New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | 62785 = | 241 (1.180) | 13 (0.070) | 8/142 | NT | 6.6% | intergenic (‑252/+261) | USA300TCH1516_00053/speG | hypothetical protein/Spermidine N(1)‑acetyltransferase |
? | USA300TCH1516_ALE | 62819 = | 153 (0.850) | intergenic (‑286/+227) | USA300TCH1516_00053/speG | hypothetical protein/Spermidine N(1)‑acetyltransferase |
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
TGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTC > USA300TCH1516_ALE/62729‑62909 | tgtgTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTa > 2:1918990/1‑91 (MQ=255) gtgtAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTAt > 2:241210/1‑91 (MQ=255) tgtAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTGCCGCAAAGTGAAGGATGCTCTAtt < 2:195566/91‑1 (MQ=255) tgtAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTAtt < 1:736061/91‑1 (MQ=255) tgtAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTAtt < 2:2523157/91‑1 (MQ=255) gtAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTAttt < 1:88186/91‑1 (MQ=255) tAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTAtttt > 1:3593381/1‑91 (MQ=255) tAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTAtttt < 1:1264805/91‑1 (MQ=255) ttCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTATTTttgt < 1:994967/91‑1 (MQ=255) ttCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTATTTttgt > 1:184391/1‑91 (MQ=255) tCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTATTTttgtt < 2:2004740/91‑1 (MQ=255) gATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTATTTTTGTTGaa > 1:1404651/1‑91 (MQ=255) tAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTATTTTTGTTGAAAt > 1:2043601/1‑91 (MQ=255) tAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTATTTTTGTTGAAAt > 1:2101223/1‑91 (MQ=255) 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aaaaTAGACAAGAATTAATTATGAGCCTCCCTTACCCCTTTGAGACGGATGTTATATTTTTCTTCAAATTAACGTAAGCTTCATTCTgagt < 2:3140023/91‑3 (MQ=255) aaaaTAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTgata < 1:1176764/91‑1 (MQ=255) aaaaTAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTgata > 2:3387834/1‑91 (MQ=255) aaaaTAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTgata < 1:450726/91‑1 (MQ=255) aaaTAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTgatag > 2:1034705/1‑91 (MQ=255) aaTAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTgataga > 1:3069317/1‑91 (MQ=255) aaTAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTgataga < 2:3554673/91‑1 (MQ=255) aaTAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTATTGTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTgataga > 2:3793668/1‑91 (MQ=255) 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aaataaatTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATta > 2:1382630/1‑91 (MQ=255) aatagagcatccttcactttgcggtaagggatgctctcaatttATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATtaa > 1:3407350‑M2/44‑91 (MQ=255) aataaatTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATtaa > 1:348406/1‑91 (MQ=255) aataaatTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATtaa < 2:1645067/91‑1 (MQ=255) ataagtTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATtaat < 1:3744290/91‑1 (MQ=255) ataaatTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATtaat < 1:980463/91‑1 (MQ=255) taaatTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATtaata < 1:497585/91‑1 (MQ=255) taaatTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATtaata < 2:2821843/91‑1 (MQ=255) taaatTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATtaata < 1:1573753/91‑1 (MQ=255) aaatTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATtaataa < 2:3204254/91‑1 (MQ=255) ttGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTg > 2:237809/1‑91 (MQ=255) ttGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTg > 2:649127/1‑91 (MQ=255) tGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTTAAGGATGCTCTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGt < 2:3685089/91‑1 (MQ=255) tGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGt < 1:1435792/91‑1 (MQ=255) AGAGCATCGCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCTTTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGttt > 2:3436251‑M1/1‑91 (MQ=255) AGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGttt > 1:710389‑M1/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |