| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 25265 = | 593 (0.650) | 26 (0.040) | 12/114 | NT | 5.3% | intergenic (+163/‑83) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0030/USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | Sin recombinase/hypothetical protein |
| ? | CP000731 | 25334 = | 508 (0.780) | intergenic (+232/‑14) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0030/USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | Sin recombinase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 1223 total aligned reads displayed.
AGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAACAAATATTTACCTT > CP000731/25244‑25423 | aGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACAttt > 2:2172692/1‑91 (MQ=255)aGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACAttt < 2:1277393/91‑1 (MQ=255) gccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTa > 1:3564256‑M1/62‑91 (MQ=255) gtgtTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTAt < 2:2922385/91‑1 (MQ=255) tgtTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTCTTTACAGTTATg > 1:403982/1‑91 (MQ=255) cgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcatgataacacCTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATg > 2:1050392‑M1/60‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |