| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 29630 | 170 (0.830) | 12 (0.070) | 8/142 | NT | 7.2% | intergenic (+22/‑368) | yycI/yycJ | Two‑component system WalR/WalK regulatory protein YycI/Putative metallo‑hydrolase YycJ |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 29658 | 158 (0.880) | intergenic (+50/‑340) | yycI/yycJ | Two‑component system WalR/WalK regulatory protein YycI/Putative metallo‑hydrolase YycJ | |||||
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
GTAAGGATAAAACGAATACTTACTATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGTTTTTGCGTCTCCAACGTGCGCA > USA300TCH1516_ALE/29541‑29720 | gTAAGGATAAAACGAATACTTACTATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATGAGCTAGCAt > 1:3778285/1‑91 (MQ=255)gTAAGGATAAAACGAATACTTACTATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCAt < 2:2510179/91‑1 (MQ=255)gTAAGGATAAAACGAATACTTACTATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCAt < 2:2507659/91‑1 (MQ=255) aaGGATAAAACGAATACTTACTATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTg > 2:3835502/1‑91 (MQ=255) aGGATAAAACGAATACTTACTATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGc > 2:2703055/1‑91 (MQ=255) aGGATAAAACGAATACTTACTATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGc > 1:3558818/1‑91 (MQ=255) 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cttactATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATAtgt > 2:3229121/1‑91 (MQ=255) cttactATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATAtgt > 1:2165370/1‑91 (MQ=255) ttactATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATAtgtg > 2:212065/1‑91 (MQ=255) ttactATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATAtgtg > 1:2886142/1‑91 (MQ=255) ttactATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATAtgtg > 1:632366/1‑91 (MQ=255) ttactATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATAtgtg < 1:477636/91‑1 (MQ=255) actATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTgag < 2:244666/91‑1 (MQ=255) ctATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTgaga > 2:1226510/1‑91 (MQ=255) tATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGaa > 1:785759/1‑91 (MQ=255) tATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGaa < 2:2647399/91‑1 (MQ=255) aTGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATACGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAg > 1:3372344/1‑91 (MQ=255) gTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCg > 1:1647699/1‑91 (MQ=255) tCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCAccgcttctcacatatgatgagcttgcaa < 2:2054105‑M1/91‑29 (MQ=255) tCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCgg > 1:2508615/1‑91 (MQ=255) cGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGt < 1:2177678‑M2/91‑2 (MQ=255) gAAGCGATAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCAccgcttctcacatatgatgagcttgcaatg < 1:1961467‑M1/91‑31 (MQ=255) 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cAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGtgctagctt > 2:3638594‑M2/1‑82 (MQ=255) aaaatAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGtgctagctt > 2:3638656‑M2/2‑82 (MQ=255) aataatAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCtttt > 1:1206991/1‑91 (MQ=255) ataataACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCttttt > 2:3948396/1‑91 (MQ=255) ataataACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCttttt > 1:982557/1‑91 (MQ=255) ataaCCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGc < 2:425250/91‑1 (MQ=255) ataaCCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGc > 1:3300595/1‑91 (MQ=255) taaCCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCt > 1:3411903/1‑91 (MQ=255) 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cAccgcttctcacatatgatgagcttgcaatgctagcttattacgattcatattaatgattaataattttagggttattatttgtcgcttc > 2:1641150‑M1/1‑2 (MQ=255) cATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGtgctagcttattacgattcatattaatgattaataattttagggttattatttatcgcttc < 1:1960711‑M2/91‑62 (MQ=255) accgcttctcacatatgatgagcttgcaatgctagcttattacgattcatattaatgattaataattttagggttattatttgtcgcttcg < 2:1185915‑M1/91‑91 (MQ=255) accgcttctcacatatgatgagcttgcaatgctagcttattacgattcatattaatgattaataattttagggttattatttgtcgcttcg < 2:1185937‑M1/91‑91 (MQ=255) aTTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGTTTTTGCGTCTCCAACGTGCGCa > 1:1983615/1‑91 (MQ=255) aTTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGTTTTTGCGTCTCCAACGTGCGCa < 1:2616718/91‑1 (MQ=255) | GTAAGGATAAAACGAATACTTACTATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGTTTTTGCGTCTCCAACGTGCGCA > USA300TCH1516_ALE/29541‑29720 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |