| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 62785 = | 241 (1.180) | 13 (0.070) | 8/142 | NT | 6.6% | intergenic (‑252/+261) | USA300TCH1516_00053/speG | hypothetical protein/Spermidine N(1)‑acetyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 62819 = | 153 (0.850) | intergenic (‑286/+227) | USA300TCH1516_00053/speG | hypothetical protein/Spermidine N(1)‑acetyltransferase | |||||
CGATTTGCAAACAATTATTAATGACTATCTATCAGAATGAAGCTTATATTAATTTCAACAAAAATAGAGCATCCTTCACTTTGCGGTAAGGGATGCTC‑‑‑‑‑‑T‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/62883‑62785‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggatgctc‑‑‑‑‑‑tATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGT > USA300TCH1516_ALE/62819‑62908 CGATTTGCAAACAATTATTAATGACTATCTATCAGAATGAAGCTTATATTAATTTCAACAAAAATAGAGCATCCTTCACTTTGCGGTAAGG > 1:426712/1‑91CGATTTGCAAACAATTATTAATGACTATCTATCAGAATGAAGCTTATATTAATTTCAACAAAAATAGAGCATCCTTCACTTTGCGGTAAGG < 2:3886254/91‑1CGATTTGCAAACAATTATTAATGACTATCTATCAGAATGAAGCTTATATTAATTTCAACAAAAATAGAGCATCCTTCACTTTGCGGTAAGG > 2:2311139/1‑91CGATTTGCAAACAATTATTAATGACTATCTATCAGAATGAAGCTTATATTAATTTCAACAAAAATAGAGCATCCTTCACTTTGCGGTAAGG > 2:2345262/1‑91 GATTTGCAAACAATTATTAATGACTATCTATCAGAATGAAGCTTATATTAATTTCAACAAAAATAGAGCATCCTTCACTTTGCGGTAAGGG < 2:1450219/91‑1 ATTTGCAAACAATTATTAATGACTATCTATCAGAATGAAGCTTATATTAATTTCAACAAAAATAGAGCATCCTTCACTTTGCGGTAAGGGA > 1:1429018/1‑91 ATTTGCAAACAATTATTAATGACTATCTATCAGAATGAAGCTTATATTAATTTCAACAAAAATAGAGCATCCTTCACTTTGCGGTAAGGGA > 1:668848/1‑91 ATTTGCAAACAATTATTAATGACTATCTATCAGAATGAAGCTTATATTAATTTCAACAAAAATAGAGCATCCTTCACTTTGCGGTAAGGGA < 1:2931231/91‑1 TTTGCAAACAATTATTAATGACTATCTATCAGAATGAAGCTTATATTAATTTCAACAAAAATAGAGCATCCTTCACTTTGCGGTAAGGGAT < 1:2554225/91‑1 TTTGCAAACAATTATTAATGACTATCTATCAGAATGAAGCTTATATTAATTTCAACAAAAATAGAGCATCCTTCACTTTGCGGTAAGGGAT < 1:2554218/91‑1 TTTGCAAACAATTATTAATGACTATCTATCAGAATGAAGCTTATATTAATTTCAACAAAAATAGAGCATCCTTCACTTTGCGGTAAGGGAT > 2:3428974/1‑91 TTTGCAAACAATTATTAATGACTATCTATCAGAATGAAGCTTATATTAATTTCAACAAAAATAGAGCATCCTTCACTTTGCGGTAAGGGAT < 1:2168860/91‑1 TTTGCAAACAATTATTAATGACTATCTATCAGAATGAAGCTTATATTAATTTCAACAAAAATAGAGCATCCTTCACTTTGCGGTAAGGGAT > 1:1394113/1‑91 TTTGCAAACAATTATTAATGACTATCAATCAGAATGAAGCTTATATTAATTTCAACAAAAATAGAGCATCCTTCACTTTGCGGTAAGGGAT > 2:2243832/1‑91 TTGCAAACAATTATTAATGACTATCTATCAGGATGAAGCTTATATTAATTTCAACAAAAATAGAGCCTCCTTCACTCTGCGGTAAGGGATG > 1:3566372/1‑91 TTGCAAACAATTATTAATGACTATCTATCAGAATGAAGCTTATATTAATTTCAACAAAAATAGAGCATCCTTCACTTTGCGGTAAGGGATG > 2:1098282/1‑91 TTGCAAACAATTATTAATGACTATCTATCAGAATGAAGCTTATATTAATTTCAACAAAAATAGAGCATCCTTCACTTTGCGGTAAGGGATG > 2:884654/1‑91 TTGCAAACAATTATTAATGACTATCTATCAGAATGAAGCTTATATTAATTTCAACAAAAATAGAGCATCCTTCACTTTGCGGTAAGGGATG > 1:2186697/1‑91 TGCAAACAATTATTAATGACTATCTATCAGAATGAAGCTTATATTAATTTCAACAAAAATAGAGCATCCTTCACTTTGCGGTAAGGGATGC > 2:3558625/1‑91 TGCAAACAATTATTAATGACTATCTATCAGAATGAAGCTTATATTAATTTCAACAAAAATAGAGCATCCTTCACTTTGCGGTAAGGGATGC > 2:3399043/1‑91 AAACAATTATTAATGACTATCTATCAGAATGAAGCTTATATTAATTTCAACAAAAATAGAGCATCCTTCACTTTGCGGTAAGGGATGCTC‑‑‑‑‑‑T > 1:710389/1‑91 AAACAATTATTAATGACTATCTATCAGAATGAAGCTTATATTAATTTCAACAAAAATAGAGCATCCTTCACTTTGCGGTAAGGGATGCTC‑‑‑‑‑‑T > 1:902689/1‑91 AAACAATTATTAATGACTATCTATCAGAATGAAGCTTATATTAATTTCAACAAAAATAGAGCATCCTTCACTTTGCGGTAAGGGATGCTC‑‑‑‑‑‑T > 2:1076835/1‑91 AAACAATTATTAATGACTATCTATCAGAAAGAAGCTTATATTAATTTCAACAAAAATAGAGCATCCTTCACTTTGCGGTAAGCGATGCTC‑‑‑‑‑‑T > 2:3436251/1‑91 TCAGAATGAAGCTTATATTAATTTCAACAAAAATAGAGCATCCTTCACTTTGCGGTAAGGGATGCTC‑‑‑‑‑‑TATTTTTGTTGAAATTAATATAAG > 2:2381822/1‑91 TCAGAATGAAGCTTATATTAATTTCAACAAAAATAGAGCATCCTTCACTTTGCGGTAAGGGATGCTC‑‑‑‑‑‑AATTTTTGTCGAACTTAATATAAG > 2:2381883/1‑91 AATAGAGCATCCTTCACTTTGCGGTAAGGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAA > 1:3407350/1‑91 GAGCATCCTTCACTTTGCGGTAAGGGATGCTC‑‑‑‑‑‑TATTTTTGTCGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTG > 1:3429242/1‑91 AGCATCCTTCACTTTGCGGTAAGGGATGCTC‑‑‑‑‑‑TATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGC > 2:432185/1‑91 AGCATCCTTCACTTTGCGGTAAGGGATGCTC‑‑‑‑‑‑TATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGC > 2:3892790/1‑91 AGCATCCTTCACTTTGCGGTAAGGGATGCTC‑‑‑‑‑‑TATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGC > 2:1941773/1‑91 CATCCTTCACTTTGCGGTAAGGGATGCTC‑‑‑‑‑‑TATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAA > 2:2861342/1‑91 CCTTCACTTTGCGGTAAGGGATGCTC‑‑‑‑‑‑TATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATC > 1:161317/1‑91 TTCACTTTGCGGTAAGGGATGCTC‑‑‑‑‑‑TATTTTTGTTTAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGT > 2:753715/1‑91 TTCACTTTGCGGTAAGGGATGCTC‑‑‑‑‑‑TATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGT > 1:3115332/1‑91 TTCACTTTGCGGTAAGGGATGCTC‑‑‑‑‑‑TATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGT > 2:1621288/1‑91 CTTTGCGGTAAGGGATGCTC‑‑‑‑‑‑TATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATT > 1:2667071/1‑91 GGATGCTC‑‑‑‑‑‑TATTTTTGTTGAATTTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATATTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGT > 2:656874/1‑91 GGATGCTC‑‑‑‑‑‑TATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGT > 1:605529/1‑91 GGATGCTC‑‑‑‑‑‑TATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGT > 1:2351726/1‑91 GGATGCTC‑‑‑‑‑‑TATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGT > 2:1252719/1‑91 GGATGCTC‑‑‑‑‑‑TATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGT < 2:2885981/91‑1 GGATGCTC‑‑‑‑‑‑TATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCAATCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGT > 1:3319361/1‑91 GATGCTC‑‑‑‑‑‑TATTTTTGATGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATACTTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTT > 1:3371815/1‑91 ATGCTC‑‑‑‑‑‑TATTTTTTTTTTTATTTATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTA > 2:3306744/1‑91 ATGCTC‑‑‑‑‑‑TATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTA > 2:3301565/1‑91 TGCTC‑‑‑‑‑‑TATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTAC < 2:1329673/91‑1 TGCTC‑‑‑‑‑‑TATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTAC < 2:1329674/91‑1 TGCTC‑‑‑‑‑‑TATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTAC < 1:814787/91‑1 TGCTC‑‑‑‑‑‑TATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTAC < 1:813503/91‑1 GCTC‑‑‑‑‑‑TATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACA > 1:323354/1‑91 GCTC‑‑‑‑‑‑TATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACA > 1:2961828/1‑91 TC‑‑‑‑‑‑TATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGC < 2:3633061/91‑1 TC‑‑‑‑‑‑TATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGC > 1:643111/1‑91 C‑‑‑‑‑‑TATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCG > 2:3825754/1‑91 C‑‑‑‑‑‑TATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCG < 2:1988015/91‑1 C‑‑‑‑‑‑TATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCG < 2:1987974/91‑1 TATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGT > 2:1969681/1‑91 CGATTTGCAAACAATTATTAATGACTATCTATCAGAATGAAGCTTATATTAATTTCAACAAAAATAGAGCATCCTTCACTTTGCGGTAAGGGATGCTC‑‑‑‑‑‑T‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/62883‑62785‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggatgctc‑‑‑‑‑‑tATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGT > USA300TCH1516_ALE/62819‑62908 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |