| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 29630 | 170 (0.830) | 12 (0.070) | 8/142 | NT | 7.2% | intergenic (+22/‑368) | yycI/yycJ | Two‑component system WalR/WalK regulatory protein YycI/Putative metallo‑hydrolase YycJ |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 29658 | 158 (0.880) | intergenic (+50/‑340) | yycI/yycJ | Two‑component system WalR/WalK regulatory protein YycI/Putative metallo‑hydrolase YycJ | |||||
AGCATGACGGTAAGGATAAAACGAATACTTACTATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/29532‑29630‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aagctagcaCCGCTTCTCACATATGATGAGCTTGCAATGCTAGCTTATTACGATTCATATTAATGATTAATAATTTTAGGGTTATTATTTGTCGCTTCG < USA300TCH1516_ALE/29658‑29569 AGCATGACGGTAAGGATAAAACGAATACTTACTATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATA > 2:1764649/1‑91 GCATGACGGTAAGGATAAAACGAATACTTACTATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAA > 2:2716096/1‑91 GCATGACGGTAAGGATAAAACGAATACTTACTATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAA > 1:619074/1‑91 GCATGACGGTAAGGATAAAACGAATACTTACTATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAA > 1:618955/1‑91 GCATGACGGTAAGGATAAAACGAATACTTACTATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAA > 1:1507562/1‑91 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AAGCTAGCACCGCTTCTCACATATGATGAGCTTGCAATGCTAGCTTATTACGATTCATATTAATGATTAATAATTTTAGGGTTATTATTTG < 1:1276991/91‑1 AAGCTAGCACCGCTTCTCACATATGATGAGCTTGCAATGCTAGCTTATTACGATTCATATTAATGATTAATAATTTTAGGGTTATTATTTG < 1:1437341/91‑1 AAGCTAGCACCGCTTCTCACATATGATGAGCTTGCAATGCTAGCTTATTACGATTCATATTAATGATTAATAATTTTAGGGTTATTATTTG > 2:3638594/1‑91 AAGCTAGCACCGCTTCTCACATATGATGAGCTTGCAATGCTAGCTTATTACGATTCATATTAATGATTAATAATTTTAGGGTTATTATTTG < 2:339480/91‑1 AAGCTAGCACCGCTTCTCACATATGATGAGCTTGCAATGCTAGCTTATTACGATTCATATTAATGATTAATAATTTTAGGGTTATTATTTG < 2:339467/91‑1 AGCTAGCACCGCTTCTCACATATGATGAGCTTGCAATGCTAGCTTATTACGATTCATATTAATGATTAATAATTTTAGGGTTATTATTTGT > 1:2016394/1‑91 GCTAGCACCGCTTCTCACATATGAAGAGCTTGCAATGCTAGCTTATTACGATTCATATTAATGATTAATAATTTTAGGGTTATTATTTGTC < 2:755021/91‑1 GCTAGCACCGCTTCTCACATATGAAGAGCTTGCAATGCTAGCTTATTACGATTCATATTAATGATTAATAATTTTAGGGTTATTATTTGTC < 2:219794/91‑1 CTAGCACCGCTTCTCACATATGATGAGCTTGCAATGCTAGCTTATTACGATTCATATTAATGATTAATAATTTTAGGGTTATTATTTGTCG < 2:2864371/91‑1 CTAGCACCGCTTCTCACATATGATGAGCTTGCAATGCTAGCTTATTACGATTCATATTAATGATTAATAATTTTAGGGTTATTATTTGTCG < 2:2325374/91‑1 CTAGCACCGCTTCTCACATATGATGAGCTTGCAATGCTAGCTTATTACGATTCATATTAATGATTAATAATTTTAGGGTTATTATTTGTCG > 2:3557471/1‑91 TAGCACCGCTTCTCACATATGATGAGCTTGCAATGCTAGCTTATTACGATTCATATTAATGATTAATAATTTTAGGGTTATTATTTGTCGC < 2:2857758/91‑1 TAGCACCGCTTCTCACATATGATGAGCTTGCAATGCTAGCTTATTACGATTCATATTAATGATTAATAATTTTAGGGTTATTATTTGTCGC > 1:1061763/1‑91 TAGCACCGCTTCTCACATATGATGAGCTTGCAATGCTAGCTTATTACGATTCATATTAATGATTAATAATTTTAGGGTTATTATTTGTCGC > 1:1584534/1‑91 AGCACCGCTTCTCACATATGATGAGCTTGCAATGCTAGCTTATTACGATTCATATTAATGATTAATAATTTTAGGGTTATTATTTGTCGCT > 2:269781/1‑91 AGCACCGCTTCTCACATATGATGAGCTTGCAATGCTAGCTTATTACGATTCATATTAATGATTAATAATTTTAGGGTTATTATTTGTCGCT > 1:2575114/1‑91 AGCACCGCTTCTCACATATGATGAGCTTGCAATGCTAGCTTATTACGATTCATATTAATGATTAATAATTTTAGGGTTATTATTTGTCGCT > 1:2574690/1‑91 GCACCGCTTCTCACATATGATGAGCTTGCAATGCTAGCTTATTACGATTCATATTAATGATTAATAATTTTAGGGTTATTATTTGTCGCTT > 1:3623737/1‑91 GCACCGCTTCTCACATATGATGAGCTTGCAATGCTAGCTTATTACGATTCATATTAATGATTAATAATTTTAGGGTTATTATTTGTCGCTT > 1:3623330/1‑91 CACCGCTTCTCACATATGATGAGCTTGCAATGCTAGCTTATTACGATTCATATTAATGATTAATAATTTTAGGGTTATTATTTGTCGCTTC < 2:926836/91‑1 CACCGCTTCTCACATATGATGAGCTTGCAATGCTAGCTTATTACGATTCATATTAATGATTAATAATTTTAGGGTTATTATTTGTCGCTTC > 2:1641150/1‑91 ACCGCTTCTCACATATGATGAGCTTGCACTGCTAGCTTATTACGATTCATATTAATGATTAATAATTTTAGGGTTATTATTTGTCTCTTCG > 2:1541388/1‑91 ACCGCTTCTCACATATGATGAGCTTGCAATGCTAGCTTATTACGATTCATATTAATGATTAATAATTTTAGGGTTATTATTTGTCGCTTCG < 2:1185937/91‑1 ACCGCTTCTCACATATGATGAGCTTGCAATGCTAGCTTATTACGATTCATATTAATGATTAATAATTTTAGGGTTATTATTTGTCGCTTCG < 2:1185915/91‑1 ACCGCTTCTCACATATGATGAGCTTGCAATGCTAGCTTATTACGATTCATATTAATGATTAATAATTTTAGGGTTATTATTTGTCGCTTCG < 1:2177678/91‑1 AGCATGACGGTAAGGATAAAACGAATACTTACTATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/29532‑29630‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aagctagcaCCGCTTCTCACATATGATGAGCTTGCAATGCTAGCTTATTACGATTCATATTAATGATTAATAATTTTAGGGTTATTATTTGTCGCTTCG < USA300TCH1516_ALE/29658‑29569 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |