| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 29630 | 170 (0.830) | 12 (0.070) | 8/142 | NT | 7.2% | intergenic (+22/‑368) | yycI/yycJ | Two‑component system WalR/WalK regulatory protein YycI/Putative metallo‑hydrolase YycJ |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 29658 | 158 (0.880) | intergenic (+50/‑340) | yycI/yycJ | Two‑component system WalR/WalK regulatory protein YycI/Putative metallo‑hydrolase YycJ | |||||
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
TCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGTTTTTGCGTCTCCAACGTGCGCATTTATTCATATTTTAAGTAGAACCGCAT > USA300TCH1516_ALE/29568‑29748 | tCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCgg > 1:2509436/1‑91 (MQ=255) cGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGt < 1:2177678‑M2/91‑2 (MQ=255) cGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGt < 2:1185937‑M2/91‑2 (MQ=255) aaGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGtgc > 1:3623737‑M2/1‑88 (MQ=255) aGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGtgct > 1:2574690‑M2/1‑87 (MQ=255) aGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGtgct > 2:269781‑M2/1‑87 (MQ=255) gCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGtgcta < 2:2857758‑M2/91‑6 (MQ=255) gCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGtgcta > 1:1584534‑M2/1‑86 (MQ=255) gCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGtgcta > 1:1061763‑M2/1‑86 (MQ=255) cGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGtgctag > 2:3557471‑M2/1‑85 (MQ=255) gACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCTTCATATGTGAGAAGCGGtgctagc < 2:219794‑M2/91‑8 (MQ=255) cAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGtgctagctt < 2:339480‑M2/91‑10 (MQ=255) cAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGtgctagctt < 1:1437341‑M2/91‑10 (MQ=255) cAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGtgctagctt < 1:1276991‑M2/91‑10 (MQ=255) aaaatAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGtgctagctt > 2:3638656‑M2/2‑82 (MQ=255) aataatAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCtttt < 1:643291/91‑1 (MQ=255) aataatAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCtttt > 1:2611156/1‑91 (MQ=255) ataataACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATCAGCTAGCATTGCACGCTCATAACATGTGAGAAGCGGTGCTCGCttttt > 2:2509295/1‑91 (MQ=255) ataataACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCttttt > 2:3948396/1‑91 (MQ=255) aataaCCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTg < 1:980553/91‑1 (MQ=255) ataaCCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGc < 2:425004/91‑1 (MQ=255) taaCCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCt < 2:1599261/91‑1 (MQ=255) aaCCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTg > 2:1050614/1‑91 (MQ=255) aaCCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTg > 2:1491632/1‑91 (MQ=255) aaCCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTg < 2:1903819/91‑1 (MQ=255) aaCCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTg > 2:2099380/1‑91 (MQ=255) aCCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTgg < 1:612838/91‑1 (MQ=255) aCCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTgg > 2:1566279/1‑91 (MQ=255) aCCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTgg < 1:1661095/91‑1 (MQ=255) cccTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTTCTGGt > 2:1277937/1‑91 (MQ=255) cccTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGt < 2:2293663/91‑1 (MQ=255) tAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACg < 1:368986/91‑1 (MQ=255) aaaTTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATGTGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGt > 1:2578554/1‑91 (MQ=255) aaaTTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGt > 2:656411/1‑91 (MQ=255) attattAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGttt < 1:1448450/91‑1 (MQ=255) attaATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTTCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGattatt > 2:2759123/1‑91 (MQ=255) attaATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTttatt > 1:2703637/1‑91 (MQ=255) ttaATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTttatta > 2:787377/1‑91 (MQ=255) 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cATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCt < 1:324304/91‑1 (MQ=255) aTTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTg > 1:1105609/1‑91 (MQ=255) ttAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGTTTTATTATGGCTgg > 2:3821285/1‑90 (MQ=255) tAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGAt < 1:87821/91‑1 (MQ=255) tAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGAt > 1:3401125/1‑91 (MQ=255) tatGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGtt > 2:3793319/1‑91 (MQ=255) atGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGttt < 1:1807606/91‑1 (MQ=255) atGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGttt < 1:284514/91‑1 (MQ=255) 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atatGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGTTTTTGCGTCTCCAACGTGCGCATTTATTCATAtttt > 2:791559/1‑91 (MQ=255) atatGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGTTTTTGCGTCTCCAACGTGCGCATTTATTCATAtttt > 2:230884/1‑91 (MQ=255) atatGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGTTTTTGCGTCTCCAACGTGCGCATTTATTCATAtttt > 2:1285315/1‑91 (MQ=255) atGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGTTTTTGCGTCTCCAACGTGCGCATTTATTCATATTTTaa > 1:189659/1‑91 (MQ=255) tgtgAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGTTTTTGCGTCTCCAACGTGCGCATTTATTCATATTTTAAg > 1:2317320/1‑91 (MQ=255) gtgAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGTTTTTGCGTCTCCAACGTGCGCATTTATTCATATTTTAAGt < 1:1861668/91‑1 (MQ=255) gagaAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTTGTACGGTTTATTATGGCTGATGTTTTTGCGTTTCCAACGTGCTCATTTATTTATATTTTAAGTAg > 2:310326/1‑91 (MQ=255) gagaAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGTTTTTGCGTCTCCAACGTGCGCATTTATTCATATTTTAAGTAg < 1:3315214/91‑1 (MQ=255) gagaAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGTTTTTGCGTCTCCAACGTGCGCATTTATTCATATTTTAAGTAg < 1:1370892/91‑1 (MQ=255) ggTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGTTTTTGCGTCTCCAACGTGCGCATTTATTCATATTTTAAGTAGAACCGCa > 1:923324/1‑91 (MQ=255) gTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGTTTTTGCGTCTCCAACGTGCGCATTTATTCATATTTTAAGTAGAACCGCAt < 2:3213578/91‑1 (MQ=255) gTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGTTTTTGCGTCTCCAACGTGCGCATTTATTCATATTTTAAGTAGAACCGCAt > 2:282574/1‑91 (MQ=255) gTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGTTTTTGCGTCTCCAACGTGCGCATTTATTCATATTTTAAGTAGAACCGCAt > 2:554558/1‑91 (MQ=255) gTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGTTTTTGCGTCTCCAACGTGCGCATTTATTCATATTTTAAGTAGAACCGCAt < 2:2264458/91‑1 (MQ=255) | TCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGTTTTTGCGTCTCCAACGTGCGCATTTATTCATATTTTAAGTAGAACCGCAT > USA300TCH1516_ALE/29568‑29748 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |