| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 25306 = | 509 (0.560) | 103 (0.130) | 20/138 | NT | 19.7% | intergenic (+204/‑42) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0030/USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | Sin recombinase/hypothetical protein |
| ? | CP000731 | 25340 = | 401 (0.510) | intergenic (+238/‑8) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0030/USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | Sin recombinase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 1578 total aligned reads displayed.
TTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTT‑ACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGA > CP000731/25216‑25396 | ttCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACt < 1:2526523/91‑1 (MQ=255) tCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTc < 2:3001760/91‑1 (MQ=255) ctgaaggtaaatatttgttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCTCa < 2:884518‑M1/4‑1 (MQ=255) tgtaggtaaatatttgttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCTCAt < 2:1003470‑M1/5‑1 (MQ=255) gaaggtaaatatttgttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCTCATa < 1:3886998‑M1/6‑1 (MQ=255) atataGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATa > 2:2814819‑M2/1‑90 (MQ=255) aaaggtaaatatttgttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCTCATa > 2:498951‑M1/86‑91 (MQ=255) gaaggtaaatatttgttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaattcattataacacCTCATaa < 2:3712777‑M1/7‑1 (MQ=255) ataGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAGTGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaa > 1:1818919‑M2/1‑88 (MQ=255) aggtaaatatttgttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCTCATaaa > 1:2060773‑M1/84‑91 (MQ=255) taGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaat < 1:1991614‑M2/91‑5 (MQ=255) aGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatg < 2:128741‑M2/91‑6 (MQ=255) taataataaaaggaattaaattcattataacacctcataAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGt > 1:3798442‑M1/40‑91 (MQ=255) gTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgt > 2:1506921‑M2/1‑85 (MQ=255) 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cTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatacttttt < 2:450962‑M2/91‑19 (MQ=255) gttatagccgtccataggcgagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcagtataacacCTCATAAATGTCAAATACTTTTT‑a > 2:2935881‑M1/68‑91 (MQ=255) gttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCTCATAAATGTCAAATACTTTTT‑a > 1:3568994‑M1/68‑91 (MQ=255) gttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCTCATAAATGTCAAATACTTTTT‑a > 1:527679‑M1/68‑91 (MQ=255) ttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCTCATAAATGTCAAATACTTTTT‑Ac > 2:2887640‑M1/67‑91 (MQ=255) ttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCTCATAAATGTCAAATACTTTTT‑Ac > 2:1797392‑M1/67‑91 (MQ=255) aataaGGTGTTTTAAAATATATTCTAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatactttttac > 2:740485‑M2/1‑71 (MQ=255) aataaGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACCTTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatactttttac > 2:3539108‑M2/1‑71 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |