| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ? | USA300TCH1516_ALE | = 37067 | 133 (0.820) | intergenic (+91/‑746) | USA300HOU_RS14915/ugpQ_1 | hypothetical protein/Glycerophosphodiester phosphodiesterase, cytoplasmic | |||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
AGAAGACCATATCAGAACATATAAGATAGAGAAATAAACTAGTGGCCGATTGTGCTTGATGAGCTTGGGACATAAATCCTAACTCGAAATAAATAAGCATATCACT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/36940‑37045‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaataagcatatcactGTAAACTTTAAAAAATCAGTTTAGTGATATGCTTATTTATTTCGAGTTAGGATTTATGTCCCAAGCTCATCAAGCACAATCGGCCACTAG < USA300TCH1516_ALE/37067‑36978 AGAAGACCATATCAGAACATATAAGATAGAGAAATAAACTAGTGGCCGATTGTGCTTGATGAGCTTGGGACATAAATCCTAACTCGAAATA < 1:1501832/91‑1 GAAGACCATATCAGAACATATAAGATAGAGAAATAAACTAGTGGCCGATTGTGCTTGATGAGCTTGGGACATAAATCCTAACTCGAAATAA < 1:3902876/91‑1 AAGACCATATCAGAACATATAAGATAGAGAAATAAACTAGTGGCCGATTGTGCTTGATGAGCTTGGGACATAAATCCTAACTCGAAATAAA < 2:1716797/91‑1 AAGACCATATCAGAACATATAAGATAGAGAAATAAACTAGTGGCCGATTGTGCTTGATGAGCTTGGGACATAAATCCTAACTCGAAATAAA < 2:3527482/91‑1 AAGACCATATCAGAACATATAAGATAGAGAAATAAACTAGTGGCCGATTGTGCTTGATGAGCTTGGGACATAAATCCTAACTCGAAATAAA > 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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |