| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 75986 | 174 (0.850) | 28 (0.170) | 14/128 | NT | 16.2% | intergenic (+44/‑229) | USA300HOU_RS00335/USA300HOU_RS00140 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 76003 | 151 (0.930) | intergenic (+61/‑212) | USA300HOU_RS00335/USA300HOU_RS00140 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
TAGGAGATGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/75881‑75986‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaaagcctaaatactCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGGGACAGAAC < USA300TCH1516_ALE/76003‑75914 TAGGAGATGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCA > 2:617789/1‑91 AGGAGATGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAA < 2:1139491/91‑1 AGGAGATGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAA < 2:1835176/91‑1 GGAGATGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAA < 2:687834/91‑1 GGAGATGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAA > 2:2107787/1‑91 GAGATGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAA > 2:1284929/1‑91 GAGATGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAA < 1:162264/91‑1 GAGATGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGGAAGAAATTTATTAATTCAAAA < 1:162269/91‑1 AGATGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAA > 2:233256/1‑91 GATGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTGATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAG < 1:3155493/91‑1 GATGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAG > 2:3723400/1‑91 GATGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTAAAAAAG < 2:432668/91‑1 ATGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGC > 1:354838/1‑91 ATGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGC > 1:2154979/1‑91 ATGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGC > 2:2466563/1‑91 ATGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGC > 2:662401/1‑91 ATGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGC > 2:2742250/1‑91 TGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCC < 1:2572334/91‑1 GTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCT < 2:1671083/91‑1 GTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCT < 2:1183504/91‑1 TACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAA < 1:363428/91‑1 TACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAA < 1:363443/91‑1 TACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAA < 1:3657378/91‑1 TACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAA < 1:599368/91‑1 TACACATAAGATTGATAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAA < 2:1923512/91‑1 ACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAA < 2:160312/91‑1 ACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAA < 1:235650/91‑1 ACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAAATCAAAAAGCCTAAA < 2:1945787/91‑1 ACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATA < 2:2188205/91‑1 CATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATAC > 2:833531/1‑91 ATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACT > 1:3831046/1‑91 ATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACT < 2:1217612/91‑1 AAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTG < 1:3287223/91‑1 AAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTG < 1:2653097/91‑1 AGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAA < 2:766243/91‑1 AGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAA < 1:90788/91‑1 GTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAA < 2:3334614/91‑1 TTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAG < 2:1116133/91‑1 TTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAG < 2:2494463/91‑1 TTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAG < 1:2854663/91‑1 TTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAG < 1:534726/91‑1 TTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAG < 2:2607190/91‑1 TCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGT < 2:3039141/91‑1 TCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTT < 2:2084797/91‑1 TCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTT < 1:742535/91‑1 AATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTG < 1:1470048/91‑1 TTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTA < 1:2987255/91‑1 AAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTA > 1:2833408/1‑91 AAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATGTATTTCTTACTTCGTATGTTTATTTAACAATTAG < 2:470735/91‑1 AAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAG < 2:721748/91‑1 AAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAG > 2:2952244/1‑91 AAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAG > 1:1024059/1‑91 AAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAG > 2:1281065/1‑91 AAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAG < 2:1071642/91‑1 AAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAG > 1:3471486/1‑91 AAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAG > 1:1023997/1‑91 AAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAG > 1:1848370/1‑91 AAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTAGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAG > 2:1907626/1‑91 AAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTATTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAG < 1:3150569/91‑1 AAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATCTAGGCTTTTTGAAGTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACGATTAG > 1:3674569/1‑91 AAAAGCCTAAATACTCTCTCGATCTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTCTTTAACAATTAG > 2:2827707/1‑91 AAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTATTAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGT < 1:3341511/91‑1 AAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGT < 2:3593382/91‑1 AAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGT > 1:3106789/1‑91 AAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTA > 2:3414091/1‑91 AGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTAC > 1:737519/1‑91 GCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACT > 2:432521/1‑91 GCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACT < 2:3219980/91‑1 GCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACT < 1:2205287/91‑1 GCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACT > 1:1946924/1‑91 GCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACT > 2:886501/1‑91 GCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACT > 2:1357865/1‑91 GCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACT < 1:3942708/91‑1 CCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTG > 1:1417364/1‑91 CCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTG < 2:1824533/91‑1 AAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGGGA < 2:3554449/91‑1 AATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGGGAC < 2:1054893/91‑1 AATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGGGAC > 1:3035363/1‑91 AATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGGGAC < 1:2391350/91‑1 AATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGGGAC < 1:705179/91‑1 AATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATCAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTTTTTAACAATTAGTACTGGGAC > 2:3045710/1‑91 AATACCCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGGGAC > 1:426474/1‑91 ATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTCCTGGGACA > 2:2396157/1‑91 TACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAGAGTTCTTACTTCTTTTGTTTATTTAACAATTAGTACTGGGACAG < 2:2608130/91‑1 TACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGGGACAG > 2:974337/1‑91 TACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGGGACAG < 1:1028564/91‑1 TACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGGGACAG < 1:1315908/91‑1 TACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGGGACAG < 1:2596963/91‑1 ACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGGGACAGA < 2:3890774/91‑1 ACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGGGACAGA < 1:87818/91‑1 ACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGGGACAGA < 2:2647764/91‑1 ACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGGGACAGA < 2:2563560/91‑1 CTCTCTCTATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGGGACAGAA < 2:3851964/91‑1 CTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTATTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGGGACAGta > 2:3464412/1‑89 TCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAGATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGGGACAGAAC < 2:1682463/91‑1 TCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGGGACAGAAC < 1:2977163/91‑1 TCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGGGACAGAAC < 2:1778975/91‑1 TCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGGGACAGAAC < 2:2133412/91‑1 TCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGGGACAGAAC < 1:3886147/91‑1 TCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGGGACAGAAC < 1:3885958/91‑1 TAGGAGATGTTACACATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/75881‑75986‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaaagcctaaatactCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTTGAATTAATAAATTTCTTACTTCTTATGTTTATTTAACAATTAGTACTGGGACAGAAC < USA300TCH1516_ALE/76003‑75914 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |