| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 127847 | 160 (0.790) | 8 (0.050) | 4/138 | NT | 5.5% | intergenic (+67/+262) | lctP_1/spa | L‑lactate permease/Immunoglobulin G‑binding protein A |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 127871 | 138 (0.790) | intergenic (+91/+238) | lctP_1/spa | L‑lactate permease/Immunoglobulin G‑binding protein A | |||||
TGTTTGGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/127747‑127847‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aatcgaactagACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATTATTTATA < USA300TCH1516_ALE/127871‑127782 TGTTTGGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGA > 2:2682158/1‑91TGTTTGGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGA > 2:2682109/1‑91TGTTTGGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGA < 1:2807364/91‑1 GTTTGGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAA < 2:489806/91‑1 GTTTGGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAA > 1:1799433/1‑91 GTTTGGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAA > 1:443552/1‑91 GTTTGGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAA > 1:2290574/1‑91 GTTTGGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAA > 1:2290589/1‑91 TTTGGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAAT < 2:3288886/91‑1 TTTGGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAAT > 1:1990975/1‑91 TTTGGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAAT < 1:2336828/91‑1 TTTGGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAAT < 1:2336830/91‑1 TTTGGACATTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAAT < 1:1958653/91‑1 TTGGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATC > 1:507843/1‑91 TTGGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATC < 1:423466/91‑1 TTGGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATC < 2:101786/91‑1 TGGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCG < 1:1380047/91‑1 TGGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCG > 2:1302764/1‑91 TGGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCG < 1:3908657/91‑1 TGGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCG < 1:3572032/91‑1 GACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAA < 2:783748/91‑1 ACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAAC < 2:2841013/91‑1 CGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACT > 2:980658/1‑91 CGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACT < 1:3531935/91‑1 CGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACT > 1:1406345/1‑91 CGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACT > 2:3224633/1‑91 AAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGACAAGATGCTTATTGCATTTCGTACTAG < 2:2766677/91‑1 AATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGT < 2:502386/91‑1 AATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGT < 2:3788673/91‑1 AATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGT < 2:3344879/91‑1 AATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGT < 2:2704927/91‑1 TAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTC < 1:3207593/91‑1 TAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTC < 1:3206873/91‑1 CACTTGGATTCAAATGACATTTTAAGTCTAATTATTCATGAATCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGA < 1:3685973/91‑1 AATCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAAC > 1:3473864/1‑91 AATCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAAC < 2:1128300/91‑1 AATCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAAC > 1:3473876/1‑91 AATCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAAC > 1:3524073/1‑91 AATCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAAC > 1:3524347/1‑91 TCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACAT > 2:1325602/1‑91 TCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACAT > 2:2249014/1‑91 TCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACAT > 1:1639144/1‑91 TCGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACAT > 1:324453/1‑91 CGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATT > 1:2139344/1‑91 CGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATT > 1:2139319/1‑91 CGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATT < 2:371924/91‑1 CGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATT < 2:371783/91‑1 CGAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGAGTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATT < 2:1296814/91‑1 GAACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATTA < 1:1195962/91‑1 AACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTTGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCGAAGTGACAACATTAT < 1:3367066/91‑1 AACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATTAT > 1:2283514/1‑91 AACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATTAT > 2:3751653/1‑91 AACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATTAT > 2:3752939/1‑91 ACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATTATT > 1:294408/1‑91 ACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATTATT > 2:1341708/1‑91 ACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATTATT > 2:851969/1‑91 ACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATTATT > 2:1339641/1‑91 ACTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCACGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATTATT > 2:2583102/1‑91 CTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATTATTT < 1:3692457/91‑1 CTAGACAAGATGCTCATTGCATTTCATACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATTATTT > 1:3874990/1‑91 AGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATTATTTAT > 1:2150858/1‑91 AGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATTATTTAT > 2:2309999/1‑91 AGACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATTATTTAT < 2:2076069/91‑1 GACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATTATTTATA > 2:939513/1‑91 GACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATTATTTATA > 2:939533/1‑91 TGTTTGGACGTTTATACTAACGTTAATATTCTAAATATAAATAATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/127747‑127847‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aatcgaactagACAAGATGCTCATTGCATTTCGTACTAGTTCGATTCATGAATAATTAGATTTAAAATGTCATTTGAATCCAAGTGACAACATTATTTATA < USA300TCH1516_ALE/127871‑127782 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |