New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | 42564 = | 225 (1.100) | 80 (0.530) +TACATTATAAAATACATATC |
13/120 | NT | 32.3% | coding (1402/1524 nt) | USA300TCH1516_00035 | hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 1803072 = | NA (NA) | coding (796/807 nt) | USA300HOU_RS12765 | hypothetical protein |
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
TTATGTACTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGCTGATTTCTATTAATTATTTGATAGAAATCAGCTTTTTTGATATGTATTTTATAATGTACAGCT > USA300TCH1516_ALE/1802982‑1803142 | tATGTACTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTaa > 2:1078646/1‑91 (MQ=255) tGTACTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTaaaa > 2:628545/1‑91 (MQ=255) tACTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTaaaaaa > 1:408907/1‑91 (MQ=255) aCTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTATAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAg < 2:2405456/91‑1 (MQ=255) cTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTATATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGc > 2:480268/1‑91 (MQ=255) cTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACCACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAACTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGc > 2:3001013/1‑91 (MQ=255) cTTAAGATATAAACGTATCGCTGCTAAATCAAATAAATAACAACAAGTTTTAGGGCTTGGGACATTAAGTTCTTAGGCAATGTAAAAAAGc > 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |