+163/‑83) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0030/USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | Sin recombinase/hypothetical protein |
| ? | CP000731 | 25334 = | 508 (0.780) | intergenic (+232/‑14) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0030/USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | Sin recombinase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 482 total aligned reads displayed.
TAAAATAATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAATACTTTTTACATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000731/25377‑25265‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaatgtcaaatactttttacattTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAACAAATATTT > CP000731/25334‑25418 TAAAATAATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACA > 1:2278817/1‑91TAAAATAATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACA < 1:1191903/91‑1TAAAATAATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACA < 1:305329/91‑1TAAAATAATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACA > 2:704571/1‑91TAAAATAATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACA < 2:3486158/91‑1TAAAATAATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACA < 2:3816542/91‑1TAAAATAATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGAGTAAATATTTTTGATACA < 2:473688/91‑1 AAAATAATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAA > 2:3166846/1‑91 AAAATAATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAA > 2:3344142/1‑91 AAAATAATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAA > 2:1385182/1‑91 AAATAATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAA > 1:130859/1‑91 AAATAATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAA < 2:2614712/91‑1 AAATAATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAA < 1:1834726/91‑1 AAATAATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTAGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAA > 1:3258566/1‑91 AATAATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAAT < 1:2195147/91‑1 ATAATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATG > 2:2783465/1‑91 TAATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGT < 2:2260847/91‑1 AATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTC < 1:546526/91‑1 ATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCA < 1:1270380/91‑1 ATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCA > 2:854171/1‑91 ATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCA < 1:956056/91‑1 ATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGCGTAAATATTTTTGATACAAATGTCA > 2:2876724/1‑91 TAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAA < 1:3287005/91‑1 TAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAA < 1:2909882/91‑1 AATAGAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAA > 2:2204566/1‑91 AATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAA < 1:1621906/91‑1 AATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAA < 2:91451/91‑1 AATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAA > 2:2388406/1‑91 AATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAA < 2:3955356/91‑1 AATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATAAAAATGTCAAA < 1:1454448/91‑1 ATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAAT < 2:2113365/91‑1 TAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAATA > 1:1367360/1‑91 TAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAATA > 1:630308/1‑91 TAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTAAGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAATA > 2:3148862/1‑91 AAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGTCATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAATAC < 1:2852926/91‑1 AAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCGAATAC > 2:3201055/1‑91 AAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAATAC > 2:218750/1‑91 AAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAATAC < 1:2546794/91‑1 AAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAATAC < 2:3302498/91‑1 AAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAATACT < 1:2353288/91‑1 AAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAACTGTCAAATACTg > 2:3928636/1‑90 AAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAATACTT < 1:101101/91‑1 AAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAATACTT > 2:2038092/1‑91 AAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAATACTT > 2:666377/1‑91 AAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAATACTT < 1:2179567/91‑1 AAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAATACTT > 2:3657888/1‑91 AAGGAATTAAATTCATTAT‑ACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTAAAATACTTT > 2:2911755/1‑91 AGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAATACTTT < 2:2509379/91‑1 AGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAATACTTT < 1:2640979/91‑1 AGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAATACTTT < 1:739385/91‑1 GGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAATACTTTT < 2:2729530/91‑1 GGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAATACTTTT < 1:2478780/91‑1 AATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAATACTTTTTA < 2:862650/91‑1 AATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAATACTTTTTA > 2:1983025/1‑91 ATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAATACTTTTTAC < 1:3174274/91‑1 TTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAATACTTTTTACA < 2:1502155/91‑1 AAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATATATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAATACTTTTTATATT > 2:3537068/1‑91 AATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAATACTTTTTACTTTT > 2:1199801/1‑91 AGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGCATTTAATTCCTTT > 1:3959478/1‑91 GTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATTAATTTAATTCCTTTT > 2:3437006/1‑91 TATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTA > 1:2655983/1‑91 TTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTA > 2:1044648/1‑91 TTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTA > 1:3405750/1‑91 TGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTAT > 1:3105883/1‑91 ACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTA > 1:3798442/1‑91 CAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACT < 1:2744076/91‑1 CAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACT > 1:876533/1‑91 AAATACTTTTTACATTTATTTGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTA > 2:572244/1‑91 AAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTA > 1:1684568/1‑91 AAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTA > 1:3524030/1‑91 AAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTA > 1:2689376/1‑91 AAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTA > 2:2579896/1‑91 AAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTA < 1:2417721/91‑1 AAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTA > 1:2049844/1‑91 AATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAA < 1:1146830/91‑1 AATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAA > 1:3006949/1‑91 ATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAAC > 1:775025/1‑91 ATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAAC > 2:361221/1‑91 ATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAAC < 1:1653757/91‑1 ATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAAC > 1:1530666/1‑91 TACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAACA < 2:2974413/91‑1 TACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAACA < 2:1437018/91‑1 CTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAACAAA > 2:1914323/1‑91 TTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAACAAAT < 2:1822173/91‑1 TTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAACAAAT < 2:792996/91‑1 TTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAACAAAT < 2:1342803/91‑1 TTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAACAAAT > 2:1496522/1‑91 TTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAACAAATA < 1:3718968/91‑1 TTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAACAAATA > 2:3879130/1‑91 TTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAACAAATA > 2:1462857/1‑91 TTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAACAAATAT < 1:133800/91‑1 TTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAACAAATAT < 1:571849/91‑1 TTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAACAAATATT > 1:1090062/1‑91 TTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAACAAATATT > 1:1922384/1‑91 TTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAACAAATATT > 2:3556878/1‑91 TTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAACAAATATT > 1:3601382/1‑91 TTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAACAAATATT < 1:3630741/91‑1 TTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAACAAATATT > 2:3078924/1‑91 TTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAACAAATATT > 2:2293765/1‑91 TACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAACAAATATTT > 1:3305954/1‑91 TAAAATAATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAATACTTTTTACATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000731/25377‑25265‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaatgtcaaatactttttacattTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAACAAATATTT > CP000731/25334‑25418 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |