| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 42564 = | 225 (1.100) | 80 (0.530) +TACATTATAAAATACATATC |
13/120 | NT | 32.3% | coding (1402/1524 nt) | USA300TCH1516_00035 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1803072 = | NA (NA) | coding (796/807 nt) | USA300HOU_RS12765 | hypothetical protein | |||||
AATGGCACTTAATATAAGAAAAGTAGTAGCTCAACGAGCTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/42604‑42564‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTC > USA300TCH1516_ALE/1803072‑1803160 |||||||||||||||||||| AATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCGGCTCAACGAACTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGAT < 1:1212741/91‑1AATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCGGCTCAACGAACTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGAT < 1:1212982/91‑1AATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGAT < 2:767503/91‑1AATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGAT < 1:3040956/91‑1AATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGAT < 2:347490/91‑1 ATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATA < 2:1159102/91‑1 ATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATA < 1:919123/91‑1 ATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATA < 1:687077/91‑1 ATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATA < 2:1736381/91‑1 ATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATA < 1:3709747/91‑1 ATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATA < 1:3651697/91‑1 ATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATA < 1:3651149/91‑1 ATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATA < 1:3649483/91‑1 ATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATA < 2:2388815/91‑1 ATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATA < 1:2932511/91‑1 ATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATA < 2:292531/91‑1 ATGACACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATA < 2:731630/91‑1 gGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCGCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAGGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAG < 2:2679363/90‑1 TGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATgg < 2:2847005/91‑3 TGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATgg < 2:1088672/91‑3 TGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAG < 2:2678822/91‑1 TGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAG < 2:2588195/91‑1 TGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAG < 2:858351/91‑1 TGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAG < 2:1777762/91‑1 TGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAG < 1:3783502/91‑1 TGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAG < 1:1569871/91‑1 TGGCACTTAATACAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATgg < 2:3287673/91‑3 GGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATgga < 2:3561315/91‑4 GGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGA < 2:2201671/91‑1 GGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGA < 1:3530411/91‑1 GGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGA < 1:3386854/91‑1 gcaaTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAA < 1:886769/87‑1 GCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGTTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTATTTATTTGATAGAA < 1:1577733/91‑1 GCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGTTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTATTTATTTGATAGAA < 1:1577826/91‑1 GCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTATTTATTTGATAGAA < 2:1861194/91‑1 GCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAA < 2:3306404/91‑1 CACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAA < 2:795797/91‑1 CACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAA < 1:84618/91‑1 gCTTACTATAAGTAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAgt < 2:1154436/90‑3 aaTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAAT < 1:1415207/89‑1 aaTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAAT < 1:736155/89‑1 aaTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAAT < 2:3511647/89‑1 ACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAGAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAAT < 2:1494208/91‑1 ACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTATTTATTTGATAGAAAT < 2:1655409/91‑1 ACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTATTTATTTGATAGAAAT < 1:1208610/91‑1 ACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTATTTATTTGATAGAAAT < 1:2587585/91‑1 ACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTATTTATTTGATAGAAAT < 1:1208499/91‑1 ACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTATTTATTTGATAGAAAT < 1:1208669/91‑1 ACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTATTTATTTGATAGAAAT < 1:3011067/91‑1 ACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATGGAAAT < 2:2205310/91‑1 ACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATGGAAAT < 2:2771436/91‑1 ACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATGGAAAT < 1:3889275/91‑1 ACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAAT < 2:69407/91‑1 ACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAAT < 2:69370/91‑1 ACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAAT < 2:1629967/91‑1 ACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAAT < 2:386601/91‑1 ACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAAT < 2:3730666/91‑1 ACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAAT < 2:3730640/91‑1 ACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAAT < 1:1501617/91‑1 ACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAAT < 2:3457165/91‑1 ACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAAT < 2:3455463/91‑1 ACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAAT < 2:925981/91‑1 ACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAAT < 1:2889897/91‑1 ACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAAT < 1:3753146/91‑1 ACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAAGACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAAT < 2:3054040/91‑1 ACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACACTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAAT < 1:2947201/91‑1 aTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATC < 2:851941/90‑1 CTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTATTTATTTGATAGAAATC < 1:507831/91‑1 CTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTATTTATTTGATAGAAATC < 1:507805/91‑1 TTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATGGAAATCA < 1:2319866/91‑1 TTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATGGAAATCA < 1:818957/91‑1 TTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATGGAAATCA < 1:818940/91‑1 TTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCA < 1:2706981/91‑1 AATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATGGAAATCAGC < 1:2322666/91‑1 agATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGGACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCT < 2:3742518/89‑1 ATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATGGAAATCAGCT < 1:288616/91‑1 TATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTATTTATTTGATAGAAATCAGCTT < 2:41939/91‑1 TATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTT > 2:2186522/1‑91 TATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTT < 2:984294/91‑1 ATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTT < 1:222484/91‑1 GCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAAATAATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTAC > 1:3398032/1‑91 TGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAG < 2:984822/91‑1 TGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAG < 2:985641/91‑1 TACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAAATAATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCT > 1:1502277/1‑91 TCAAAAAAGCTGATTTCCATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTC > 1:228300/1‑91 |||||||||||||||||||| AATGGCACTTAATATAAGAAAAGTAGTAGCTCAACGAGCTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/42604‑42564‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTC > USA300TCH1516_ALE/1803072‑1803160 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |