| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 25265 = | 593 (0.650) | 26 (0.040) | 12/114 | NT | 5.3% | intergenic (+163/‑83) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0030/USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | Sin recombinase/hypothetical protein |
| ? | CP000731 | 25334 = | 508 (0.780) | intergenic (+232/‑14) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0030/USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | Sin recombinase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 1508 total aligned reads displayed.
TTTTAATAATTATACAAGAAAAAAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTT > CP000731/25175‑25355 | tttAATAATTATACAAGAAAAAAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAA > 1:2245352‑M1/1‑91 (MQ=255) ataatTATACAAGAAAAAAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTA < 2:2010252‑M1/91‑1 (MQ=255) aaatatttgttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacctcataAATGTa > 1:632238‑M1/86‑91 (MQ=255) aaatatttgttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacctcataAATGTa > 1:3283803‑M1/86‑91 (MQ=255) taatTATACAAGAAAAAAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAA > 2:1379437‑M1/1‑91 (MQ=255) atTATACAAGAAAAAAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAA < 1:2991897‑M1/91‑1 (MQ=255) atTATACAAGAAAAAAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAA > 2:3157841‑M1/1‑91 (MQ=255) atTATACAAGAAAAAAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAA > 1:763732‑M1/1‑91 (MQ=255) atttgttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacctcataAATGTaaaaa < 2:1822173‑M1/10‑1 (MQ=255) ataCAAGAAAAAAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGT > 1:698678‑M1/1‑91 (MQ=255) ataCAAGAAAAAAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGT > 1:2497863‑M1/1‑91 (MQ=255) ataCAAGAAAAAAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGT > 1:497981‑M1/1‑91 (MQ=255) tgttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacctcataAATGTAAAAAGTa < 1:3750103‑M1/13‑1 (MQ=255) taCAAGAAAAAAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTTCTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTA < 2:3250605‑M1/91‑1 (MQ=255) gttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacctcataAATGTAAAAAGTAt < 1:1653757‑M1/14‑1 (MQ=255) aCAAGAAAAAAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTAT < 1:2665714‑M1/91‑1 (MQ=255) aCAAGAAAAAAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTAT < 2:2082734‑M1/91‑1 (MQ=255) aCAAGAAAAAAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTAT > 2:3733552‑M1/1‑91 (MQ=255) tagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacctcataAATGTAAAAAGTAttt < 1:2159702‑M1/16‑1 (MQ=255) tagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacctcataAATGTAAAAAGTAttt > 2:1768276‑M1/76‑91 (MQ=255) aaGAAAAAAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTT < 1:1861788‑M1/91‑1 (MQ=255) aaGAAAAAAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTT < 2:3595856‑M1/91‑1 (MQ=255) aGAAAAAAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTG < 2:1101935‑M1/91‑1 (MQ=255) aGAAAAAAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTG > 2:475899‑M1/1‑91 (MQ=255) aGAAAAAAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTG < 1:2349788‑M1/91‑1 (MQ=255) gAAAAAAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGA < 2:2510427‑M1/91‑1 (MQ=255) aaaaGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACAT < 2:1312553‑M1/91‑1 (MQ=255) aaGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTT > 2:1176670‑M1/1‑91 (MQ=255) agagTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTg > 2:773107/1‑91 (MQ=255) gagTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGt > 1:3941245/1‑91 (MQ=255) gagTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGt < 1:3848637/91‑1 (MQ=255) gagTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAACATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGt > 1:1561395/1‑91 (MQ=255) tACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATc < 1:1182127/91‑1 (MQ=255) tACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATc < 1:841461/91‑1 (MQ=255) cGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCaa > 1:1941209/1‑91 (MQ=255) cGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCaa < 2:2732366/91‑1 (MQ=255) cGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCaa > 1:314833/1‑91 (MQ=255) ttCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAat > 1:2446666/1‑91 (MQ=255) 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ttGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaa > 1:2578355‑M2/1‑81 (MQ=255) tGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaat > 2:1710933‑M2/1‑80 (MQ=255) gTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaata < 1:561653‑M2/91‑13 (MQ=255) ttttACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatac < 2:628619‑M2/91‑14 (MQ=255) tttACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatact < 2:3659135‑M2/91‑15 (MQ=255) ttACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatactt > 1:1338887‑M2/1‑76 (MQ=255) aCTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatactttt > 2:854144‑M2/1‑74 (MQ=255) aCTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatactttt > 1:2607145‑M2/1‑74 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |