| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 42564 = | 225 (1.100) | 80 (0.530) +TACATTATAAAATACATATC |
13/120 | NT | 32.3% | coding (1402/1524 nt) | USA300TCH1516_00035 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1803072 = | NA (NA) | coding (796/807 nt) | USA300HOU_RS12765 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 337 total aligned reads displayed.
GGACATAAAGTTCTTGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCAAGTTCTCTTTTGACTTTATTGAGTCCTCGGACAGACA > USA300TCH1516_ALE/42475‑42653 | ggACATAAAGTTCTTGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCa < 1:3190772/91‑1 (MQ=255)ggACATAAAGTTCTTGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCa < 2:3580172/91‑1 (MQ=255) aCATAAAGTTCTTGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGc < 2:460671/91‑1 (MQ=255) aCATAAAGTTCTTGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGc < 2:2168356/91‑1 (MQ=255) tAAAGTTCTTGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCg > 1:3281884/1‑91 (MQ=255) ttCTTGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAg > 2:518090/1‑91 (MQ=255) 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agctgatttctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtcCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCcttatct < 2:3742518‑M1/30‑3 (MQ=255) aGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATAtt < 2:405863/91‑1 (MQ=255) gACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTa > 1:2232488/1‑91 (MQ=255) gACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTa < 1:1562640/91‑1 (MQ=255) tgatttccatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTaa < 1:818940‑M1/33‑1 (MQ=255) tgatttccatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTaa < 1:2319866‑M1/33‑1 (MQ=255) aCAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTaa > 1:1256749/1‑91 (MQ=255) gatttctatcaaataaataatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAg < 1:507831‑M1/34‑1 (MQ=255) 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atttctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGt < 2:3730666‑M1/35‑1 (MQ=255) atttctatcaaataaataatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGt < 1:1208610‑M1/35‑1 (MQ=255) atttccatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGt < 1:3889275‑M1/35‑1 (MQ=255) atttccatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGt < 2:2205310‑M1/35‑1 (MQ=255) acttctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTACTTATAGTAagc < 2:1154436‑M1/35‑2 (MQ=255) aTTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTg < 2:2425204/91‑1 (MQ=255) aTTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTg > 2:2550854/1‑91 (MQ=255) tttCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGc < 2:1843156/91‑1 (MQ=255) tttCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGc < 1:20822/91‑1 (MQ=255) tttCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGc < 1:3621358/91‑1 (MQ=255) ttctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTAtattaattgc < 1:886769‑M1/37‑5 (MQ=255) ttctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGc < 2:3306404‑M1/37‑1 (MQ=255) ttctatcaaataaataatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAACTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGc < 1:1577826‑M1/37‑1 (MQ=255) tctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGcc < 1:3386854‑M1/38‑1 (MQ=255) tCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCa > 1:2421672/1‑91 (MQ=255) ctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCa < 2:2678822‑M1/39‑1 (MQ=255) ctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCa < 2:2588195‑M1/39‑1 (MQ=255) ctatcaaataaataatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCa < 2:3459794‑M1/39‑1 (MQ=255) tatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCAt < 2:1736381‑M1/40‑1 (MQ=255) tatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCAt < 1:2932511‑M1/40‑1 (MQ=255) tatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCAt < 1:3651697‑M1/40‑1 (MQ=255) tATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCAtt > 2:3618508/1‑91 (MQ=255) aTTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTa > 2:3341866/1‑91 (MQ=255) aTTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTa > 1:972502/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |