New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | CP000731 | 25306 = | 509 (0.560) | 103 (0.130) | 20/138 | NT | 19.7% | intergenic (+204/‑42) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0030/USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | Sin recombinase/hypothetical protein |
? | CP000731 | 25340 = | 401 (0.510) | intergenic (+238/‑8) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0030/USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | Sin recombinase/hypothetical protein |
Only 100 of 1373 total aligned reads displayed.
TTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTT‑‑‑TTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAACAAATATTTACCTTCAGAAAC > CP000731/25250‑25430 | tttAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAgg > 1:914301/1‑91 (MQ=255) tAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGgtg > 1:2339692/1‑91 (MQ=255) agaaTATATTGTAAAGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCATGAATATTTACACTCATAAATGTCGAATACTTTGTACATTTATGAGgtgt < 2:1167334/89‑1 (MQ=255) aaaTATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGtt > 1:3464120/1‑91 (MQ=255) aaTATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTta < 2:92752/91‑1 (MQ=255) aaTATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTta > 2:1473903/1‑91 (MQ=255) aaTATATTATAATCTAAAACGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAACACTTTTTACATTTATGAGGTGTta > 2:1335749/1‑91 (MQ=255) atatTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATaa > 1:3825776/1‑91 (MQ=255) atatTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATaa > 1:646871/1‑91 (MQ=255) atatTATAATGTAAAAAGTATTTGAAATTTGTATAAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATaa < 2:3766365/91‑1 (MQ=255) attatAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATg > 1:2893765/1‑91 (MQ=255) attatAATGTAAAAAGTATTTGAAAAAAATAAAAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATg < 2:494118/91‑1 (MQ=255) ttatAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGa < 1:446907/91‑1 (MQ=255) ttatAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTAAATTTATGAGATGTTATAATGa > 2:2752131/1‑91 (MQ=255) ataATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAAt < 1:1475332/91‑1 (MQ=255) AATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAGATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAAttt > 2:3044027‑M1/1‑91 (MQ=255) ATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTa < 1:1788956‑M1/91‑1 (MQ=255) GTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAACATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAAt > 1:603912‑M1/1‑91 (MQ=255) GTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAAt > 2:1386614‑M1/1‑91 (MQ=255) TAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAAtt > 1:3145675‑M1/1‑91 (MQ=255) TAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAAtt > 2:1983025‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAAAGTATTTGACATTTGGATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTc > 2:3337499‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTcc < 1:1140002‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCt > 1:1586832‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCt > 1:2421796‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCt > 1:1241035‑M1/1‑91 (MQ=255) AAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCtt > 2:3864357‑M1/1‑91 (MQ=255) AAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCtt < 1:101101‑M1/91‑1 (MQ=255) gtatttgacatttatgagtgtaaatatttttgatacaaatgtcaaatactttttacattTATGAGGTTTTATAATGAATTTAATTCCtt‑‑‑tt > 2:3542468‑M2/60‑91 (MQ=255) tatttgacatttatgagtgtaaatatttttgatacaaatgtcaaatactttttacattTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTT‑‑‑tta > 1:2655983‑M2/59‑91 (MQ=255) ATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTt‑‑‑ttaa > 2:2951708‑M1/1‑90 (MQ=255) TTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTT‑‑‑ttatt < 2:580751‑M1/91‑1 (MQ=255) TGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTT‑‑‑ttattat < 2:3646092‑M1/91‑1 (MQ=255) ACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTT‑‑‑ttattatta < 2:2260847‑M1/91‑1 (MQ=255) TTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTT‑‑‑TTATTATTAttt < 1:748209‑M1/91‑1 (MQ=255) TTTGCATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTT‑‑‑TTATTATTAttt > 1:3288759‑M1/1‑91 (MQ=255) TTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTT‑‑‑TTATTATTAtttt > 2:2210291‑M1/1‑91 (MQ=255) gTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTT‑‑‑TTATTATTATTTTaa > 2:531952/1‑91 (MQ=255) gTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTT‑‑‑TTATTATTATTTTaa > 1:509817/1‑91 (MQ=255) aTCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTT‑‑‑TTATTATTATTTTAAtt > 1:2968146/1‑91 (MQ=255) aTCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTT‑‑‑TTATTATTATTTTAAtt > 2:3903101/1‑91 (MQ=255) aTCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTT‑‑‑TTATTATTATTTTAAtt > 2:3222306/1‑91 (MQ=255) aTCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTCTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTT‑‑‑TTATTATTATTTTAAtt > 1:3341884/1‑91 (MQ=255) tCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTT‑‑‑TTATTATTATTTTAAttt < 2:2571467/91‑1 (MQ=255) aaaaaTATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTT‑‑‑TTATTATTATTTTAAttttt > 1:2090283/1‑91 (MQ=255) aaaTATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTT‑‑‑TTATTATTATTTTAATTTTTTc < 2:1846225/91‑1 (MQ=255) aaaTATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTT‑‑‑TTATTATTATTTTAATTTTTTc > 2:162387/1‑91 (MQ=255) tttACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTT‑‑‑TTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGtt > 1:270130/1‑91 (MQ=255) ttACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTT‑‑‑TTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGttt > 1:2268998/1‑91 (MQ=255) tACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTT‑‑‑TTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTa > 1:3774565/1‑91 (MQ=255) tACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTT‑‑‑TTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTa > 1:1878203/1‑91 (MQ=255) tACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTT‑‑‑TTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTa < 1:3540532/91‑1 (MQ=255) tACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTT‑‑‑TTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTa > 1:2586228/1‑91 (MQ=255) tACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTT‑‑‑TTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTa > 1:2051132/1‑91 (MQ=255) 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ttttacattTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTT‑‑‑TTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAACAGata > 1:3194103‑M2/10‑91 (MQ=255) ttttacattTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTT‑‑‑TTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAACAAata < 1:3718968‑M2/82‑1 (MQ=255) tttacattTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTT‑‑‑TTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAACAAatat < 1:3067341‑M2/83‑1 (MQ=255) ttacattTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTT‑‑‑TTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAACAAATAtt > 1:1090062‑M2/8‑91 (MQ=255) tacattTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTT‑‑‑TTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAACAAATAttt > 2:2406460‑M2/7‑91 (MQ=255) acatttatgagGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAACAAatat < 2:1790802‑M2/80‑1 (MQ=255) acatttatgagGTGTTATAATGAATTTAATTCCTT‑‑‑TTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAACAAATATTTa < 1:1304064‑M2/80‑1 (MQ=255) tttatgagGTGTTATAATGAATTTAATTCCTT‑‑‑TTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAACAAATATTTACCt > 2:2489709‑M2/9‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |