| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 57559 | 247 (1.210) | 43 (0.230) | 14/148 | NT | 15.2% | intergenic (+5/+912) | USA300HOU_RS00240/USA300TCH1516_00049 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 57591 | 251 (1.330) | intergenic (+37/+880) | USA300HOU_RS00240/USA300TCH1516_00049 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 371 total aligned reads displayed.
GTCAACACCCTAATTTAGTAAATGTTAATCTTGAAGGTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTTG > USA300TCH1516_ALE/57469‑57649 | tCAACACCCTAATTTAGTAAATGTTAATCTTGAAGGTATTAATCTTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAAt > 2:3270015/1‑91 (MQ=255) cAACACCCTAATTTAGTAAATGTTAATCTTGAAGGTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATa < 1:2924745/91‑1 (MQ=255) cacCCTAATTTAGTAAATGTTAATCTTGAAGGTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATagag < 2:974520/91‑1 (MQ=255) cacCCTAATTTAGTAAATGTTAATCTTGAAGGTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATagag > 2:1772300/1‑91 (MQ=255) acCCTAATTTAGTAAATGTTAATCTTGAAGGTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATTAAAAAATAGAGc < 1:3041471/91‑1 (MQ=255) acCCTAATTTAGTAAATGTTAATCTTGAAGGTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGc > 2:2336791/1‑91 (MQ=255) 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aaTCTTGAAGGTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGt < 1:125251/91‑1 (MQ=255) aaTCTTGAAGGTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTAT‑AAAAAAcagagcacctccataacgtggaggatg < 1:3932818‑M1/91‑28 (MQ=255) aTCTTGAAGGTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTg > 2:2018495/1‑91 (MQ=255) aTCTTGAAGGTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTg < 2:204537/91‑1 (MQ=255) aTCTTGAAGGTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTg > 2:853011/1‑91 (MQ=255) tCTTGAAGGTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAAtagagcacctccataacgtggaggatgc < 1:2351106‑M1/91‑29 (MQ=255) tCTTGAAGGTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGc < 2:2710267/91‑1 (MQ=255) cTTGAAGGTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAAcagagcacctccataacgtggaggatgct < 1:3284187‑M1/91‑30 (MQ=255) 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aatattaataAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTAtt > 2:3577122/1‑91 (MQ=255) atattaataAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTg > 1:3711530/1‑91 (MQ=255) tattaataAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGa > 1:490324/1‑91 (MQ=255) tattaataAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGa < 2:3375933/91‑1 (MQ=255) tattaataAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGa < 2:2117163/91‑1 (MQ=255) attaataAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGaa > 2:2759390/1‑91 (MQ=255) aataaAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAACATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGAAAAg < 2:2806514/91‑1 (MQ=255) aataaAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGAAAAg > 1:2024536/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |