| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 260284 = | 152 (0.750) | 14 (0.080) | 8/138 | NT | 9.7% | intergenic (‑398/‑190) | potD_1/pflB | Spermidine/putrescine‑binding periplasmic protein/Formate acetyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 260324 = | 131 (0.750) | intergenic (‑438/‑150) | potD_1/pflB | Spermidine/putrescine‑binding periplasmic protein/Formate acetyltransferase | |||||
TCACATAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/260383‑260284‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctgttacacaaATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAATGAC > USA300TCH1516_ALE/260324‑260413 TCACATAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCT < 1:1478485/91‑1TCACATAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCT > 2:63687/1‑91TCACATAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCT > 2:147035/1‑91TCACATAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCT > 1:1565772/1‑91TCACATAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCT < 2:139123/91‑1TCACATAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCT < 2:1112184/91‑1 CACATAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTG > 2:1736986/1‑91 ACATAAATTATGTACCATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATGTGTGTAACAGTAATGTGCTAATTGCATTCTGT > 1:3379609/1‑91 ACATAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAACCTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGT > 1:3963092/1‑91 ACATAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGT > 2:2624093/1‑91 ACATAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGT > 1:3574063/1‑91 ACATAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGT < 2:459684/91‑1 ACATAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGT > 1:2206076/1‑91 ACATAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGT < 2:1432204/91‑1 ACATAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGT > 2:3196712/1‑91 ACATAAATTATGTACAATTTTCATCAAATATATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGT > 2:3442925/1‑91 CATAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTT > 2:3302531/1‑91 TAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCGAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTAC < 1:3246222/91‑1 AAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACA < 1:65514/91‑1 AAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACA > 2:64784/1‑91 AATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACAC > 1:620002/1‑91 AATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACAC < 2:1625034/91‑1 ATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACA < 1:1077360/91‑1 ATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACA < 1:1318882/91‑1 TTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAA < 2:108705/91‑1 TTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAA > 1:1533310/1‑91 TGTGTAACCGTAATATGCTAATTGCACTCTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAAT > 2:2243369/1‑91 TGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCACTCTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAAT > 2:2243189/1‑91 TAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTAT > 2:2483082/1‑91 TAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTAT > 1:905044/1‑91 TAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTAT > 1:905018/1‑91 AACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATG > 1:378178/1‑91 ACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGT > 1:194495/1‑91 AGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTTCACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGA > 2:3070876/1‑91 AGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGA > 1:2264099/1‑91 GTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAA > 2:614343/1‑91 GTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAA > 2:614229/1‑91 TAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAA > 2:1977987/1‑91 TAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAA > 1:3608872/1‑91 TGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGC < 1:1517733/91‑1 TGTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGC < 1:1016874/91‑1 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GTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCT < 1:1117480/91‑1 GTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCT > 2:1385789/1‑91 GTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCT > 2:1144571/1‑91 GTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCT < 1:2234434/91‑1 GTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCT < 1:2234694/91‑1 GTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCT < 2:3090904/91‑1 GTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCT > 1:3927937/1‑91 GTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCT > 2:535282/1‑91 GTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCT < 2:3090893/91‑1 GTTACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCT > 1:286029/1‑91 GTTACACAAAATAGTACAGTTTCCATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATCGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCa > 2:698705/1‑90 TACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTAC < 1:2134994/91‑1 TACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGAGGAAAAGTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTAC < 2:58917/91‑1 ACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACA < 1:1490736/91‑1 ACACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACA < 1:1490927/91‑1 CACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAA > 2:1422880/1‑91 CACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAA < 1:1721972/91‑1 ACAAATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAAT < 1:2734597/91‑1 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AATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAATGAC < 1:3647102/91‑1 AATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAATGAC < 2:1378723/91‑1 AATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAATGAC < 2:2799431/91‑1 AATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAAAAGTAAATAATATATGTAAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAATGAC < 2:2492751/91‑1 TCACATAAATTATGTACAATTTTCATCAAATGTATGTCAAAACATAGAAACTGTACTAATTTGTGTAACAGTAATATGCTAATTGCATTCTGTTACACAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/260383‑260284‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctgttacacaaATTAGTACAGTTTCTATGTTTTGACATACATTTGATGAAAATTGTACATAATTTATGTGAAAAAAATCACAACAAACATGCTACAATGAC > USA300TCH1516_ALE/260324‑260413 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |