| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 145649 = | 193 (0.950) | 13 (0.070) | 6/140 | NT | 7.2% | intergenic (+74/‑122) | noc_1/USA300HOU_RS00655 | Nucleoid occlusion protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 145689 = | 168 (0.940) | intergenic (+114/‑82) | noc_1/USA300HOU_RS00655 | Nucleoid occlusion protein/hypothetical protein | |||||
ATTTATACTTTACCTTAATATACCTTATTTTATTTAATTTTTATATGCAAAA‑TACAAAAATGGAGAACTTCAATATTTATAAAATATCAAAAGTTCTCCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/145748‑145649‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aagttctccaTTTTTGTATTTTGCATATAAAAATTAAATAAAATAAGGTATATTAAGGTAAAGTATAAATTTTAAATAAATGGGGAATGAGTATGAGCTC > USA300TCH1516_ALE/145689‑145778 ATTTATACTTTACCTTAATATACCTTATTTTATTTAATTTTTATATGCAAAA‑TACAAAAATGGAGAACTTCAATATTTATAAAATATCAAA > 2:3237328/1‑91ATTTATACTTTACCTTAATATACCTTATTTTATTTAATTTTTATATGCAAAA‑TACAAAAATGGAGAACTTCAATATTTATAAAATATCAAA > 2:3237707/1‑91ATTTATACTTTACCTTAATATACCTTATTTTATTTAATTTTTATATGCAAAA‑TACAAAAATGGAGAACTTCAATATTTATAAAATATCAAA < 2:3863507/91‑1ATTTATACTTTACCTTAATATACCTTATTTTATTTAATTTTTATATGCAAAA‑TACAAAAATGGAGAACTTCAATATTTATAAAATATCAAA > 1:3083844/1‑91 TTATACTTTACCTTAATATACCTTATTTTATTTAATTTTTATATGCAAAA‑TACAAAAATGGAGAACTTCAATATTTATAAAATATCAAAAG < 2:2902932/91‑1 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USA300TCH1516_ALE/145748‑145649‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aagttctccaTTTTTGTATTTTGCATATAAAAATTAAATAAAATAAGGTATATTAAGGTAAAGTATAAATTTTAAATAAATGGGGAATGAGTATGAGCTC > USA300TCH1516_ALE/145689‑145778 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |