| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | CP000731 | 25306 = | 509 (0.560) | 103 (0.130) | 20/138 | NT | 19.7% | intergenic (+204/‑42) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0030/USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | Sin recombinase/hypothetical protein |
| ? | CP000731 | 25340 = | 401 (0.510) | intergenic (+238/‑8) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0030/USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | Sin recombinase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 361 total aligned reads displayed.
GTTATAGCCGTCCATAAACAAGAAAAAATTAAAATAATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGT‑AAAAAGTATTTGACATTTATGAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000731/25406‑25306‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acatttatgagGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAACAAATATTTACCTTCAGAAA > CP000731/25340‑25429 GTTATAGCCGTCCATAAACAAGAAAAAATTAAAATAATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGT‑AAAAAGTATTTGA < 2:3369065/91‑1GTTATAGCCGTCCATAAACAAGAAAAAATTAAAATAATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGT‑AAAAAGTATTTGA < 1:177222/91‑1GTTATAGCCGTCCATAAACAAGAAAAAATTAAAATAATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGT‑AAAAAGTATTTGA > 1:2743111/1‑91GTTATAGCCGTCCATAAACAAGAAAAAATTAAAATAATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGT‑AAAAAGTATTTGA < 1:1524878/91‑1GTTATAGCCGTCCATAAACAAGAAAAAATTAAAATAATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGT‑AAAAAGTATTTGA < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |