| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 211704 = | 157 (0.770) | 9 (0.050) | 7/142 | NT | 5.6% | intergenic (+262/+66) | sfp/yagU | 4'‑phosphopantetheinyl transferase sfp/Inner membrane protein YagU |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 211755 = | 162 (0.900) | intergenic (+313/+15) | sfp/yagU | 4'‑phosphopantetheinyl transferase sfp/Inner membrane protein YagU | |||||
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
AATTACCGAAAATAATAGTTTGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACA > USA300TCH1516_ALE/211614‑211794 | tttggccatatcgtctggatgatgacaattgaattagtgcgacaacattttgtctatcgctataaattaaattaatacactgactaacatt < 1:2103724‑M1/1‑1 (MQ=255)aaTTACCGAAAATAATAGTTTGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATAATGTCAGTTAATAAAAT > 2:733454‑M1/1‑91 (MQ=255) ttggccatatcgtctggatgatgacaattgaattagtgcgacaacattttgtctatcgctataaattaaattaatacactgactaacatTa < 1:665149‑M1/2‑1 (MQ=255) tACCGAAAATAATAGTTTGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAAC > 2:2748965‑M1/1‑91 (MQ=255) ccGAAAATAATAGTTTGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGT < 2:1900427‑M1/91‑1 (MQ=255) ccGAAAATAATAGTTTGTTACGACGCATTTGAGACTTCAATGCTCACGTAACTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAACAACGT > 1:3680311‑M1/1‑91 (MQ=255) gAAAATAATAGTTTGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGA < 1:409566‑M1/91‑1 (MQ=255) aaaaTAATAGTTTGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAG < 1:2887203‑M1/91‑1 (MQ=255) aaaTAATAGTTTGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGc > 1:2777979/1‑91 (MQ=255) aaaTAATAGTTTGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGc < 1:2029301/91‑1 (MQ=255) aataatAGTTTGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCa < 1:874864/91‑1 (MQ=255) aataGTTTTTTACGAGGCATTAGAGTGTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCatca < 2:3429087/91‑1 (MQ=255) aataGTTTGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCatca > 2:130188/1‑91 (MQ=255) ataGTTTGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCatcaa > 1:809471/1‑91 (MQ=255) gTTTGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCatcaatca > 2:875808/1‑91 (MQ=255) tGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAAtcatca < 2:1762139/91‑1 (MQ=255) tGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAAtcatca < 2:1823978/91‑1 (MQ=255) gTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATcatcat < 2:1586226/91‑1 (MQ=255) tACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATAc < 2:610061/91‑1 (MQ=255) tACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATAc < 1:2270812/91‑1 (MQ=255) tACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATAc < 1:1408166/91‑1 (MQ=255) tACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATAc < 1:2717688/91‑1 (MQ=255) cgacgCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTc > 1:502509/1‑91 (MQ=255) acgCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCaa < 2:2546456/91‑1 (MQ=255) acgCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGCTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCaa > 2:1225457/1‑91 (MQ=255) cgCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCaaa > 1:3901505/1‑91 (MQ=255) gCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAAc > 1:30133/1‑91 (MQ=255) cATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACg < 1:749491/91‑1 (MQ=255) ctttGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACga < 2:3924825/90‑1 (MQ=255) tttGAGACTTTAATGCTTACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACgat < 2:1183551/91‑1 (MQ=255) ttGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACgatg > 1:1465147/1‑91 (MQ=255) tGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACgatga > 2:452498/1‑91 (MQ=255) tGAGACTTTAATGCGCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACgatga < 2:64691/91‑1 (MQ=255) gagaCTTTTATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTTAGCATCAATCATCATACTCAAACgatgat < 2:3439156/91‑1 (MQ=255) gagaCTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACgatgat > 2:3289842/1‑91 (MQ=255) agaCTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGTAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGAtt < 1:2780774/91‑1 (MQ=255) agaCTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGAtt < 1:3504800/91‑1 (MQ=255) agaCTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGAtt > 1:3210718/1‑91 (MQ=255) gaCTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGAttt < 2:2316271/91‑1 (MQ=255) gaCTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGAttt < 1:3728046/91‑1 (MQ=255) aaCTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGAttt < 2:175780/90‑1 (MQ=255) aCTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTa > 1:2222706/1‑91 (MQ=255) cgacaaccgtttgtctatcgctataaattaaattaatacactgactaacatTAACGGGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTaa > 1:163323‑M1/52‑91 (MQ=255) ttAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTaaaa < 2:3619811/91‑1 (MQ=255) ttAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTaaaa > 2:2671246/1‑91 (MQ=255) tAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATGCTCAAACGATGATTTAAAAc < 1:1551115‑M2/91‑2 (MQ=255) aaTGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAAct > 2:3816403‑M2/1‑89 (MQ=255) aaTGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAAct > 2:754304‑M2/1‑89 (MQ=255) aTGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAGctc < 1:3113126‑M2/91‑4 (MQ=255) tGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActca > 1:17655‑M2/1‑87 (MQ=255) gCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCCTACTCAAACGAAGATTTAAAActcac > 1:1277942‑M2/1‑86 (MQ=255) ttttgtctatcgctataaattaaattaatacactgactaacatTAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACg > 1:3519091‑M1/44‑91 (MQ=255) cACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActcacgtt > 2:1040388‑M2/1‑83 (MQ=255) cACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActcacgtt < 1:1964363‑M2/91‑9 (MQ=255) cACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActcacgtt > 2:2146553‑M2/1‑83 (MQ=255) cACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAActcacgtt > 2:1750318‑M2/1‑83 (MQ=255) tgtctatcgctataaattaaattaatacactgactaacatTAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTa > 1:1030505‑M1/41‑91 (MQ=255) aCGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGttttaaatcatcgtttgagtatgatgattgatgctcacgtta < 1:3284586‑M1/91‑43 (MQ=255) cGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTaa < 1:2123644/91‑1 (MQ=255) gTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGttttaaatcatcgtttgagtatgatgattgatgctcacgttatt < 2:495772‑M1/91‑45 (MQ=255) aaGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGt < 1:3417869/91‑1 (MQ=255) atttGGGTGGAATCATATCATGTCAGTTAATTAAATAACGTGAGCATCAATCCTCATTCTCGAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGtt < 2:2707105/89‑1 (MQ=255) aGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGGATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGtt < 2:3549903/91‑1 (MQ=255) gTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTa > 1:2865662/1‑91 (MQ=255) ttGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAg < 1:93344/91‑1 (MQ=255) ttGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAg < 2:305876/91‑1 (MQ=255) tGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGt < 1:2654752/91‑1 (MQ=255) tGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGt < 1:3829899/91‑1 (MQ=255) ggCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTc > 2:3632686/1‑91 (MQ=255) ggCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTCAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTc > 1:3328128/1‑91 (MQ=255) gCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCGCGTTAATGTTAGTCa < 1:2316591/91‑1 (MQ=255) gCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCa > 1:3554800/1‑91 (MQ=255) tGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAgt > 2:485056/1‑91 (MQ=255) gAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAgtgt < 2:2649340/91‑1 (MQ=255) ttaaattaatacactgactaacatTAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTAt > 2:1716694‑M1/25‑91 (MQ=255) atatcatGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTAttaa < 1:164877/91‑1 (MQ=255) atcatGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTAttaatt < 1:1751896/91‑1 (MQ=255) atcatGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTAttaatt < 2:3169281/91‑1 (MQ=255) atcatGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTAttaatt < 1:1447355/91‑1 (MQ=255) catGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTAttaattta > 2:1548398/1‑91 (MQ=255) atGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTAttaatttaa > 1:3298200/1‑91 (MQ=255) gTCGGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCGTACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATtaatttaatt < 2:2864388/91‑1 (MQ=255) gTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATtaatttaatt < 1:979723/91‑1 (MQ=255) tCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTaatttaattt < 2:3077084/91‑1 (MQ=255) tCAGGTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTaatttaattt < 2:1101838/91‑1 (MQ=255) aGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTtat > 1:823202/1‑91 (MQ=255) aGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTtat < 1:2507805/91‑1 (MQ=255) gTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTtata < 1:548570/91‑1 (MQ=255) ttAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAg < 2:358094/91‑1 (MQ=255) ttAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAg > 1:3852818/1‑91 (MQ=255) ttAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAg > 1:304241/1‑91 (MQ=255) taaaataaCGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGAt > 1:1856034/1‑91 (MQ=255) aaaataaCGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATa > 1:2355865/1‑91 (MQ=255) aaaataaCGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATa > 1:2997733/1‑91 (MQ=255) agataaCGGGAGCATCAAGCATCATACTCAAACGATGATTTAGAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAg < 2:1105003/89‑1 (MQ=255) aaataaCGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAg < 2:2052486/91‑1 (MQ=255) aaataaCGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAg > 2:2016953/1‑91 (MQ=255) aataaCGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGa > 2:2107467/1‑91 (MQ=255) ataaCGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGAc < 2:2431549/91‑1 (MQ=255) ataaCGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGAc > 1:3337325/1‑91 (MQ=255) | AATTACCGAAAATAATAGTTTGTTACGACGCATTTGAGACTTTAATGCTCACGTAAGTTGGCTGGAATCATATCATGTCAGTTAATAAAATAACGTGAGCATCAATCATCATACTCAAACGATGATTTAAAACTCACGTTAATGTTAGTCAGTGTATTAATTTAATTTATAGCGATAGACA > USA300TCH1516_ALE/211614‑211794 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |