| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 211704 = | 157 (0.770) | 9 (0.050) | 7/142 | NT | 5.6% | intergenic (+262/+66) | sfp/yagU | 4'‑phosphopantetheinyl transferase sfp/Inner membrane protein YagU |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 211755 = | 162 (0.900) | intergenic (+313/+15) | sfp/yagU | 4'‑phosphopantetheinyl transferase sfp/Inner membrane protein YagU | |||||
CAACATTTTGTCTATCGCTATAAATTAAATTAATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/211802‑211704‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctcacgttaATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACTAATTCAATTGTCATCATCCAGACGATATGGCCAAA > USA300TCH1516_ALE/211755‑211844 CAACATTATGTCTATCGCTATAAATTAAATTAATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGC < 1:1975616/91‑1 AACATTTTGTCTATCGCTATAAATTAAATTAATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCT < 2:2740739/91‑1 AACATTTTGTCTATCGCTATAAATTAAATTAATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCT < 2:1043451/91‑1 AACATTTTGTCTATCGCTATAAATTAAATTAATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCT < 2:1043450/91‑1 ACATTTTGTCTATCGCTATAAATTAAATTAATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTC < 2:3896709/91‑1 ACATTTTGTCTATCGCTATAAATTAAATTAATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTC < 2:1902565/91‑1 ACATTTTGTCTATCGCTATAAATTAAATTAATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTC < 1:3402724/91‑1 ACATTTTGTCTATCGCTATAAACTAAATTAATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTC < 2:3193736/91‑1 ACATTTTGTCTATCGCTATAAAATAAATTAATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTC < 2:3193737/91‑1 CATTTTGTCTATCGCTATAAATTAAATTAATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCA > 2:47722/1‑91 CATTTTGTCTATCGCTATAAATTAAATTAATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCA > 2:3853643/1‑91 CATTTTGTCTATCGCTATAAATTAAATTAATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCA > 2:1441483/1‑91 CATTTTGTCTATCGCTATAAATTAAATTAATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCA > 1:2056770/1‑91 CATTTTGTCTATCGCTATAAATTAAATTAATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCA > 1:738842/1‑91 CATTTTGTCTATCGCTATAAATTAAATTAATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCA < 1:2556002/91‑1 ATTTTGTCTATCGCTATAAATTAAATTAATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCAC > 2:865934/1‑91 ATTTTGTCTATCGCTATAAATTAAATTAATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCAC > 1:146341/1‑91 ATTCTGCCTATCGCTATAAATTAAATTAATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTACATCATCGTTTGAGTATGATGACTGATGCTCAC > 2:865660/1‑91 TTTTGTCTATCGCTATAAATTAAATTAATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACG < 1:2469817/91‑1 TTTTGTCTATCGCTATAAATTAAATTAATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACG < 1:2469850/91‑1 TTTGTCTATCGCTATAAATTAAATTAATACACTGACTAACATTACCGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGT < 1:3148253/91‑1 TTTGTCTATCGCTATAAATTAAATTAATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGT < 2:3302035/91‑1 TTTGTCTATCGCTATAAATTAAATTAATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGT > 2:1490525/1‑91 TTTGTCTATCGCTATAAATTAAATTAATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGT > 2:1823229/1‑91 TTTGTCTATCGCTATAAATTAAATTAATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGT > 1:966392/1‑91 TTTGTCTATCGCTATAAATTAAATTAATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGT > 2:3107843/1‑91 TTTGTCTATCGCTATAAATTAAATTAATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGT < 1:121025/91‑1 TTTGTCTATCGCTATAAATTAAATTAATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGT < 1:103633/91‑1 TTTGTCTATCGCTATAAATTAAATTAATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGT > 1:2765867/1‑91 TTGTCTATCGCTATAAATTAAATTAATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTT > 1:1057256/1‑91 TTGTCTATCGCTATAAATTAAATTAATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTT > 1:89238/1‑91 TTGTCTATCGCTATAAATTAAATTAATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTT > 2:3090312/1‑91 TGTCTATCGCTATAAATTAAATTAATACACTGGCTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGGTTGATGCTCACGTTA < 1:3374422/91‑1 TGTCTATCGCTATAAATTAAATTAATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTTA > 2:1023714/1‑91 TGTCTATCGCTATAAATTAAATTAATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTTA > 2:2967109/1‑91 TGTCTATCGCTATAAATTAAATTAATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTTA < 2:2183004/91‑1 TCTATCGCTATAAATTAAATTAATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGC > 2:3165290/1‑81 TCTATCGCTATAAATTAAATTAATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGC < 1:3165290/81‑1 ATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAA > 2:1716694/1‑91 CTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCG > 2:435296/1‑91 TAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACA > 1:1030505/1‑91 CGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAA > 1:3519091/1‑91 TGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATG > 2:1203581/1‑91 GAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGT > 2:491734/1‑91 TTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCCCGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAACGGTTGTCG > 1:163323/1‑91 TTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCG > 1:163341/1‑91 TTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCG > 1:3791859/1‑91 CACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACTAATTCAATTGTCATCATCCAGACGATATG < 1:1678947/91‑1 CACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACTAATTCAATTGTCATCATCCAGACGATATG > 1:2738834/1‑91 ACGTTAATGTTAGTCAGCGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACTAATTCAATTGTCATCATCCAGACGATATGG > 2:3619195/1‑91 GTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACTAATTCAATTGTCATCATCCAGACGATATGGCC > 2:21151/1‑91 GTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACTAATTCAATTGTCATCATCCAGACGATATGGCC > 1:814760/1‑91 TTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACTAATTCAATTGTCATCATCCAGACGATATGGCCA < 1:2599424/91‑1 TTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACTAATTCAATTGTCATCATCCAGACGATATGGCCA < 1:1715298/91‑1 TTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACTAATTCAATTGTCATCATCCAGACGATATGGCCA < 1:3913810/91‑1 TTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACTAATTCAATTGTCATCATCCAGACGATATGGCCA < 1:2024385/91‑1 TAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACTAATTCAATTGTCATCATCCAGACGATATGGCCAA < 1:665149/91‑1 TAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACTAATTCAATTGTCATCATCCAGACGATATGGCCAA < 1:2991842/91‑1 AATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACTAATTCAATTGTCATCATCCAGACGATATGGCCAAA < 1:2103770/91‑1 AATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACTAATTCAATTGTCATCATCCAGACGATATGGCCAAA < 1:2103724/91‑1 AATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACTAATTCAATTGTCATCATCCAGACGATATGGCCAAA < 1:2103671/91‑1 CAACATTTTGTCTATCGCTATAAATTAAATTAATACACTGACTAACATTAACGTGAGTTTTAAATCATCGTTTGAGTATGATGATTGATGCTCACGTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/211802‑211704‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctcacgttaATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACAAAATGTTGTCGCACTAATTCAATTGTCATCATCCAGACGATATGGCCAAA > USA300TCH1516_ALE/211755‑211844 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |