| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 75986 | 174 (0.850) | 28 (0.170) | 14/128 | NT | 16.2% | intergenic (+44/‑229) | USA300HOU_RS00335/USA300HOU_RS00140 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 76003 | 151 (0.930) | intergenic (+61/‑212) | USA300HOU_RS00335/USA300HOU_RS00140 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 465 total aligned reads displayed.
ATAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCA > USA300TCH1516_ALE/75896‑76076 | tAAGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACtt > 2:424215/1‑91 (MQ=255) aaGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACttt < 2:1501554/91‑1 (MQ=255) aGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTtc > 1:2488705/1‑91 (MQ=255) aGATTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTtc < 2:1373599/91‑1 (MQ=255) aTTGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTtctc < 2:950345/91‑1 (MQ=255) ttGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTca < 1:600509/91‑1 (MQ=255) tGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTcac > 2:3127576/1‑91 (MQ=255) tGCTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATACAAAAAGCCTAAATACTTTCTcac > 2:3678291/1‑91 (MQ=255) cTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACaa > 2:3059151/1‑91 (MQ=255) cTAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACaa < 1:2233021/91‑1 (MQ=255) tAAAAGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACaaa > 1:1067542/1‑91 (MQ=255) aaaaGAAGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTctctcgatttg < 1:3287223‑M1/91‑12 (MQ=255) aagaagTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCg > 2:3747562/1‑91 (MQ=255) agaagTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCga < 1:3660578/91‑1 (MQ=255) 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tCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTctctcgatttgtgagaaagt < 2:3039141‑M1/91‑21 (MQ=255) tCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGagt < 2:3890774‑M2/91‑4 (MQ=255) atacaggtgcagcaatattagttatattaaattcattacgtttattaaaaaaataAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGt > 1:1332932‑M1/56‑91 (MQ=255) cTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGagta < 1:2597599‑M2/91‑5 (MQ=255) tGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGagtat < 1:1809991‑M2/91‑6 (MQ=255) gTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTctctcgatttgtgagaaagtatt < 2:3348001‑M1/91‑24 (MQ=255) gTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGATagtatt < 1:3550183‑M2/91‑7 (MQ=255) gTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGagtatt < 1:705179‑M2/91‑7 (MQ=255) tCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGagtattt < 2:3554449‑M2/91‑8 (MQ=255) aGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGagtatttaggc > 2:432521‑M2/1‑80 (MQ=255) gcaatattagttatattaaattcattacgtttattaaaaaaataAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCttt > 2:1975245‑M1/45‑91 (MQ=255) aCTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTAATAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGagtatttaggcttt < 1:3341511‑M2/91‑15 (MQ=255) cTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGagtatttaggctttt < 2:1071642‑M2/91‑16 (MQ=255) tAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGagtatttaggcttttt > 2:1334584‑M2/1‑75 (MQ=255) aaTTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCtttttt < 1:1986477/91‑1 (MQ=255) aTTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTa > 2:2120202/1‑91 (MQ=255) aTTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTa < 2:3487156/91‑1 (MQ=255) ttAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTAtttt < 2:2928778/91‑1 (MQ=255) aaataaaCATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTAtttttt < 2:2622751/91‑1 (MQ=255) aaataaaCATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTAtttttt < 1:499033/91‑1 (MQ=255) aaaCATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTtaat > 1:1658039/1‑91 (MQ=255) aaaCATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTGTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTtact < 1:2332549/91‑3 (MQ=255) aaCATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTtaata > 2:1274803/1‑91 (MQ=255) aCATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTtaataa > 2:3149452/1‑91 (MQ=255) cATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATaaa > 1:3189210/1‑91 (MQ=255) tAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACg < 2:3857614/91‑1 (MQ=255) tAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACg > 2:1754490/1‑91 (MQ=255) tAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATCTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACg > 2:3332928/1‑91 (MQ=255) aagaagTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGt > 1:3702633/1‑91 (MQ=255) agaagTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTa < 2:1919609/91‑1 (MQ=255) ggagTAAGAAATTTATTAATTCAAAAGGCCTGAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTaa < 2:430912/89‑1 (MQ=255) aagTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAAt < 1:1914724/91‑1 (MQ=255) 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taATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACt < 2:1623701/91‑1 (MQ=255) taATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACt < 2:1225721/91‑1 (MQ=255) cAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGagtatttaggctttttgaattaataaatttcttacttcttatgtttatttaacaatt < 1:1470048‑M2/91‑58 (MQ=255) aaaaaGCCTAAATACTctctcgatttgtgagaaagtatttaggctttttgaattaataaatttcttacttcttatgtttatttaacaatta > 1:2833408‑M1/1‑16 (MQ=255) aaaaGCCTAAATACTctctcgatttgtgagaaagtatttaggctttttgaattaataaatttcttacttcttatgtttatttaacaattag > 1:1023997‑M1/1‑15 (MQ=255) aaaaGCCTAAATACTctctcgatttgtgagaaagtatttaggctctttgaattaataaatttcttacttcttatgtttatttaacaattag < 1:3150289‑M1/91‑77 (MQ=255) aaaGCCTAAATACTctctcgatttgtgagaaagtatttaggctttttgaattaataaatttcttacttcttatgtttatttaacaattagt > 1:3106789‑M1/1‑14 (MQ=255) aaaGCCTAAATACTctctcgatttgtgagaaagtatttaggctttttgaattaataaatttcttacttcttatgtttatttaacaattagt < 2:3593382‑M1/91‑78 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |