| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 57559 | 247 (1.210) | 43 (0.230) | 14/148 | NT | 15.2% | intergenic (+5/+912) | USA300HOU_RS00240/USA300TCH1516_00049 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 57591 | 251 (1.330) | intergenic (+37/+880) | USA300HOU_RS00240/USA300TCH1516_00049 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
AAGCGGTCAACACCCTAATTTAGTAAATGTTAATCTTGAAGGTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/57464‑57559‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaaaaCAGAGCACCTCCATAACGTGGAGGATGCTCTATTTTTTTATAACGCATTTACTAATATTTCAAATTCATCTTTATTAATATTAATACCTT < USA300TCH1516_ALE/57591‑57502 AAGCGGTCAACACCCTAATTTAGTAAATGTTAATCTTGAAGGTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAA < 2:649897/91‑1AAGCGGTCAACACCCTAATTTAGTAAATGTTAATCTTGAAGGTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAA < 2:3737013/91‑1 AGCGGTCAACACCCTAATTTAGTAAATGTTAATCTTGAAGGTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAA < 1:1367186/91‑1 AGCGGTCAACACCCTAATTTAGTAAATGTTAATCTTGAAGGTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAA < 1:1428566/91‑1 AGCGGTCAACACCCTAATTTAGTAAATGTTAATCTTGAAGGTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAA > 2:3564397/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |