| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 57559 | 247 (1.210) | 43 (0.230) | 14/148 | NT | 15.2% | intergenic (+5/+912) | USA300HOU_RS00240/USA300TCH1516_00049 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 57591 | 251 (1.330) | intergenic (+37/+880) | USA300HOU_RS00240/USA300TCH1516_00049 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 340 total aligned reads displayed.
GAAGGTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTTGACCTTTTTCTCTAGCTTCTGTTCGATCTCTT > USA300TCH1516_ALE/57501‑57680 | gAAGGTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTg < 1:909785/91‑1 (MQ=255)gAAGGTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTg < 1:1607331/91‑1 (MQ=255)gAAGGTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTg < 1:1719904/91‑1 (MQ=255) aGGTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGtt < 2:46534‑M2/91‑3 (MQ=255) gTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGtttt < 1:2941368‑M2/91‑5 (MQ=255) gTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGtttt > 2:2049765‑M2/1‑87 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |