| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 75986 | 174 (0.850) | 28 (0.170) | 14/128 | NT | 16.2% | intergenic (+44/‑229) | USA300HOU_RS00335/USA300HOU_RS00140 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 76003 | 151 (0.930) | intergenic (+61/‑212) | USA300HOU_RS00335/USA300HOU_RS00140 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 380 total aligned reads displayed.
AGTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCA > USA300TCH1516_ALE/75913‑76093 | agTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCgagag < 1:1855115/91‑1 (MQ=255) tgatacaggtgcagcaatattagttatattaaattcattacgtttattaaaaaaataAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCgagaga > 1:2358758‑M1/58‑91 (MQ=255) gTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGa < 1:3885958‑M2/91‑2 (MQ=255) gTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGa < 2:2133412‑M2/91‑2 (MQ=255) gTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGa > 2:2786245‑M2/1‑90 (MQ=255) gTTCTGTCCCAGTACTAATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATCTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGa < 2:1682463‑M2/91‑2 (MQ=255) 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aTTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTa > 2:3163727/1‑91 (MQ=255) aTTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTa > 2:3437615/1‑91 (MQ=255) aTTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTa < 2:3487143/91‑1 (MQ=255) gaaaaaaaaaCATAAGAATTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGTATAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTGAGGCTTTTTTAttt < 2:3360886/88‑1 (MQ=255) taaataaaCATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTAttttt < 2:121716/91‑1 (MQ=255) taaataaaCATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCGCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTAttttt < 2:2957825/91‑1 (MQ=255) aaataaaCATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTAtttttt < 2:2622751/91‑1 (MQ=255) aaataaaCATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTAtttttt < 1:589290/91‑1 (MQ=255) aaataaaCATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTAtttttt > 1:2749113/1‑91 (MQ=255) aaaCATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTtaat > 1:1658039/1‑91 (MQ=255) cATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATaaa > 1:3189210/1‑91 (MQ=255) tAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACg > 2:616117/1‑91 (MQ=255) tAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACg > 2:1754490/1‑91 (MQ=255) tAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACg < 2:3857557/91‑1 (MQ=255) aagaagTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGt > 1:3702633/1‑91 (MQ=255) agaagTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTa < 2:1919609/91‑1 (MQ=255) gaagTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTaa < 1:2914674/91‑1 (MQ=255) gaagTAAGAAAGTTATTAATTCAAAAAGCCTAACTACTTTCTCACAAATCCAGAGAGTATTTAGGCGTTTTTATTTTTTTAATAAGCGTaa < 2:430327/91‑1 (MQ=255) aagTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAAt < 2:330147/91‑1 (MQ=255) gTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGa > 2:2221270/1‑91 (MQ=255) tAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGaa > 2:1396508/1‑91 (MQ=255) aaGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACGTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAAt < 2:2668559/91‑1 (MQ=255) gAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAAttt > 2:3076568/1‑91 (MQ=255) gAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAAttt > 2:3133260/1‑91 (MQ=255) 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taATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACt < 1:1772154/91‑1 (MQ=255) aaTTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTa < 1:1511431/91‑1 (MQ=255) aTTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTaa > 1:3141735/1‑91 (MQ=255) ttCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAat > 1:1431216/1‑91 (MQ=255) tCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAata > 1:3395828/1‑91 (MQ=255) tCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAata > 1:2962433/1‑91 (MQ=255) cAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGagtatttaggctttttgaattaataaatttcttacttcttatgtttatttaacaatt < 1:1470048‑M2/91‑58 (MQ=255) AAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATtgc < 2:775481‑M1/91‑1 (MQ=255) 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CTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATc > 1:2273743‑M1/1‑91 (MQ=255) CTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATc > 1:3521303‑M1/1‑91 (MQ=255) tttCTCACAAATCGAGAGagtatttaggctttttgaattaataaatttcttacttcttatgtttatttaacaattagtactgggacagaac < 2:3334614‑M2/91‑74 (MQ=255) ttCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCAc < 1:1023934/91‑1 (MQ=255) tctcACAAATCGAGAGagtatttaggctttttgaattaataaatttcttacttcttatgtttatttaacaattagtactgggacagaactt < 1:211092‑M2/91‑76 (MQ=255) tctcACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACt > 1:2938400/1‑91 (MQ=255) ctcACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACtt < 1:2459486/91‑1 (MQ=255) acaAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGa < 2:3720178/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |